<div dir="ltr"><div><div>First, I optimized the structure using LCAO code (ATK) on my local machine.<br></div>Then I submitted the same for optimization on HPC.<br><br></div>It worked fine. HPC shown No error.  <br><br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 24, 2017 at 4:09 PM, Paolo Giannozzi <span dir="ltr"><<a href="mailto:p.giannozzi@gmail.com" target="_blank">p.giannozzi@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>It might also be a problem of tiny numerical differences, due to different parallelization/compiler/<wbr>libraries/phases of the moon, leading the code to different execution patterns. It has always been hard to pinpoint the origin of those errors. <br><br></div>Paolo<br></div><div class="gmail_extra"><div><div class="h5"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 24, 2017 at 10:45 AM, Giuseppe Mattioli <span dir="ltr"><<a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it" target="_blank">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
Dear Bhushan<br>
<span><br>
> The calculation has successfully completed on my local server without any<br>
> error.<br>
<br>
</span>On mine too.<br>
<br>
It is likely an issue arising from a compiler or a library error, and<br>
it is of course *very difficult* to correct, because we have no access<br>
to your hpc facility and such kind of debug is a really time-consuming<br>
task. I can only suggest you to ask the hpc system administrator, to<br>
tell him that an application is running fine on your local cluster<br>
when compiled with a given compiler and linked against a given set of<br>
libraries, and it is not on the hpc cluster.<br>
<br>
HTH<br>
Giuseppe<br>
<div><div class="m_5265946539866459606h5"><br>
Quoting B S Bhushan <<a href="mailto:ecebhushan@gmail.com" target="_blank">ecebhushan@gmail.com</a>>:<br>
<br>
> Dear Dr.Giuseppe and Dr. Lorenzo,<br>
><br>
> The calculation has successfully completed on my local server without any<br>
> error.<br>
> However, I am not yet sure why I am getting the error on Supercomputer, and<br>
> how to get rid of it.<br>
><br>
> Thank you.<br>
><br>
><br>
> On Mon, Oct 23, 2017 at 9:54 PM, B S Bhushan <<a href="mailto:ecebhushan@gmail.com" target="_blank">ecebhushan@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
>> Dear Dr. Giuseppe,<br>
>><br>
>> I have already submitted the same job on a different machine (my local<br>
>> server) and awaiting the result. So far I have not seen any error, yet I am<br>
>> awaiting the final result.<br>
>><br>
>> The error I posted was actually received when I tried to perform it using<br>
>> a High Performance computing facility.<br>
>><br>
>> I will let you know of the result from my local server.<br>
>><br>
>><br>
>> On Mon, Oct 23, 2017 at 9:48 PM, B S Bhushan <<a href="mailto:ecebhushan@gmail.com" target="_blank">ecebhushan@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>>> Thank you very much for your support Dr. Lorenzo.<br>
>>><br>
>>> I will try these and let you know the result.<br>
>>><br>
>>> On Mon, Oct 23, 2017 at 9:07 PM, Lorenzo/Eric Paulatto <<br>
>>> <a href="mailto:ericpaulatto@gmail.com" target="_blank">ericpaulatto@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>><br>
>>>> Dear B S,<br>
>>>><br>
>>>> I've had a look at your input, I see that the C-N distance is already<br>
>>>> quite small at the beginning, and become even smaller after a couple of<br>
>>>> iteration; definitely smaller that the core radius of the two<br>
>>>> pseudopotentials used, which is a typical cause of<br>
>>>> diagonalisation problems.<br>
>>>><br>
>>>> You should try using some harder pseudopotentials, I've attached two<br>
>>>> hard pseudopotential fro mthe pslibrary of Andrea Dal Corso (do not forget<br>
>>>> to cite), which should do the trick. Take care of converging the cutoff.<br>
>>>> UPDATE: I'm not attaching the pseudos because they don't pass in the list,<br>
>>>> I'm sending them privately in a minute<br>
>>>><br>
>>>> Please let us know if this solves your problem!<br>
>>>><br>
>>>> kind regards<br>
>>>><br>
>>>> On 23/10/17 15:08, B S Bhushan wrote:<br>
>>>><br>
>>>> Dear Dr. Lorenzo,<br>
>>>><br>
>>>> I think the error is occurring in the 4th optimization step.<br>
>>>> I have attached the output file for your reference.<br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> Awaiting your kind response.<br>
>>>> B S Bhushan<br>
