<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Dear Raji,<br><br></div>I have run your input files for xcrysden and repeat the assymmetric unit for translation.<br></div>Aparently a few atoms may be missing along y-axis direction, as you may see in the attached file below. (right sided figure for 128 supercell with 2 repetition for both directions and left sided figures for 2-atoms cell with 10 repetition of the unit on both directions) <br></div>I haven't looked through all the 128-atom positions in your input file, but I think it is worthy for you. I could not find any mistake for other input parameters so far.<br><br></div>Regards,<br><br></div>Ricardo.<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 8 August 2017 at 11:12, Raji Abdulrafiu <span dir="ltr"><<a href="mailto:tunderaji@gmail.com" target="_blank">tunderaji@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-family:monospace,monospace;font-size:small;color:rgb(7,55,99);display:inline" class="gmail_default">​Dear colleagues</div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><div> </div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote"><div>thanks for your responses. I provide the scf file for 2-atom cell and the corresponding 128-atom supercell, respectively.<div style="font-family:monospace,monospace;font-size:small;color:rgb(7,55,99);display:inline" class="gmail_default">​ ​</div> </div></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote"><div>I emphasize that ​<div style="font-family:monospace,monospace;font-size:small;color:rgb(7,55,99);display:inline" class="gmail_default"> for the 2-atom cell, i obtained the following:</div></div></blockquote><div> </div><div><b>   <div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:small;color:rgb(7,55,99);display:inline">​ ​</div></b>t<div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:small;color:rgb(7,55,99);display:inline">​​</div>otal magnetization       =  <div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:small;color:rgb(7,55,99);display:inline">​  ​</div>  -0.00 Bohr mag/cell<br>     absolute magnetization    =     0.00 Bohr mag/cell<br><br><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:small;color:rgb(7,55,99);display:inline">​ and for the 128-atom supercell, the following was obtained:<br><br>​</div>    <div style="font-family:monospace,monospace;font-size:small;color:rgb(7,55,99);display:inline" class="gmail_default">​ ​</div>total magnetization       =    10.49 Bohr mag/cell<br>     absolute magnetization    =    12.94 Bohr mag/cell<br><br><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:small;color:rgb(7,55,99)">​Thank you.​</div><br>Abdulrafiu Tunde RAJI<div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:small;color:rgb(7,55,99);display:inline">​<br>​</div>School of Interdisciplinary Research and Graduate<div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:small;color:rgb(7,55,99);display:inline">​ ​</div>Studies (SIRCGS), <br>University of South Africa (UNISA),<br>
Mucklenuek<div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:small;color:rgb(7,55,99);display:inline">​,​</div><br>
