<div dir="ltr"><div><div><div><div><br></div>Dear Experts,<br><br></div> I have created a Zr15Nb1 cell containing 15 Zr atoms and 1 Nb atom using the space group P 63/m m c, (space group number 194).<br><br></div> But, when I try to calculate the elastic constant of it using the thermo_pw, I find, pwscf recognizes wrong space group (No. 187). Please find below my input:<br><br>cat > thermo_control << EOF<br> &INPUT_THERMO<br>  what='mur_lc_elastic_constants',<br>  frozen_ions=.FALSE.<br> /<br>EOF<br><br>cat > <a href="http://zr.elastic.in">zr.elastic.in</a> << EOF<br> &control<br>    calculation = 'scf'<br>    restart_mode='from_scratch',<br>    prefix='zr',<br>    verbosity='high',<br>    tstress = .true., <br>   tprnfor = .true.,<br>    pseudo_dir = '$PSEUDO_DIR/',<br>    outdir='$TMP_DIR/'<br> /<br> &system<br>    ibrav=  4, <br>    celldm(1) =12.241644950000000E00, <br>    celldm(3) = 1.591850000000000E00, <br>    nat= 16, <br>    ntyp= 2,<br>    ecutwfc=50.0,<br>   ecutrho = 180,<br>   nr1=90,<br>   nr2=90,<br>   nr3=144,<br>   occupations='smearing', <br>   smearing='marzari-vanderbilt', <br>   degauss=0.02<br>   starting_magnetization(1) = 0.7,<br>   use_all_frac = .true. <br> /<br> &electrons<br>    conv_thr =  1.0d-9<br> /<br>ATOMIC_SPECIES<br> Zr  91.22  Zr.pz-spn-kjpaw_psl.1.0.0.UPF<br> Nb  92.906 Nb.pz-spn-kjpaw_psl.1.0.0.UPF<br>ATOMIC_POSITIONS (crystal)<br>Zr     0.166666666666667E+00         0.333333333333333E+00          0.125000000000000E+00 <br>Zr     0.833333333333333E+00         0.666666666666667E+00          0.875000000000000E+00 <br>Zr     0.666666666666667E+00         0.833333333333333E+00          0.125000000000000E+00 <br>Zr     0.333333333333333E+00         0.166666666666667E+00          0.875000000000000E+00 <br>Zr     0.166666666666667E+00         0.833333333333333E+00          0.125000000000000E+00 <br>Zr     0.833333333333333E+00         0.166666666666667E+00          0.875000000000000E+00 <br>Zr     0.833333333333333E+00         0.666666666666667E+00          0.375000000000000E+00<br>Zr     0.333333333333333E+00         0.166666666666667E+00          0.375000000000000E+00<br>Zr     0.833333333333333E+00         0.166666666666667E+00          0.375000000000000E+00 <br>Nb     0.166666666666667E+00         0.333333333333333E+00          0.625000000000000E+00 <br>Zr     0.666666666666667E+00         0.833333333333333E+00          0.625000000000000E+00 <br>Zr     0.166666666666667E+00         0.833333333333333E+00          0.625000000000000E+00 <br>Zr     0.666666666666667E+00         0.333333333333333E+00          0.125000000000000E+00 <br>Zr     0.333333333333333E+00         0.666666666666667E+00          0.875000000000000E+00 <br>Zr     0.333333333333333E+00         0.666666666666667E+00          0.375000000000000E+00 <br>Zr     0.666666666666667E+00         0.333333333333333E+00          0.625000000000000E+00<br>K_POINTS AUTOMATIC<br>5 5 3 0 0 0 <br><br>*********************************************************************************************************<br><br></div>Below I have included some part of the output:<br><br><br><div> Starting atomic positions in crystallographic axes:<br><br>     site n.     atom                  positions (cryst. coord.)<br>         1           Zr  tau(   1) = (  0.1666667  0.3333333  0.1250000  )<br>         2           Zr  tau(   2) = (  0.8333333  0.6666667  0.8750000  )<br>         3           Zr  tau(   3) = (  0.6666667  0.8333333  0.1250000  )<br>         4           Zr  tau(   4) = (  0.3333333  0.1666667  0.8750000  )<br>         5           Zr  tau(   5) = (  0.1666667  0.8333333  0.1250000  )<br>         6           Zr  tau(   6) = (  0.8333333  0.1666667  0.8750000  )<br>         7           Zr  tau(   7) = (  0.8333333  0.6666667  0.3750000  )<br>         8           Zr  tau(   8) = (  0.3333333  0.1666667  0.3750000  )<br>         9           Zr  tau(   9) = (  0.8333333  0.1666667  0.3750000  )<br>        10           Nb  tau(  10) = (  