<div dir="ltr">Thank you sir.we will inform if anything same happens.<div><br></div><div>With Regards</div><div>Nipesh Dulal</div><div>Tribhuwan, university </div><div>Kathmandu, Nepal</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 3, 2017 at 1:08 PM, Lorenzo Paulatto <span dir="ltr"><<a href="mailto:lorenzo.paulatto@impmc.upmc.fr" target="_blank">lorenzo.paulatto@impmc.upmc.fr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">WHen using ultrasoft pseudopotentials (as you do), this error may<br>
indicate that the atoms got much closer to each other than they should.<br>
You can try to check the last relaxed positions with xcrysden or, put<br>
them back in an input file and use dist.x, to verify that nothing is<br>
suspect.<br>
<br>
hth<br>
<div><div class="h5"><br>
On 03/07/17 06:05, nipesh dulal wrote:<br>
> Dear QE experts<br>
><br>
> i am doing adsorption of bromine in 3*3 graphene sheet. But there comes<br>
> an error after one scf cycle which is mentioned below,<br>
><br>
><br>
><br>
> Writing output data file bromine_relax_pb.save<br>
>       NEW-OLD atomic charge density approx. for the potential<br>
><br>
>       negative rho (up, down):  1.894E-04 0.000E+00<br>
><br>
>       total cpu time spent up to now is     3015.2 secs<br>
><br>
>       per-process dynamical memory:   765.2 Mb<br>
><br>
>       Self-consistent Calculation<br>
><br>
>       iteration #  1     ecut=    45.00 Ry     beta=0.60<br>
>       Davidson diagonalization with overlap<br>
><br>
><br>
>       Error in routine cdiaghg (332):<br>
>       S matrix not positive definite<br>
><br>
><br>
>       stopping ...<br>
><br>
> Here is the input file i have used<br>
><br>
> &control<br>
> calculation='relax'<br>
> restart_mode='from_scratch'<br>
> prefix='bromine_relax_pb'<br>
> outdir='/home/physics/<wbr>Downloads/graphene/bromine',<br>
> pseudo_dir = '/home/physics/Downloads/<wbr>graphene/pseudopotentials',<br>
> tstress=.true.<br>
> tprnfor=.true.<br>
> verbosity='high'<br>
> forc_conv_thr=1.0d-3<br>
> etot_conv_thr=1.0d-4<br>
> /<br>
> &SYSTEM<br>
> ibrav=4<br>
> celldm(1)=13.95<br>
> celldm(3)=2.71<br>
> nat=20<br>
> ntyp=2<br>
> ecutwfc=45.0<br>
> ecutrho=450<br>
> occupations='smearing'<br>
> smearing='mv'<br>
> degauss=0.002<br>
> vdw_corr='dft-d'<br>
> /<br>
> &ELECTRONS<br>
> diagonalization='david'<br>
> mixing_mode='plain'<br>
> electron_maxstep = 100<br>
> mixing_beta=0.6<br>
> conv_thr = 1.0D-8<br>
> /<br>
> &IONS<br>
> ion_dynamics='bfgs'<br>
> /<br>
><br>
> ATOMIC_SPECIES<br>
> C 12.011 C.pbe-rrkjus.UPF<br>
> Br 79.90 Br.pbe-n-rrkjus_psl.0.2.UPF<br>
> ATOMIC_POSITIONS (angstrom)<br>
> C  0.001428319  -0.002221684   0.000000000<br>
> C  1.231420386   0.708643125   0.000000000<br>
> C  2.462100004  -0.002217662   0.000000000<br>
> C  3.692093444   0.708644819   0.000000000<br>
> C  -1.228907612  2.128792409   0.000000000<br>
> C  0.001083491   2.839646136   0.000000000<br>
> C  1.231766190   2.128786536   0.000000000<br>
> C  2.461756350   2.839644042   0.000000000<br>
> C  4.922778865  -0.002223457   0.000000000<br>
> C  6.152768802   0.708640258   0.000000000<br>
> C  3.692440675   2.128788864   0.000000000<br>
> C  4.922431282   2.839647087   0.000000000<br>
> C  -2.459244768  4.259790447   0.000000000<br>
> C  -1.229251320  4.970648411   0.000000000<br>
> C  0.001427750   4.259792429   0.000000000<br>
> C  1.231421212   4.970653053   0.000000000<br>
> C  2.462102410   4.259795383   0.000000000<br>
> C  3.692093014   4.970654542   0.000000000<br>
> Br 2.461756350   2.558726619   3.500000000<br>
> Br 2.461756350   0.278726619   3.500000000<br>
><br>
> K_POINTS {automatic}<br>
> 5 5 1 0 0 0<br>
><br>
><br>
> With Best Regards<br>
> Nipesh Dulal<br>
> Tribhuwan University<br>
> Kathmandu , Nepal<br>
><br>
><br>
</div></div>> ______________________________<wbr>_________________<br>
> Pw_forum mailing list<br>
> <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
> <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/<wbr>listinfo/pw_forum</a><br>
><br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
Dr. Lorenzo Paulatto<br>
IdR @ IMPMC -- CNRS & Université Paris 6<br>
phone: <a href="tel:%2B33%20%280%291%20442%2079822" value="+33144279822">+33 (0)1 442 79822</a> / skype: paulatz<br>
www:   <a href="http://www-int.impmc.upmc.fr/~paulatto/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www-int.impmc.upmc.fr/~<wbr>paulatto/</a><br>
mail:  23-24/423 Boîte courrier 115, 4 place Jussieu 75252 Paris Cédex 05<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/<wbr>listinfo/pw_forum</a></font></span></blockquote></div><br></div>