<div dir="ltr">Hi, I worked at the same field, to find out which atoms could be doped with look<div><a href="https://www.researchgate.net/publication/285619763_Doping_graphene_with_a_monovacancy_bonding_and_magnetism">https://www.researchgate.net/publication/285619763_Doping_graphene_with_a_monovacancy_bonding_and_magnetism</a><br></div><div>You can use faster codes loke SIESTA to find most stable configurations of the molecule on the graphene surface, and then use QE for refined calcs</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-08-09 20:46 GMT+04:00 Rolly Ng <span dir="ltr"><<a href="mailto:rollyng@gmail.com" target="_blank">rollyng@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear QE experts,<br>
<br>
I am trying to refine computation of 3-NT adsorption on metal doped<br>
graphene using QE. This is according to our previous work<br>
<a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.commatsci.2011.07.045" rel="noreferrer" target="_blank">http://dx.doi.org/10.1016/j.<wbr>commatsci.2011.07.045</a><br>
<br>
With the help of Dr. Guido Fratesi, I am exploring molecularpdos.x to<br>
find the change of HOMO and LUMO of the nitrated tyrosine molecule on<br>
adsorption to metal-doped graphene.<br>
<br>
There are my questions and answers, your comments are welcome.<br>
<br>
Q1) Spin polarization. The full system contains a metal doped graphene<br>
with single metallic atom of Au and Ni at the center and a 3-NT molecule<br>
adsorbed onto the graphene sheet, so I included nspin=2 for the full<br>
system. But the adsorbate (3-NT) molecule is likely to be nonmagnetic,<br>
so I did nspin=1 for its gas phase. Can molecularpdos.x cope with<br>
different nspin for the full system and adsorbate?<br>
A1) Yes, since nspin=2 can handle a nonmagnetic case<br>
R1) So, I am adding nspin=2 to the 3-NT molecules<br>
<br>
Q2) K-points. I used smearing for the full system since it is<br>
semi-metallic. Should I use smearing for the molecule in gas phase? I<br>
believe this is not a good idea but can molecularpdos.x works with<br>
k-point and non k-point?<br>
A2) Smearing: no problem, K-points: should be the same<br>
R2) So, I am using the same K-points for both full system and single<br>
molecule.<br>
<br>
Q3) I would like to evaluate the change of the HOMO-LUMO gap of the<br>
adsorbate (3-NT) on adsorption to the metal-doped graphene. Can<br>
molecularpdos.x do that?<br>
A3) Dr. Fratesi and his team used that code also to study<br>
molecules/graphene...<br>
<a href="http://dx.doi.org/10.1038/srep24603" rel="noreferrer" target="_blank">http://dx.doi.org/10.1038/<wbr>srep24603</a><br>
R3) Very useful and thank you!<br>
<br>
Q4) I would like to determine if physisorption or chemisorption occurs as<br>
with DMol3, can molecularpdos.x do the same job? For the physisorption<br>
vs. chemisorption, the adsorption energy may be a good indicator.<br>
However, I believe the electronic structure of the bond may also<br>
indicate which type of adsorption it suppose to be?<br>
<br>
With regards,<br>
Rolly<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
PhD. Research Fellow,<br>
Dept. of Physics & Materials Science,<br>
City University of Hong Kong<br>
Tel: +852 3442 4000<br>
Fax: +852 3442 0538<br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/<wbr>listinfo/pw_forum</a><br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Best wishes,</div><div>Maxim Arsent'ev, Ph.D. (Chemistry)</div><div>Laboratory of research of nanostructures</div><div>Institute of Silicate Chemistry of RAS</div></div></div></div></div>
</div>