Pretoria 0003,<br>South Africa.<br></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote"><div><div style="font-family:monospace,monospace;font-size:small;color:rgb(7,55,99);display:inline" class="gmail_default">​</div><br>***2-atom cell*****​<br> </div></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote"><div style="font-family:monospace,monospace;font-size:small;color:rgb(7,55,99);display:inline" class="gmail_default">&control<br>    calculation='scf'<br>    restart_mode='from_scratch',<br>    pseudo_dir = '../pseudos_silic/',<br>    outdir='./scr.Silicene'<br>    prefix='Si'<br>    tprnfor = .true.,<br>    tstress = .true.<br> /<br><br> &system<br>    ibrav=0, <br>    celldm(1) = 7.32044250487141336354,<br>    nat=2,<br>    ntyp=1,<br>    nspin = 2, <br>    ecutwfc=50<br>    ecutrho = 600.0,<br>    occupations='smearing',<br>    smearing='methfessel-paxton',<br>    starting_magnetization(1) = 1.0<br>    degauss=0.015<br><br> /<br> &electrons<br>    diagonalization='david'<br>    conv_thr = 1.0e-8<br>    mixing_beta = 0.5<br>    mixing_mode = 'local-TF'<br>    electron_maxstep = 300<br>! /<br>!&ions<br>! ion_dynamics = 'bfgs'<br>/<br>ATOMIC_SPECIES<br>Si  28.0855 Si.pbe-n-van.UPF<br><br>ATOMIC_POSITIONS  angstrom<br> Si   0.0        0.       0.0<br> Si   -1.935    -1.1171727531     0.44<br><br>CELL_PARAMETERS hexagonal<br>1             0.00              0.00<br>0.500000     -0.86602540378     0.00<br>0.00          0.00              4.64452797455544311118  <br><br>K_POINTS automatic<br>12      12       1       0        0       0  <br>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--<br><br><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:small;color:rgb(7,55,99)">​**128 -atom cell****<br>-------------<br>&control<br>    calculation='scf'<br>    restart_mode='from_scratch',<br>    pseudo_dir = '/home/rajiat/workdir_<wbr>silicine/pseudos_si/',<br>    outdir='./scr.Silicene/Sik331_<wbr>scr'<br>    prefix='Si_k331'<br>    tprnfor = .true.,<br>    tstress = .true.<br> /<br><br> &system<br>    ibrav=0, <br>    celldm(1) = 58.56351789910827601793,<br>    nat=128,<br>   ! lspinorb=.true.<br>   ! noncolin = .true.<br>    starting_magnetization(1)=0.1<br>    nbnd  = 400<br>    ntyp=1,<br>    nspin = 2, <br>    ecutwfc=50<br>    ecutrho = 600.0,<br>    occupations='smearing',<br>    smearing='methfessel-paxton',<br>    degauss=0.015<br><br> /<br> &electrons<br>    diagonalization='david'<br>    conv_thr = 1.0e-8<br>    mixing_beta = 0.5<br>    mixing_mode = 'local-TF'<br>    electron_maxstep = 300<br>! /<br>! &ions<br>! ion_dynamics = 'bfgs'<br>/<br>ATOMIC_SPECIES<br>Si  28.0855 Si.pbe-n-van.UPF<br><br>ATOMIC_POSITIONS  angstrom<br>   Si    0.0006187590    0.0003572410   -0.0002053100<br>   Si   -1.9356187590   -1.1175299940    0.4402053100<br>   Si    1.9375236610   -3.3544604580   -0.0002053100<br>   Si   0.0012861430   -4.4723476930    0.4402053100<br>   Si    3.8744285630   -6.7092781570   -0.0002053100<br>   Si    1.9381910450   -7.8271653920    0.4402053100<br>   Si    5.8113334650  -10.0640958560   -0.0002053100<br>   Si    3.8750959470  -11.1819830910    0.4402053100<br>   Si    7.7482383670  -13.4189135550   -0.0002053100<br>   Si    5.8120008490  -14.5368007900    0.4402053100<br>   Si    9.6851432690  -16.7737312540   -0.0002053100<br>   Si    7.7489057510  -17.8916184890    0.4402053100<br>   Si   11.6220481710  -20.1285489530   -0.0002053100<br>   Si    9.6858106530  -21.2464361880    0.4402053100<br>   Si   13.5589530730  -23.4833666520   -0.0002053100<br>   Si   11.6227155550  -24.6012538870    0.4402053100<br>   Si    3.8744285620    0.0003572410   -0.0002053100<br>   Si    1.9381910440   -1.1175299940    0.4402053100<br>   Si    5.8113334640   -3.3544604580   -0.0002053100<br>   Si    3.8750959460   -4.4723476930    0.4402053100<br>   Si    7.7482383660   -6.7092781570   -0.0002053100<br>   Si    5.8120008480   -7.8271653920    0.4402053100<br>   Si    9.6851432680  -10.0640958560   -0.0002053100<br>   Si    7.7489057500  -11.1819830910    0.4402053100<br>   Si   11.6220481700  -13.4189135550   -0.0002053100<br>   Si    9.6858106520  -14.5368007900    0.4402053100<br>   Si   13.5589530720  -16.7737312540   -0.0002053100<br>   Si   11.6227155540  -17.8916184890    0.4402053100<br>   Si   15.4958579740  -20.1285489530   -0.0002053100<br>   Si   13.5596204560  -21.2464361880    0.4402053100<br>   Si   17.4327628760  -23.4833666520   -0.0002053100<br>   Si   15.4965253580  -24.6012538870    0.4402053100<br>   Si    7.7482383650    0.0003572410   -0.0002053100<br>   Si    5.8120008470   -1.1175299940    0.4402053100<br>   Si    9.6851432670   -3.3544604580   -0.0002053100<br>   Si    7.7489057490   -4.4723476930    0.4402053100<br>   Si   11.6220481690   -6.7092781570   -0.0002053100<br>   Si    9.6858106510   -7.8271653920    0.4402053100<br>   Si   13.5589530710  -10.0640958560   -0.0002053100<br>   Si   11.6227155530  -11.1819830910    0.4402053100<br>   Si   15.4958579730  -13.4189135550   -0.0002053100<br>   Si   13.5596204550  -14.5368007900    0.4402053100<br>   Si   17.4327628750  -16.7737312540   -0.0002053100<br>   Si   15.4965253570  -17.8916184890    0.4402053100<br>   Si   19.3696677770  -20.1285489530   -0.0002053100<br>   Si   17.4334302590  -21.2464361880    0.4402053100<br>   Si   21.3065726790  -23.4833666520   -0.0002053100<br>   Si   19.3703351610  -24.6012538870    0.4402053100<br>   Si   11.6220481680    0.0003572410   -0.0002053100<br>   Si    9.6858106500   -1.1175299940    0.4402053100<br>   Si   13.5589530700   -3.3544604580   -0.0002053100<br>   Si   11.6227155520   -4.4723476930    0.4402053100<br>   Si  15.4958579720   -6.7092781570   -0.0002053100<br>   Si   13.5596204540   -7.8271653920    0.4402053100<br>   Si   17.4327628740  -10.0640958560   -0.0002053100<br>   Si   15.4965253560  -11.1819830910    0.4402053100<br>   Si   19.3696677760  -13.4189135550   -0.0002053100<br>   Si   17.4334302580  -14.5368007900    0.4402053100<br>   Si   21.3065726780  -16.7737312540   -0.0002053100<br>   Si   19.3703351600  -17.8916184890    0.4402053100<br>   Si  23.2434775800  -20.1285489530   -0.0002053100<br>   Si   21.3072400620  -21.2464361880    0.4402053100<br>   Si   25.1803824820  -23.4833666520   -0.0002053100<br>   Si   23.2441449640  -24.6012538870    0.4402053100<br>   Si   15.4958579710    0.0003572410   -0.0002053100<br>   Si   13.5596204530   -1.1175299940    0.4402053100<br>   Si   17.4327628730   -3.3544604580   -0.0002053100<br>   Si   15.4965253550   -4.4723476930    0.4402053100<br>   Si   19.3696677750   -6.7092781570   -0.0002053100<br>   Si   17.4334302570   -7.8271653920    0.4402053100<br>   Si   21.3065726770  -10.0640958560   -0.0002053100<br>   Si   19.3703351590  -11.1819830910    0.4402053100<br>   Si   23.2434775790  -13.4189135550   -0.0002053100<br>   Si   21.3072400610  -14.5368007900    0.4402053100<br>   Si   25.1803824810  -16.7737312540   -0.0002053100<br>   Si   23.2441449630  -17.8916184890    0.4402053100<br>   Si   27.1172873830  -20.1285489530   -0.0002053100<br>   Si   25.1810498650  -21.2464361880    0.4402053100<br>   Si   29.0541922850  -23.4833666520   -0.0002053100<br>   Si   27.1179547670  -24.6012538870    0.4402053100<br>   Si   19.3696677740    0.0003572410   -0.0002053100<br>   Si   17.4334302560   -1.1175299940    0.4402053100<br>   Si   21.3065726760   -3.3544604580   -0.0002053100<br>   Si   19.3703351580   -4.4723476930    0.4402053100<br>   Si   23.2434775780   -6.7092781570   -0.0002053100<br>   Si   21.3072400600   -7.8271653920    0.4402053100<br>   Si   25.1803824800  -10.0640958560   -0.0002053100<br>   Si   23.2441449620  -11.1819830910    0.4402053100<br>   Si   27.1172873820  -13.4189135550   -0.0002053100<br>   Si   25.1810498640  -14.5368007900    0.4402053100<br>   Si   29.0541922840  -16.7737312540   -0.0002053100<br>   Si   27.1179547660  -17.8916184890    0.4402053100<br>   Si   30.9910971860  -20.1285489530   -0.0002053100<br>   Si   29.0548596680  -21.2464361880    0.4402053100<br>   Si   32.9280020880  -23.4833666520   -0.0002053100<br>   Si   30.9917645700  -24.6012538870    0.4402053100<br>   Si   23.2434775770    0.0003572410   -0.0002053100<br>   Si   21.3072400590   -1.1175299940    0.4402053100<br>   Si   25.1803824790   -3.3544604580   -0.0002053100<br>   Si   23.2441449610   -4.4723476930    0.4402053100<br>   Si   27.1172873810   -6.7092781570   -0.0002053100<br>   Si   25.1810498630   -7.8271653920    0.4402053100<br>   Si   29.0541922830  -10.0640958560   -0.0002053100<br>   Si   27.1179547650  -11.1819830910    0.4402053100<br>   Si   30.9910971850  -13.4189135550   -0.0002053100<br>   Si   29.0548596670  -14.5368007900    0.4402053100<br>   Si   32.9280020870  -16.7737312540   -0.0002053100<br>   Si   30.9917645690  -17.8916184890    0.4402053100<br>   Si   34.8649069890  -20.1285489530   -0.0002053100<br>   Si   32.9286694710  -21.2464361880    0.4402053100<br>   Si   36.8018118910  -23.4833666520   -0.0002053100<br>   Si   34.8655743730  -24.6012538870    0.4402053100<br>   Si   27.1172873800    0.0003572410   -0.0002053100<br>   Si   25.1810498620   -1.1175299940    0.4402053100<br>   Si   29.0541922820   -3.3544604580   -0.0002053100<br>   Si   27.1179547640   -4.4723476930    0.4402053100<br>   Si   30.9910971840   -6.7092781570   -0.0002053100<br>   Si   29.0548596660   -7.8271653920    0.4402053100<br>   Si   32.9280020860  -10.0640958560   -0.0002053100<br>   Si   30.9917645680  -11.1819830910    0.4402053100<br>   Si   34.8649069880  -13.4189135550   -0.0002053100<br>   Si   32.9286694700  -14.5368007900    0.4402053100<br>   Si   36.8018118900  -16.7737312540   -0.0002053100<br>   Si   34.8655743720  -17.8916184890    0.4402053100<br>   Si   38.7387167920  -20.1285489530   -0.0002053100<br>   Si   36.8024792740  -21.2464361880    0.4402053100<br>   Si   40.6756216940  -23.4833666520   -0.0002053100<br>   Si   38.7393841760  -24.6012538870    0.4402053100<br><br>CELL_PARAMETERS hexagonal<br>1.0000000000     0.0000000000        0.0000000000<br>.50000000012907190219    -1.000000000        0.0000000000<br>0.0000000000     0.0000000000        .64535951095583512312<br><br>K_POINTS automatic<br>3        3        1       0        0       0​</div><br><br>Message: 6<br></div></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote">
Date: Mon, 7 Aug 2017 15:25:10 -0300<br>
From: Ricardo Afonso <<a href="mailto:ricardo@df.ufscar.br" target="_blank">ricardo@df.ufscar.br</a>><br>
Subject: Re: [Pw_forum] Magnetization in 2-atom unit<br>
        cell/corresponding      supercell*<br>
To: PWSCF Forum <<a href="mailto:pw_forum@pwscf.org" target="_blank">pw_forum@pwscf.org</a>><br>
Message-ID:<br>
        <CAA-DfvkQ38Oj98YM75i2nQRQuQi3<wbr>WUxbefN9rLu=<a href="mailto:ExeSsr%2Bxfw@mail.gmail.com" target="_blank">ExeSsr+xfw@mail.<wbr>gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br></blockquote><div>Please provide the input files for the supercell and the 2-atom unit cell.<br></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote">