0.1666667  0.3333333  0.6250000  )<br>        11           Zr  tau(  11) = (  0.6666667  0.8333333  0.6250000  )<br>        12           Zr  tau(  12) = (  0.1666667  0.8333333  0.6250000  )<br>        13           Zr  tau(  13) = (  0.6666667  0.3333333  0.1250000  )<br>        14           Zr  tau(  14) = (  0.3333333  0.6666667  0.8750000  )<br>        15           Zr  tau(  15) = (  0.3333333  0.6666667  0.3750000  )<br>        16           Zr  tau(  16) = (  0.6666667  0.3333333  0.6250000  )<br><br>     The energy minimization will require  9 scf calculations<br><br>     The point group 107 D_3h (-62m) is compatible with the Bravais lattice.<br><br>     The rotation matrices with the order used inside thermo_pw are:<br><br>     12 Sym. Ops. (no inversion) found (10 have fractional translation)<br><br><br>                          s                  frac. trans.<br><br>      isym =  1     identity                                     <br><br> cryst.   s( 1) = (  1    0    0   )<br>                  (  0    1    0   )<br>                  (  0    0    1   )<br><br> cart.    s( 1) = (  1.000  0.000  0.000 )<br>                  (  0.000  1.000  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000  1.000 )<br><br><br>      isym =  2     180 deg rotation - cart. axis [0,1,0]        <br><br> cryst.   s( 2) = ( -1    0    0   )<br>                  (  1    1    0   )<br>                  (  0    0   -1   )<br><br> cart.    s( 2) = ( -1.000  0.000  0.000 )<br>                  (  0.000  1.000  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000 -1.000 )<br><br><br>      isym =  3     120 deg rotation - cryst. axis [0,0,1]       <br><br> cryst.   s( 3) = (  0    1    0   )<br>                  ( -1   -1    0   )<br>                  (  0    0    1   )<br><br> cart.    s( 3) = ( -0.500 -0.866  0.000 )<br>                  (  0.866 -0.500  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000  1.000 )<br><br><br>      isym =  4     120 deg rotation - cryst. axis [0,0,-1]      <br><br> cryst.   s( 4) = ( -1   -1    0   )<br>                  (  1    0    0   )<br>                  (  0    0    1   )<br><br> cart.    s( 4) = ( -0.500  0.866  0.000 )<br>                  ( -0.866 -0.500  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000  1.000 )<br><br><br>      isym =  5     180 deg rotation - cryst. axis [1,-1,0]      <br><br> cryst.   s( 5) = (  0   -1    0   )<br>                  ( -1    0    0   )<br>                  (  0    0   -1   )<br><br> cart.    s( 5) = (  0.500 -0.866  0.000 )<br>                  ( -0.866 -0.500  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000 -1.000 )<br><br><br>      isym =  6     180 deg rotation - cryst. axis [2,1,0]       <br><br> cryst.   s( 6) = (  1    1    0   )<br>                  (  0   -1    0   )<br>                  (  0    0   -1   )<br><br> cart.    s( 6) = (  0.500  0.866  0.000 )<br>                  (  0.866 -0.500  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000 -1.000 )<br><br><br>      isym =  7     inv. 180 deg rotation - cart. axis [0,0,1]   <br><br> cryst.   s( 7) = (  1    0    0   )<br>                  (  0    1    0   )<br>                  (  0    0   -1   )<br><br> cart.    s( 7) = (  1.000  0.000  0.000 )<br>                  (  0.000  1.000  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000 -1.000 )<br><br><br>      isym =  8     inv. 180 deg rotation - cart. axis [1,0,0]   <br><br> cryst.   s( 8) = ( -1    0    0   )<br>                  (  1    1    0   )<br>                  (  0    0    1   )<br><br> cart.    s( 8) = ( -1.000  0.000  0.000 )<br>                  (  0.000  1.000  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000  1.000 )<br><br><br>      isym =  9     inv.  60 deg rotation - cryst. axis [0,0,1]  <br><br> cryst.   