<p dir="ltr">I don't think so. You just have to compute the energy of an isolated molecule with the geometry of the absorbed molecule. Paolo</p>
<div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">Il 17/ago/2016 07:45 AM, "Rolly Ng" <<a href="mailto:rollyng@gmail.com">rollyng@gmail.com</a>> ha scritto:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Dear Prof. Stefano,<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Thank you. So, is this a special feature of VASP? <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Regards,<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Rolly<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><div><div style="border:none;border-top:solid #b5c4df 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in"><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> <a href="mailto:pw_forum-bounces@pwscf.org" target="_blank">pw_forum-bounces@pwscf.org</a> [mailto:<a href="mailto:pw_forum-bounces@pwscf.org" target="_blank">pw_forum-bounces@<wbr>pwscf.org</a>] <b>On Behalf Of </b>Stefano de Gironcoli<br><b>Sent:</b> Wednesday, August 17, 2016 12:14 PM<br><b>To:</b> PWSCF Forum<br><b>Subject:</b> Re: [Pw_forum] Total energy of adsorbed molecule in a full system<u></u><u></u></span></p></div></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><br>On 17 Aug 2016, at 10:40, Rolly Ng <<a href="mailto:rollyng@gmail.com" target="_blank">rollyng@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p></div><blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt"><div><p>Dear QE experts,<u></u><u></u></p><p>I read about molecule deformation energy in the following article, I believe it was computed with VASP.<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">DFT studies of  the bonding mechanism of 8-hydroxyquinoline and derivatives on the (111) aluminum surface.<br>DOI:10.1039/C5CP03095A<br><br>The molecule deformation energy was defined as as, E(deform mol) = E(mol/ads) - E(mol/vac).<br>where E(mol/vac) is the total energy of the free molecule in vacuum, and E(mol/ads) is the total energy of the isolated molecule at the geometry after adsorption.<br><br>My question is how to get E(mol/ads) of the molecule from the full system? <u></u><u></u></p></div></blockquote><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><p class="MsoNormal">You can't.<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">Stefano <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><br><br><u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal">I have searched the .out file for "energy" but I canto find energy of individual atoms in the full system so I cannot do any summation like sumpdos.x?<br><br>Can anyone help?<br><br>Thank you,<br>Rolly Ng<br><br><u></u><u></u></p><pre>-- <u></u><u></u></pre><pre>PhD. Research Fellow,<u></u><u></u></pre><pre>Dept. of Physics & Materials Science,<u></u><u></u></pre><pre>City University of Hong Kong<u></u><u></u></pre><pre>Tel: <a href="tel:%2B852%203442%204000" value="+85234424000" target="_blank">+852 3442 4000</a><u></u><u></u></pre><pre>Fax: <a href="tel:%2B852%203442%200538" value="+85234420538" target="_blank">+852 3442 0538</a><u></u><u></u></pre></div><blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt"><div><p class="MsoNormal">______________________________<wbr>_________________<br>Pw_forum mailing list<br><a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org" target="_blank">Pw_forum@pwscf.org</a><br><a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/<wbr>listinfo/pw_forum</a><u></u><u></u></p></div></blockquote></div></div></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/<wbr>listinfo/pw_forum</a><br></blockquote></div></div>