
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN">

<html><body>

<p><span style="font-family: 'comic sans ms', sans-serif; font-size: small;">Dear Quantum Espresso users,</span></p>

<p> </p>

<p><span style="font-family: 'comic sans ms', sans-serif; font-size: small;">I'm attempting some basic calculations in order to obtain the IR spectra of molecules. I did a test for SiH4 molecule using the example given by Paolo in http://www.fisica.uniud.it/~giannozz/QE-Tutorial/tutorial_advph.html. </span></p>

<p><span style="font-family: 'comic sans ms', sans-serif; font-size: small;">On the other hand, I tried to do the same kind of simulation but now centering the molecule at the center of a simple cubic lattice. </span></p>

<p><span style="font-family: 'comic sans ms', sans-serif; font-size: small;"> I saw that centering the molecule at the center of the lattice I obtained some imaginary frequencies, 6 normal modes that are zero and positive frequencies (It's attached the file).</span></p>

<p><span style="font-family: 'comic sans ms', sans-serif; font-size: small;"> </span></p>

<p><span style="font-family: 'comic sans ms', sans-serif; font-size: small;">I was wondering if I have to use the transformation matrix in order to obtain the cartesian coordinates </span><span style="font-family: 'comic sans ms', sans-serif; font-size: small;">(with the center of mass of the molecule at the origin of the cell) into crystallographic units taking into account the symmetry of the lattice.</span></p>

<p><span style="font-family: 'comic sans ms', sans-serif; font-size: small;"> </span></p>

<p><span style="font-family: 'comic sans ms', sans-serif; font-size: small;">My question is, how is the way to define a molecule in order to obtain the correct results?</span></p>

<p><span style="font-family: 'comic sans ms', sans-serif; font-size: small;"> </span></p>

<p><span style="font-family: 'comic sans ms', sans-serif; font-size: small;">I know that centering the molecule at the center of the lattice is wrong due to the symmetry (C1). </span></p>

<p><span style="font-family: 'comic sans ms', sans-serif; font-size: small;"> </span></p>

<p><span style="font-family: 'comic sans ms', sans-serif; font-size: small;">Thanks in advance </span></p>

<p><span style="font-family: 'comic sans ms', sans-serif; font-size: small;"> </span></p>

<p><span style="font-family: 'comic sans ms', sans-serif; font-size: small;">Regards</span></p>

<p><span style="font-family: 'comic sans ms', sans-serif; font-size: small;"> </span></p>

<p><span style="font-family: 'comic sans ms', sans-serif; font-size: small;"> </span></p>

<div>--<br />Rubén Soria Martinez<br /><br />PhD Student<br /><br />Insitut de Physique et Chimie des Matériaux de Strasbourg (IPCMS).<br /><br /><span class="address-block"><span class="adr cn-address"><span class="street-address notranslate">23 Rue du Loess</span> <span class="locality"><br />STRASBOURG</span> <span class="postal-code"><br />67034</span> <span class="country-name">France</span></span></span><br /><br />TEL: +33 (0) 769289329s</div>

</body></html>