<div dir="ltr"><div><div><div>Dear Matthieu,<br><br></div>Since, I have done the geometry relaxation using <b>vc-relax,</b> how can I maintain the same <b>Cell_Parameters</b> for all the three cases.<br><br></div>Thanks.<br></div>Bibhas<br><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Aug 12, 2017 at 8:22 PM, Matthieu Fortin-Deschênes <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthieu.fortin-deschenes@polymtl.ca" target="_blank">matthieu.fortin-deschenes@polymtl.ca</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I'm no expert, but I think you need to make the scf calculations with<br>
the same parameters, especially ecutrho and CELL_PARAMETERS.<br>
<br>
Matthieu<br>
<br>
Bibhas Manna <<a href="mailto:mannabibhas@gmail.com">mannabibhas@gmail.com</a>> a écrit :<br>
<span class=""><br>
> Dear Sir,<br>
><br>
> Thanking you for your quick reply.<br>
><br>
> I have used the same parameter for three charges. Following are the input<br>
> pp.x files:<br>
><br>
><br>
</span>> *For Substrate + molecules:*&inputpp<br>
<span class="">>     prefix  = 'PG_4_HCHO_PBE'<br>
>     outdir = './tmp/'<br>
>     filplot = 'PG_4_HCHO_charge'<br>
>     plot_num= 0<br>
>  /<br>
>  &plot<br>
>     nfile = 1<br>
>     filepp(1) = 'PG_4_HCHO_charge'<br>
>     weight(1) = 1.0<br>
>     iflag = 2<br>
>     output_format = 3<br>
>     fileout = 'PG4_HCHO.rho.dat'<br>
>     e1(1) =1.0, e1(2)=0, e1(3) = 0.0,<br>
>     e2(1) =0.0, e2(2)=0.0, e2(3) = 1.0,<br>
>     nx=56, ny=40<br>
>  /<br>
><br>
</span>> *For Substrate only:*&inputpp<br>
<span class="">>     prefix  = 'PG_4_PBE'<br>
>     outdir = './tmp/'<br>
>     filplot = 'PG_4_charge'<br>
>     plot_num= 0<br>
>  /<br>
>  &plot<br>
>     nfile = 1<br>
>     filepp(1) = 'PG_4_charge'<br>
>     weight(1) = 1.0<br>
>     iflag = 2<br>
>     output_format = 3<br>
>     fileout = 'PG4.rho.dat'<br>
>     e1(1) =1.0, e1(2)=0.0, e1(3) = 0.0,<br>
>     e2(1) =0.0, e2(2)=0.0, e2(3) = 1.0,<br>
>     nx=56, ny=40,<br>
>  /<br>
><br>
><br>
</span>> *For Gas molecule only:*&inputpp<br>
<div><div class="h5">>     prefix  = 'HCHO_PBE'<br>
>     outdir = './tmp/'<br>
>     filplot = 'HCHO_charge'<br>
>     plot_num= 0<br>
>  /<br>
>  &plot<br>
>     nfile = 1<br>
>     filepp(1) = 'HCHO_charge'<br>
>     weight(1) = 1.0<br>
>     iflag = 2<br>
>     output_format = 3<br>
>     fileout = 'HCHO.rho.dat'<br>
>     e1(1) =1.0, e1(2)=0.0, e1(3) = 0.0,<br>
>     e2(1) =0.0, e2(2)=0.0, e2(3) = 1.0,<br>
>      nx=56, ny=40,<br>
> /<br>
>  I am actually getting  error in the reading of the filepp(2) as follows:<br>
><br>
> Reading header from file  PG_4_HCHO_charge<br>
><br>
>    Info: using nr1, nr2, nr3 values from input<br>
>      Reading data from file  PG_4_HCHO_charge<br>
>      Reading data from file  PG_4_charge<br>
><br>
><br>
> %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<wbr>%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<wbr>%%%%%%%%%%%%%%%%%%<br>
>      Error in routine chdens (1):<br>
>      incompatible gcutm or dual or ecut<br>
><br>
> %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<wbr>%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<wbr>%%%%%%%%%%%%%%%%%%<br>
><br>
>      stopping ...<br>
><br>
> Thanks.<br>
> Bibhas<br>
><br>
> On Sat, Aug 12, 2017 at 7:59 PM, stefano de gironcoli <<a href="mailto:degironc@sissa.it">degironc@sissa.it</a>><br>
> wrote:<br>
><br>
>> you need to compute the three charges with the same parameters<br>
>><br>
>> stefano<br>
>><br>
>><br>
>> On 12/08/2017 16:20, Bibhas Manna wrote:<br>
>><br>
>> Dear All,<br>
>><br>
>> I am very new to Quantum Espresso. I want to get a charge density<br>
>> difference plot for a gas molecule adsorbed on the single layer graphene<br>
>> surface. Presently I am using pp.x to compute the same in QE v.5.1<br>
>> following an equation:<br>
>><br>
>>     ∆ρ=ρAB – ρA-ρB<br>
>><br>
>> Where, ρAB, ρA and ρB are the charge densities of graphene -molecule<br>
>> complex, graphene and molecule respectively. I have successfully computed<br>
>> all of these three charge densities using pp.x. Now, I am trying to find<br>
>> out the charge density difference using pp.x with nfile = 3, while all of<br>
>> these three charge files are available to me as inputs.<br>
>><br>
>> Unfortunately, I got an error in the output log:<br>
</div></div>>> *Error in routine chdens (1):<br>
>>        incompatible gcutm or dual or ecut*<br>
<span class="">>><br>
>> Since, I have different number of atoms in each of the three files, how<br>
>> can I make the charge files having same number of atomic coordinates?<br>
>><br>
>> I am sharing my input and output files for your kind considerations.<br>
>><br>
>> Can you help me to solve this problem?<br>
>><br>
>> Thanks with regards,<br>
>> Bibhas Manna<br>
>> Research Scholar,<br>
>> IIT Kharagpur, India<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> ______________________________<wbr>_________________<br>
>> Pw_forum mailing<br>
</span>>> listPw_forum@pwscf.orghttp://<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">p<wbr>wscf.org/mailman/listinfo/pw_<wbr>forum</a><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">>><br>
>><br>
>><br>
>> ______________________________<wbr>_________________<br>
>> Pw_forum mailing list<br>
>> <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
>> <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/<wbr>listinfo/pw_forum</a><br>
>><br>
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______________________________<wbr>_________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
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