<div dir="ltr"><span style="font-size:12.800000190734863px">Thank You Dr. Alberto for clarifying my doubts and for the suggestion on using pp.x with plot_num=21.</span><div style="font-size:12.800000190734863px"><br><div>I am currently US PP and I guess as such my best option is to follow this convoluted procedure. I will follow your suggestions and will try to do the analysis with critic2.</div></div><div style="font-size:12.800000190734863px"><br></div><div style="font-size:12.800000190734863px">Thanks again for your time and response.</div><div style="font-size:12.800000190734863px"><br></div><div style="font-size:12.800000190734863px">Thank You,</div><div style="font-size:12.800000190734863px">Ankit Jain</div><div style="font-size:12.800000190734863px">Postdoctoral Researcher,</div><div style="font-size:12.800000190734863px">Stanford University</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 26, 2017 at 12:32 AM, Alberto Otero de la Roza <span dir="ltr"><<a href="mailto:aoterodelaroza@gmail.com" target="_blank">aoterodelaroza@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Ankit,<br>
<span class=""><br>
> 1. If I am extracting the right charge density from QE using pp.x in<br>
> step 2? I am extracting electron (pseudo)-charge density<br>
<br>
</span>Yes, plot_num=0 is the correct valence pseudo-charge density.<br>
<span class=""><br>
> 2. If I am specifying right valence electrons in step 3 with zpsp keyword,<br>
> especially for Cl, should it be be 7 or 17?<br>
<br>
</span>That depends on how many electrons your pseudopotentials represent. 7<br>
for Cl sounds about right unless you are doing pretty hardcore stuff<br>
(pun intended). But you shouldn't take my word for it - you can get<br>
the ZPSP by summing the number of valence electrons in the first few<br>
lines of the UPF file (column "occ").<br>
<span class=""><br>
> Also I need to specify total_density (rho_with_core.cube in above<br>
> case) as the argument to integrable?<br>
<br>
</span>Your second input should be:<br>
<br>
crystal rho_with_core.cube<br>
load rho_with_core.cube id rhoae<br>
load rho_without_core.cube id rhoval<br>
integrable rhoval<br>
yt<br>
<br>
The point is that you want to integrate rho_without_core (which sums<br>
to the correct number of electrons) in the basins of rho_with_core<br>
(which has maxima at the nuclear positions). Also, if you are using<br>
PAW and a recent version of QE (6.x), you don't need this convoluted<br>
process - a more "correct" version of the rho_with_core.cube can be<br>
obtained with plot_num = 21.<br>
<br>
Best,<br>
<br>
Alberto<br>
<br>
---<br>
Dr. Alberto Otero de la Roza<br>
Department of Chemistry,<br>
University of British Columbia, Okanagan<br>
Kelowna, British Columbia, Canada V1V 1V7<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/<wbr>listinfo/pw_forum</a><br>
</blockquote></div><br></div>