<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none"><!-- p { margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; }--></style>
</head>
<body dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
Hi <br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
I calculated the binding energy of a cluster (species1) with a ligand(species 2) with this formula:<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
E_{total} - E_{species1} - E_{species2}<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
I run PAW in a cubic cell large enough to avoid periodicity effects in the calculations (10 angstrom each side).<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
The geometry converges very well to a 2.1 angstrom distance between species, as we expected.<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
However, the results are surprising from two respects.<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
First, the binding energy is too high. ~500 kcal/mol<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
Second, when I add new monomer to species2 (make a dimer), in principle, the binding energy should remain constant (The bond length remains the same).</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
However, I get extra ~200kcal/mol in the energy.<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
The number of electrons:<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
cluster (species1): 499<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
monomer (species2): 60<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<font face="Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif" size="2"><span style="font-size: 16px;">dimer (species2): 102<br>
</span></font></div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<font face="Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif" size="2"><span style="font-size: 16px;"><br>
</span></font></div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<font face="Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif" size="2"><span style="font-size: 16px;">So, something should be wrong with the formula or a scaling factor is  needed here.<br>
</span></font></div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<font face="Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif" size="2"><span style="font-size: 16px;">I am wondering if you can guide me through this.<br>
</span></font></div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<font face="Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif" size="2"><span style="font-size: 16px;"><br>
</span></font></div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<font face="Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif" size="2"><span style="font-size: 16px;">Best regards<br>
</span></font></div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<font face="Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif" size="2"><span style="font-size: 16px;">Mohamad<br>
</span></font></div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px;">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">
<br>
​<br>
</div>
<p><br>
</p>
</body>
</html>