<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body dir="auto">
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
?? For MSD you should not fold back.<br>
<br>
<div id="AppleMailSignature">Sent from a tiny keyboard... Contact info:
<div>
<div><a href="http://theossrv1.epfl.ch/Main/Contact">http://theossrv1.epfl.ch/Main/Contact</a></div>
</div>
</div>
<div><br>
On 30 Oct 2017, at 09:19, Nam Tran <<a href="mailto:vnt981@uowmail.edu.au">vnt981@uowmail.edu.au</a>> wrote:<br>
<br>
</div>
<blockquote type="cite">
<div>
<meta name="Generator" content="Microsoft Exchange Server">
<!-- converted from text --><style><!-- .EmailQuote { margin-left: 1pt; padding-left: 4pt; border-left: #800000 2px solid; } --></style>
<meta content="text/html; charset=UTF-8">
<div dir="ltr">
<div id="x_divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt; color:#000000; font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">
<p>Dear Lorenzo and Pascal</p>
<p><br>
</p>
<p>Thank you so much for your kind replies. </p>
<p><br>
</p>
<p>Best Regards, </p>
<p>Nam Tran</p>
</div>
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="x_divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b>
<a href="mailto:pw_forum-bounces@pwscf.org">pw_forum-bounces@pwscf.org</a> <<a href="mailto:pw_forum-bounces@pwscf.org">pw_forum-bounces@pwscf.org</a>> on behalf of Lorenzo Paulatto <<a href="mailto:paulatz@gmail.com">paulatz@gmail.com</a>><br>
<b>Sent:</b> Monday, October 30, 2017 7:10:17 PM<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [Pw_forum] How to calculate Mean Square Displacement (MSD)</font>
<div> </div>
</div>
</div>
<font size="2"><span style="font-size:10pt;">
<div class="PlainText">On 30/10/17 08:29, Nam Tran wrote:<br>
> I do not know whether I should consider the distance with atom that goes <br>
> about outside the box (a) or its image (b). Please check the image below <br>
<br>
Usually the right thing is to consider the smallest of all the possible <br>
distances. I.e. you put the red atom in all the positions which are <br>
equivalent by periodic boundary conditions, these in principle are <br>
infinite but going up to the second neighboring cell is usually more <br>
than enough; for each case you take the distance with the blue atom, and <br>
you take the minimum of all the distances.<br>
<br>
kind regards<br>
<br>
<br>
-- <br>
Lorenzo Paulatto - Paris<br>
_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
</div>
</span></font></div>
</blockquote>
<blockquote type="cite">
<div><span>_______________________________________________</span><br>
<span>Pw_forum mailing list</span><br>
<span><a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a></span><br>
<span><a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a></span></div>
</blockquote>
</body>
</html>