Since I am using k-point to compute both molecule and full-system, I <br>obtained the Fermi energy as,<br><br>The molecule NTNO2 Fermi energy reads -3.5478 eV,<br>the full-system Fermi energy reads -2.1546 eV. <br><br>So I suppose the HOMO is located at the first band to the left of the <br>Fermi energy, and the LUMO is at the first band to the right of the <br>Fermi eenrgy. From the scf output at K = 0 0 0, I collect these number <br>for spin up and down as, <br>1) Molecule Up, HOMO -5.5984 eV, LUMO -3.2161 eV, so |delta| HOMO-LUMO <br>gap is 2.3823 eV <br>2) Molecule Down, HOMO -5.5981 eV, LUMO -3.2159 eV, so |delta| HOMO-LUMO <br>gap is 2.3822 eV <br>3) Full-system Up, HOMO -2.1696 eV, LUMO -2.1449 eV, so |delta| <br>HOMO-LUMO gap is 0.0247 eV <br>4) Full-system Down, HOMO -2.1935 eV, LUMO -2.1177 eV, so |delta| <br>HOMO-LUMO gap is 0.0758 eV <br><br>I can see the substantial drop in the H0MO-LUMO gap on the full-system <br>particularly for the Up spin configuration. Does this help to explain my <br>previous questions Q3+Q4 on physisorption vs. chemisorption? <br><br>I am running molecularpdos.x but it seems run for more than 10 hours on <br>a 12 cores/24 thread system without stopping and output as shown in the <br>attached screenshot? <br><br>However can I select fewer bands so it may help to reduce the <br>computation time? Is this i_bnd_beg_full = 1 refers to -28.1982 eV the <br>first one? or 2.1629 eV the last one? <br><br>Thank you for your patient. <br><br>Regards, <br>Rolly <br><br><div class="quote" style="line-height: 1.5"><br><br>-------- 原始邮件 --------<br>主题：Re: [Pw_forum] Using molecularpdos.x for adsorption on metal-doped<br> graphene<br>发件人：Guido Fratesi <fratesi@mater.unimib.it><br>收件人：PWSCF Forum <pw_forum@pwscf.org><br>抄送：<br><br><br type="attribution"><blockquote class="quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Rolly,<br><br>let me try to expand a bit my previous concise answers to your questions <br>(Q1-Q2):<br><br>As it is implemented, molecularpdos.x needs the two systems (full & <br>part) to be described by the very same parameters as of:<br>(1) unit cell dimensions<br>(2) k-point sampling<br>(3) number spin populations considered<br>(4) dimension of the localized basis set (atomic functions)<br><br>In principle, such close correspondence could be avoided in some cases <br>like where your reference (i.e., part) system is an isolated molecule. <br>Its states could be computed at the gamma point for a cell of your <br>choice, then the Bloch states (as would be obtained by computing them <br>for the same cell as for the full system) could be reconstructed <br>analytically. This is not implemented so far, so an explicit calculation <br>with the very same k-grid is needed (I generally copy the k-points as <br>given in output by pw.x for the full system).<br><br>Similarly, the spin-up states of the full system will be projected on <br>the spin-up states of the part (same for spin down); this requires you <br>to make a calculation with nspin=2 (but no magnetization) also when the <br>molecule by itself is not spin-polarized if it is embedded in a <br>spin-polarized system.<br><br>Smearing / not smearing is not relevant to molecularpdos.x : just use <br>the one adequate to each of the two calculations (full & part).<br><br>As for the dimension of the localized basis set, molecularpdos.x assumes <br>that the atomic orbitals of the full & part calculation correspond 1-1 <br>to each other, keeping the same order. The range of the orbitals to be <br>considered is specified by input variables <br>i_atmwfc_{beg,end}_{full,part} so the atoms to be considered have to be <br>consecutive and listed in the same order in the full & part systems. <br>BEWARE (common mistake) this range specifies the atomic wavefunctions <br>(see the output of projwfc.x for a list), not the atoms. You may want to <br>add atoms to the "part" calculation, e.g., add H to saturate a dangling <br>bond: in that case, just do not include the corresponding atomic states <br>in the range for molecularpdos.x.<br><br>Hope this helps,<br>Guido<br><br>On 09/08/2016 18:46, Rolly Ng wrote:<br>> Dear QE experts,<br>><br>> I am trying to refine computation of 3-NT adsorption on metal doped <br>> graphene using QE. This is according to our previous work<br>> http://dx.doi.org/10.1016/j.commatsci.2011.07.045<br>><br>> With the help of Dr. Guido Fratesi, I am exploring molecularpdos.x to <br>> find the change of HOMO and LUMO of the nitrated tyrosine molecule on <br>> adsorption to metal-doped graphene.<br>><br>> There are my questions and answers, your comments are welcome.<br>><br>> Q1) Spin polarization. The full system contains a metal doped graphene<br>> with single metallic atom of Au and Ni at the center and a 3-NT molecule<br>> adsorbed onto the graphene sheet, so I included nspin=2 for the full<br>> system. But the adsorbate (3-NT) molecule is likely to be nonmagnetic,<br>> so I did nspin=1 for its gas phase. Can molecularpdos.x cope with<br>> different nspin for the full system and adsorbate?<br>> A1) Yes, since nspin=2 can handle a nonmagnetic case<br>> R1) So, I am adding nspin=2 to the 3-NT molecules<br>><br>> Q2) K-points. I used smearing for the full system since it is<br>> semi-metallic. Should I use smearing for the molecule in gas phase? I<br>> believe this is not a good idea but can molecularpdos.x works with<br>> k-point and non k-point?<br>> A2) Smearing: no problem, K-points: should be the same<br>> R2) So, I am using the same K-points for both full system and single <br>> molecule.<br>><br>> Q3) I would like to evaluate the change of the HOMO-LUMO gap of the<br>> adsorbate (3-NT) on adsorption to the metal-doped graphene. Can<br>> molecularpdos.x do that?<br>> A3) Dr. Fratesi and his team used that code also to study <br>> molecules/graphene...<br>> http://dx.doi.org/10.1038/srep24603<br>> R3) Very useful and thank you!<br>><br>> Q4) I would like to determine if physisorption or chemisorption occurs as<br>> with DMol3, can molecularpdos.x do the same job? For the physisorption <br>> vs. chemisorption, the adsorption energy may be a good indicator. <br>> However, I believe the electronic structure of the bond may also <br>> indicate which type of adsorption it suppose to be?<br>><br>> With regards,<br>> Rolly<br>><br><br>-- <br>Guido Fratesi<br><br>Dipartimento di Fisica<br>Universita` degli Studi di Milano Italy<br><br>_______________________________________________<br>Pw_forum mailing list<br>Pw_forum@pwscf.org<br>http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum<br></blockquote></div>