<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Nicola,<br><br></div>I got similar files as you have.<br></div>For what I understand, the gk.hdf5 correspond to evc.h5 for the WF.<br>gvectors.dat serves charge-density.hdf5. The two g spaces are different.<br></div><div>I mean if gvectors.dat can be written similar to gk.hdf5 as a part of  charge-density.hdf5 and also make  charge-density.hdf5 more readable.<br></div><div>I did h5ls  charge-density.hdf5 and the contents are like in a machine format. I would expect spin up/down with the coefficients dataset.<br><br></div><div>Ye<br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">===================<br>
Ye Luo, Ph.D.<br>
Leadership Computing Facility<br>
Argonne National Laboratory</div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">2016-08-29 9:30 GMT-05:00 nicola varini <span dir="ltr"><<a href="mailto:nicola.varini@epfl.ch" target="_blank">nicola.varini@epfl.ch</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <p>Dear Ye, thanks to contribute with your feedback. <br>
      1. Yes it could be done. Maybe Filippo has in mind a clear way to
      do this.<br>
      Locally we started to use spack (<a href="https://github.com/LLNL/spack" target="_blank">https://github.com/LLNL/spack</a><wbr>) to
      install software on the cluster.<br>
      In theory, spack should be able to solve the problem of
      dependencies quite seamless.<br>
      2. I developed mainly with Intel, but I'll try GCC a soon as I
      can.<br>
    </p>
    <p>On the AUSURF112 benchmark my output is:<br>
      [nvarini@deneb2 AUSURF112]$ ls -lrtah tempdir/gk.hdf5 <br>
      -rw-r--r-- 1 nvarini scitas-ge 3.0M 29. Aug 16:19 tempdir/gk.hdf5<br>
      [nvarini@deneb2 AUSURF112]$ ls -lrtah tempdir/ausurf.save/<br>
      Au.pbe-nd-van.UPF    data-file.xml        K00001/              <br>
      charge-density.hdf5  gvectors.dat         K00002/  <br>
      <br>
      Is the file gk.hdf5 what you are looking for? Is it created in
      your output directory?</p>
    <p>Nicola<br>
    </p><div><div class="h5">
    <p><br>
    </p>
    <br>
    <div>On 29.08.2016 16:01, Ye Luo wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      
      <div dir="ltr">
        <div>
          <div>
            <div>
              <div>
                <div>Hi Filippo,<br>
                  <br>
                </div>
                <div>I just noticed that src/ELPA is added in my
                  building command line even though it is not included
                  in the make.inc and I'm not using ELPA. The compiler
                  complains about the non-existing path.<br>
                </div>
                <div><br>
                </div>
                I have tried the experimental HDF5 support in QE 6.0. It
                is great to have hdf5 support.<br>
              </div>
              1, Some check could be added in the configure. Due to the
              mod file incompatible between compilers. I noticed most
              machines have installed hdf5 library build with GNU. When
              I build QE Intel compilers, the compiler complains.<br>
            </div>
            2, I tried to build QE with GNU 4.8.4. I need to uncomment
            "USE, intrinsic :: ISO_C_binding" first but then the
            compiler still complains about C_LOC. Unsolved.<br>
          </div>
          3, I also tried it with GNU 5.4 and hdf5 1.8.16. The two mpio
          routines can't be found in the library at the linking. Adding
          "USE h5fdmpio" in hdf_qe.90 solves the issue. Maybe there is
          an interface change in more recent hdf5.<br>
          I finally got the hdf5 working well in my test runs. Viva!<br>
          I have CCd Nicola who develops the hdf5 support, he can
          probably investigate the issues and also answer the following
          question.<br>
        </div>
        <div>I read the content of the h5 files. The wave function part,
          it has been well organized in kpoints and bands. however in
          the charge density h5, its gvectors are still in a .dat file
          and the content of the h5 seems not human readable. Do you
          have plans to improve them?<br>
          <br>
        </div>
        Thanks to every one. It's great to have a major release of QE.<br>
        <br>
        Best regards,<br>
        Ye<br>
      </div>
      <div class="gmail_extra"><br clear="all">
        <div>
          <div data-smartmail="gmail_signature">
            <div dir="ltr">===================<br>
              Ye Luo, Ph.D.<br>
              Leadership Computing Facility<br>
              Argonne National Laboratory</div>
          </div>
        </div>
        <br>
        <div class="gmail_quote">2016-08-28 16:51 GMT-05:00 Filippo
          SPIGA <span dir="ltr"><<a href="mailto:filippo.spiga@quantum-espresso.org" target="_blank">filippo.spiga@quantum-<wbr>espresso.org</a>></span>:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all,<br>
            <br>
            the Quantum ESPRESSO Development Team is pleased to release
            a beta version of Quantum ESPRESSO v6.0.<br>
            <br>
            We decided to disclose a beta release to collect from our
            user community as many feedback as possible and capture as
            many bugs as possible in advance. We will do our best to fix
            on time all isssues before the production release. The v6.0
            is planned by end of September. The "6.beta" archive can be
            downloaded from QE-FORGE:<br>
            <br>
            <a href="http://qeforge.qe-forge.org/gf/project/q-e/frs/?action=FrsReleaseView&release_id=219" rel="noreferrer" target="_blank">http://qeforge.qe-forge.org/gf<wbr>/project/q-e/frs/?action=FrsRe<wbr>leaseView&release_id=219</a><br>
            <br>
            <br>
            An important note: this is *not* a productionrelease so
            there may be issues and *not* all third-party packages are
            supported and available at this stage. After the beta period
            this archive will be removed.<br>
            <br>
            We appreciate and value your feedback, PLEASE download and
            try it. We look forward to hearing from you.<br>
            <br>
            Happy Computing<br>
            <br>
            --<br>
            Filippo SPIGA ~ Quantum ESPRESSO Foundation ~ <a href="http://www.quantum-espresso.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.quantum-espresso.or<wbr>g</a><br>
            <br>
            <br>
            ______________________________<wbr>_________________<br>
            Pw_forum mailing list<br>
            <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org" target="_blank">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
            <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listi<wbr>nfo/pw_forum</a><br>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    </div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><pre cols="72">-- 
Nicola Varini, PhD

Scientific IT and Application Support (SCITAS)
Theory and simulation of materials (THEOS)
CE 0 813 (Bâtiment CE)
Station 1
CH-1015 Lausanne
<a href="http://scitas.epfl.ch" target="_blank">http://scitas.epfl.ch</a>

Nicola Varini</pre>
  </font></span></div>

</blockquote></div><br></div>