<br>
My guess is that by building your supercell you may not have follow the<br>
same symmetry for 2-atom unit cell, if so then you will compensate<br>
differente the total magnetic moment to a different value. QE seems to<br>
assign the same pseudo potential for atoms in their simmetric position, if<br>
I'm not wrong. So you may have a longer calculation by using supercell, but<br>
it should "assign" equivalently each atom. Unfortunately I have not come<br>
across the QE code yet, but for my experience, it looks something like<br>
this, possibly.<br>
<br>
Best Regards. </blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote">
<br>
On 7 August 2017 at 12:13, Raji Abdulrafiu <<a href="mailto:tunderaji@gmail.com" target="_blank">tunderaji@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
><br>
> Dear Colleagues,<br>
><br>
> Kindly help me to clarify the following: I was dealing with a system which<br>
> in its ground pristine state should have a magnetic moment of zero. When  I<br>
> performed both scf and relax  calculations of a simple 2-atom unit cell of<br>
> the system, the total/absolute magnetic moments was indeed zero. However,<br>
> on performing supercell scf/relax calculations (consisting of 128 atoms)<br>
> for the same system, with the same pseudopotentials, while keeping all the<br>
> calculation parameters used for 2-atom unit cell constant for the supercell<br>
> (except for the k-points), the total (absolute) magnetization) are now<br>
> ~10.49 (12.94) Bohr mag/cell. I had thought the magnetization should be<br>
> zero, as obtained for the 2-atom cell. Could you please help to clarify<br>
> this, perhaps, I am missing something?<br>
><br>
> Thank you very much for your kind attention.<br>
><br>
> AT Raji.<br>
><br>
> ?*please note that I sent the same request earlier but got no response up<br>
> till now.?<br>
><br>
><br>
> --<br>
><br>
> ---------<br>
><br>
><br>
><br>
> *Abdulrafiu Tunde RAJISchool of Interdisciplinary Research and Graduate<br>
> Studies (SIRCGS), University of South Africa (UNISA),*<br>
><br>
> *Mucklenuek,*<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> *Pretoria 0003,South Africa.------------*<br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
><br>
> ---------<br>
><br>
><br>
><br>
> *Abdulrafiu Tunde RAJI, PhD (Physics)School of Interdisciplinary Research<br>
> and Graduate Studies (SIRCGS), University of South Africa (UNISA),*<br>
><br>
> *Mucklenuek,*<br>
><br><br>
><br>
<br>
<br><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<br>
--<br>
Ricardo Afonso<br>
Student of Magnetism and Superconductivity Group<br>
Federal University of Sao Carlos<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a rel="noreferrer" href="http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20170807/83177184/attachment-0001.html" target="_blank">http://pwscf.org/pipermail/pw_<wbr>forum/attachments/20170807/831<wbr>77184/attachment-0001.html</a><br>
<br></font></span></blockquote></div><div class="m_7237297370962302534gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><b><font face="times new roman, serif"><br></font></b></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/<wbr>listinfo/pw_forum</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><div>Ricardo Afonso<br></div>Student of Magnetism and Superconductivity Group<br></div><div>Federal University of Sao Carlos<br></div></div></div></div></div></div>
</div>