<div dir="ltr">Hello <div><br></div><div>I tried to calculate the potential energies of systems with Cu (100) and a thiol molecule (SCH3). Here, SCH3 is placed on the center hole of the Cu (100) surface. I tried to "lift" and "push" the thiol from the optimal position by every 0.2 angstrom in z-dir. In other words, I tried to fix the Cu-S bond distances every 0.2A step in z-dir, and calculated the energies of each step. I used 4 processors per each calculation. I optimized the ecut values using scf calculations before those relaxation calculations. </div><div><br></div><div>However, the calculations all failed with errors:  </div><div>a) Error in routine checkallsym (1): some of the original symmetry operations not satisfied</div><div>b) Error in routine check_constraint (1): on some constraint g = 0 is not satisfied</div><div>Either a or b, all of my calculations failed. </div><div><br></div><div>I tried </div><div>1) increased k-point to 8 8 1</div><div>2) increased / decreased 2 of ecut values   </div><div>3) different pseudopotentials - pbe-van series </div><div>But all failed. </div><div><br></div><div>What should I need to fix, to perform such bond distance scan? Especially, I feel the calculations are more unstable when I calculate the too close distance and dissociated state. Please let me know what options should be modified. </div><div><br></div><div>Following is a part of my script to calculate the energy of systems. </div><div><br></div><div><div>for i in 1.94727 2.01802 2.10546 2.20761 2.32252 2.44840 2.58364 2.72686 2.88042 3.03264 3.19334 3.35827 3.52683 3.69853 3.87294 4.04641; do</div><div>cupos=5.559607271</div><div>SCdis=1.847269479</div><div>CHdis=0.350112275</div><div>spos=`bc <<< "$i+$cupos"`</div><div>cpos=`bc <<< "$i+$cupos+$SCdis"`</div><div>hpos=`bc <<< "$i+$cupos+$SCdis+$CHdis"`</div><div>TMP_DIR=$INPUT_DIR/tmp_$i</div><div>mkdir -p $TMP_DIR </div><div><br></div><div>cat > ${INPUT}_${i}.in << EOF</div><div>&CONTROL</div><div>  prefix="${INPUT}_${i}",</div><div>  calculation='relax',</div><div>  outdir="$TMP_DIR",</div><div>  pseudo_dir="$PSEUDO_DIR",</div><div>  restart_mode= 'from_scratch',</div><div>  nstep = 200,</div><div>/</div><div><br></div><div>&SYSTEM</div><div>  ibrav=0,</div><div>  nat=21,</div><div>  ntyp=4,</div><div>  ecutwfc=75,</div><div>  ecutrho=580,</div><div>  occupations='smearing',</div><div>  smearing='methfessel-paxton',</div><div>  degauss=0.05,</div><div>/</div><div><br></div><div>&ELECTRONS</div><div>  diagonalization='david',</div><div>  conv_thr=1d-07,</div><div>  mixing_mode='plain',</div><div>  mixing_beta=0.100,</div><div>/</div><div><br></div><div>&IONS</div><div>  ion_dynamics = "damp",</div><div>/</div><div><br></div><div>ATOMIC_SPECIES</div><div><div>  Cu 63.546000 Cu.pbe-dn-rrkjus_psl.0.2.UPF</div><div>  S 32.065 S.pbe-n-rrkjus_psl.0.1.UPF</div><div>  C 12.010700 C.pbe-n-rrkjus_psl.0.1.UPF</div><div>  H 1.00794 H.pbe-rrkjus_psl.0.1.UPF</div></div><div><br></div><div>ATOMIC_POSITIONS {angstrom}</div><div>Cu       1.277917324   1.277917324   1.986989651</div><div>Cu       1.277924773   3.834096475   1.968243141</div><div>Cu       3.834096475   1.277924773   1.968243141</div><div>Cu       3.834152049   3.834152049   1.964836906</div><div>Cu      -0.007650369  -0.007650369   3.757264137</div><div>Cu      -0.007713787   2.563076890   3.757098988</div><div>Cu       2.563076890  -0.007713787   3.757098988</div><div>Cu       2.563146875   2.563146875   3.756943186</div><div>Cu       1.277643630   1.277643630   5.559607271</div><div>Cu       1.277264882   3.832919091   5.603109167</div><div>Cu       3.832919091   1.277264882   5.603109167</div><div>Cu       3.832950472   3.832950472   5.660547118</div><div>Cu      -0.032137093  -0.032137093   7.445476752</div><div>Cu      -0.033221407   2.585994776   7.447578702</div><div>Cu       2.585994776  -0.033221407   7.447578702</div><div>Cu       2.587199888   2.587199888   7.449822416</div><div>S        1.279623674   1.279623674   $spos</div><div>C        1.280325150   1.280325150   $cpos</div><div>H        0.546327157   0.546327157   $hpos</div><div>H        2.282789775   1.011689776   $hpos</div><div>H        1.011689776   2.282789775   $hpos</div><div><br></div><div>K_POINTS {automatic}</div><div>  4 4 1 0 0 0</div><div><br></div><div>CELL_PARAMETERS {angstrom}</div><div>   5.112330000   0.000000000   0.000000000</div><div>   0.000000000   5.112330000   0.000000000</div><div>   0.000000000   0.000000000   20.00000000</div><div><br></div><div>CONSTRAINTS</div><div>4 0.01</div><div>distance 13 17 $i</div><div>distance 14 17 $i</div><div>distance 15 17 $i</div><div>distance 16 17 $i</div><div>EOF</div></div><div><br></div><div>Thank you </div><div><br></div><div>Best wishes </div><div><br></div><div>Joon</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div>