>>>> Ph.D Scholar,<br>
>>>> ABV-IIITM Gwalior, India.<br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> On Mon, Oct 23, 2017 at 4:44 PM, Lorenzo Paulatto <<a href="mailto:paulatz@gmail.com" target="_blank">paulatz@gmail.com</a>><br>
>>>> wrote:<br>
>>>><br>
>>>>> is it at the first structural relaxation step or later? I'm afraid that<br>
>>>>> doing a vc-relax of a small supercell with a defect could cause an<br>
>>>>> unphysical crunch<br>
>>>>><br>
>>>>> On 21/10/17 18:52, B S Bhushan wrote:<br>
>>>>><br>
>>>>> Dear Expert,<br>
>>>>><br>
>>>>> I was getting the below error while trying to vc-relax a doped graphene.<br>
>>>>> can you please suggest why is it occurring??<br>
>>>>><br>
>>>>><br>
>>>>>      iteration #  9     ecut=    30.00 Ry     beta=0.70<br>
>>>>>      Davidson diagonalization with overlap<br>
>>>>><br>
>>>>>  %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<wbr>%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<br>
>>>>> %%%%%%%%%%%%%%%%%%%<br>
>>>>>      Error in routine  cdiaghg (261):<br>
>>>>>       problems computing cholesky<br>
>>>>>  %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<wbr>%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<br>
>>>>> %%%%%%%%%%%%%%%%%%%<br>
>>>>><br>
>>>>>      stopping ...<br>
>>>>> application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 22<br>
>>>>> application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 20<br>
>>>>> application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 4<br>
>>>>> application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 2<br>
>>>>><br>
>>>>><br>
>>>>><br>
>>>>><br>
>>>>> Sincerely,<br>
>>>>><br>
>>>>> B S Bhushan,<br>
>>>>> Ph.D scholar,<br>
>>>>> ABV-IIITM Gwalior, India.<br>
>>>>><br>
>>>>><br>
>>>>> ______________________________<wbr>_________________<br>
>>>>> Pw_forum mailing<br>
</div></div>>>>>> listPw_forum@pwscf.orghttp://<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">p<wbr>wscf.org/mailman/listinfo/pw_f<wbr>orum</a><br>
<span>>>>>><br>
>>>>><br>
>>>>> --<br>
>>>>> Lorenzo Paulatto - Paris<br>
>>>>><br>
>>>>><br>
>>>>> ______________________________<wbr>_________________<br>
>>>>> Pw_forum mailing list<br>
>>>>> <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org" target="_blank">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
>>>>> <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listi<wbr>nfo/pw_forum</a><br>
>>>>><br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> ______________________________<wbr>_________________<br>
>>>> Pw_forum mailing<br>
</span>>>>> listPw_forum@pwscf.orghttp://<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">p<wbr>wscf.org/mailman/listinfo/pw_f<wbr>orum</a><br>
<span class="m_5265946539866459606im m_5265946539866459606HOEnZb">>>>><br>
>>>><br>
>>>> ______________________________<wbr>_________________<br>
>>>> Pw_forum mailing list<br>
>>>> <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org" target="_blank">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
>>>> <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listi<wbr>nfo/pw_forum</a><br>
>>>><br>
>>><br>
>>><br>
>><br>
<br>
<br>
<br>
</span><span class="m_5265946539866459606HOEnZb"><font color="#888888">GIUSEPPE MATTIOLI<br>
CNR - ISTITUTO DI STRUTTURA DELLA MATERIA<br>
Via Salaria Km 29,300 - C.P. 10<br>
I-00015 - Monterotondo Scalo (RM)<br>
Mob (*preferred*) <a href="tel:%2B39%20373%207305625" value="+393737305625" target="_blank">+39 373 7305625</a><br>
Tel <a href="tel:%2B%2039%2006%2090672342" value="+390690672342" target="_blank">+ 39 06 90672342</a> - Fax <a href="tel:%2B39%2006%2090672316" value="+390690672316" target="_blank">+39 06 90672316</a><br>
E-mail: <<a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it" target="_blank">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>><br>
</font></span><div class="m_5265946539866459606HOEnZb"><div class="m_5265946539866459606h5"><br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org" target="_blank">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listi<wbr>nfo/pw_forum</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">-- <br><div class="m_5265946539866459606gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br><br></div></div></div></div></div>
</font></span></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/<wbr>listinfo/pw_forum</a><br></blockquote></div><br></div>