<div dir="auto">Thank you so much Mr. Mottioli</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 16-Jan-2018 11:02 PM, "Giuseppe Mattioli" <<a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
Dear Mohammad<br>
<br>
> *For example, in the given output file, unit of charge???*<br>
<br>
atomic units, i.e. number of electrons. The *valence* charge density<br>
is projected on the different l-channels of the pseudopotentials<br>
according to the Lowdin partition method (which may, or may not<br>
satisfy your purposes).<br>
<br>
> Also, How to find the charge transfer from molecule to the sheet or<br>
> vice versa?<br>
<br>
By calculating the difference between Lowdin charges of the<br>
interacting system and those of the isolated systems, but this is<br>
often not so easy in the case of molecule/surface systems because of<br>
two connected issues:<br>
1) the spilling parameter, that is, the charge density which does not<br>
fit in the Lowdin partition (you find ots value at the end of the<br>
projwfc.x output).<br>
2) the accumulation of diffuse charge between the molecule and the<br>
surface, which is hard to be assigned to atoms.<br>
<br>
You should therefore check that the results are meaningful. You may<br>
also try to use different partition methods to cross-check the<br>
results, see for example<br>
<br>
<a href="http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/" rel="noreferrer" target="_blank">http://theory.cm.utexas.edu/<wbr>henkelman/code/bader/</a><br>
<br>
HTH<br>
Giuseppe<br>
<br>
Quoting Ubaid Mohd <<a href="mailto:onlymubaid@gmail.com">onlymubaid@gmail.com</a>>:<br>
<br>
> Dear experts,<br>
><br>
> I am calculating the DOS and PDOS of adsorption of molecules on 2D<br>
> structures. I have successfully plotted DOS and PDOS successfully. However,<br>
> I want to know the unit of charges given on the atoms in the pdos.output<br>
> file.<br>
><br>
> *For example, in the given output file, unit of charge???*<br>
><br>
> *Lowdin Charges:<br>
><br>
>      Atom #   1: total charge =   4.9600, s =  1.1838, p =  2.7495, d<br>
> =  1.0267,<br>
>      Atom #   2: total charge =   4.9348, s =  1.1853, p =  2.8988, d<br>
> =  0.8507,<br>
>      Atom #   3: total charge =   4.9548, s =  1.1844, p =  2.7511, d<br>
> =  1.0192,<br>
>      Atom #   4: total charge =   5.0190, s =  1.1606, p =  2.7508, d<br>
> =  1.1076, *<br>
><br>
><br>
> Also, How to find the charge transfer from molecule to the sheet or<br>
> vice versa?<br>
><br>
> Thanks in advance for any help.<br>
><br>
><br>
> *Mohammad Ubaid*<br>
> *PhD Research Scholar*<br>
> *Department of Physics*<br>
> *Jamia Millia Islamia University*<br>
> *New Delhi - 110025*<br>
<br>
<br>
<br>
GIUSEPPE MATTIOLI<br>
CNR - ISTITUTO DI STRUTTURA DELLA MATERIA<br>
Via Salaria Km 29,300 - C.P. 10<br>
I-00015 - Monterotondo Scalo (RM)<br>
Mob (*preferred*) +39 373 7305625<br>
Tel + 39 06 90672342 - Fax +39 06 90672316<br>
E-mail: <<a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>><br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/<wbr>listinfo/pw_forum</a><br>
</blockquote></div></div>