s( 9) = ( -1   -1    0   )<br>                  (  1    0    0   )<br>                  (  0    0   -1   )<br><br> cart.    s( 9) = ( -0.500  0.866  0.000 )<br>                  ( -0.866 -0.500  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000 -1.000 )<br><br><br>      isym = 10     inv.  60 deg rotation - cryst. axis [0,0,-1] <br><br> cryst.   s(10) = (  0    1    0   )<br>                  ( -1   -1    0   )<br>                  (  0    0   -1   )<br><br> cart.    s(10) = ( -0.500 -0.866  0.000 )<br>                  (  0.866 -0.500  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000 -1.000 )<br><br><br>      isym = 11     inv. 180 deg rotation - cryst. axis [0,1,0]  <br><br> cryst.   s(11) = (  1    1    0   )<br>                  (  0   -1    0   )<br>                  (  0    0    1   )<br><br> cart.    s(11) = (  0.500  0.866  0.000 )<br>                  (  0.866 -0.500  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000  1.000 )<br><br><br>      isym = 12     inv. 180 deg rotation - cryst. axis [1,1,0]  <br><br> cryst.   s(12) = (  0   -1    0   )<br>                  ( -1    0    0   )<br>                  (  0    0    1   )<br><br> cart.    s(12) = (  0.500 -0.866  0.000 )<br>                  ( -0.866 -0.500  0.000 )<br>                  (  0.000  0.000  1.000 )<br><br><br>     point group D_3h (-62m)<br>     there are  6 classes<br>     the character table:<br><br>       E     2C3   3C2   s_h   2S3   3s_v <br>A'_1   1.00  1.00  1.00  1.00  1.00  1.00<br>A'_2   1.00  1.00 -1.00  1.00  1.00 -1.00<br>E'     2.00 -1.00  0.00  2.00 -1.00  0.00<br>A''1   1.00  1.00  1.00 -1.00 -1.00 -1.00<br>A''2   1.00  1.00 -1.00 -1.00 -1.00  1.00<br>E''    2.00 -1.00  0.00 -2.00  1.00  0.00<br><br>     the symmetry operations in each class and the name of the first element:<br><br>     E        1<br>          identity                                               <br>     2C3      3    4<br>          120 deg rotation - cryst. axis [0,0,1]                 <br>     3C2      2    6    5<br>          180 deg rotation - cart. axis [0,1,0]                  <br>     s_h      7<br>          inv. 180 deg rotation - cart. axis [0,0,1]             <br>     2S3      9   10<br>          inv.  60 deg rotation - cryst. axis [0,0,1]            <br>     3s_v     8   11   12<br>          inv. 180 deg rotation - cart. axis [1,0,0]             <br><br>     Space group identification,  12 symmetries:<br><br>     Bravais lattice   4  hexagonal                               <br>     Point group number  21 / 107  D_3h (-62m)<br><br>     Nonsymmorphic operations not found: All fractional translations vanish<br>     Symmetries of the point group in standard order<br><br>        1       E   1<br>        2     i6z  57<br>        3      3z  27<br>        4     i2z  34<br>        5     3-z  28<br>        6    i6-z  58<br>        7     i2x  36<br>        8    2210  30<br>        9   i2110  64<br>       10      2y   3<br>       11   i2010  63<br>       12   21-10  29<br><br><br>     Space group nymber  187<br><br>     Space group P-6m2   (group number 187).<br>     The origin coincides with the ITA tables.<br><br>     The Laue class is D_6h(6/mmm)<br><br>     In this class the elastic tensor is<br><br>     ( c11  c12  c13   .    .    . )<br>     ( c12  c11  c13   .    .    . )<br>     ( c13  c13  c33   .    .    . )<br>     (  .    .    .   c44   .    . )<br>     (  .    .    .    .   c44   . )<br>     (  .    .    .    .    .    X )<br>     X=(c11-c12)/2<br><br>     It requires three strains: e1, e3, and e4<br>     for a total of 12 scf calculations<br><br>*****************************************************************************************************<br><br></div><div>It will be great if you can help me in solving this problem,<br><br></div><div>Thanks,<br></div><div>Best regards,<br></div><div>Krishnendu<br clear="all"></div><div><div><div><div><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div>Dr. Krishnendu Mukherjee,</div></div><div><br></div><div>Principal Scientist,</div><div>CSIR-NML,</div><div>Jamshedpur.</div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div></div></div></div>