<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p>Dear all, <br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>I want to do a cell optimization on sodalite (a type of zeolite), however, after I visualize the structure in xcrysden, not only it distorts the whole cell but also the final configuration is very different (not actually sodalite) from its initial one. I
 put my input file in case you might need to take a look at. Any help would be thoroughly appreciated.
<br>
</p>
<p></p>
<div><span style="color: rgb(0, 111, 201);"><br>
<br>
&CONTROL</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                 calculation = 'vc-relax' ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                restart_mode = 'from_scratch' ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                  wf_collect = .true. ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                      outdir = './scratch' ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                      wfcdir = './scratch' ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                  pseudo_dir = '/global/espresso/pseudo' ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                      prefix = 'SOD' ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                   verbosity = 'high' ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">               etot_conv_thr = 1e-5 ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">               forc_conv_thr = 1e-4 ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                       nstep = 50 ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                     tstress = .true. ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                     tprnfor = .true. ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> /</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> &SYSTEM</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                       ibrav = 0,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                         nat = 42,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                        ntyp = 4,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                     ecutwfc = 50 ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                     ecutrho = 500 ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> /</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> &ELECTRONS</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">            electron_maxstep = 100,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                    conv_thr = 3e-8 ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                 mixing_mode = 'plain' ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                 mixing_beta = 0.7 ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">             diagonalization = 'david' ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> /</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> &IONS</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">                ion_dynamics = 'bfgs' ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">            trust_radius_ini = 0.5 ,</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> /</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">&CELL</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">        cell_dynamics = 'bfgs',</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">/</span><br>
<br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">CELL_PARAMETERS bohr</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">    16.720296750    0.000000000    0.000000000</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">     0.000000000   16.720296750    0.000000000</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">     0.000000000    0.000000000   16.720296750</span><br>
<br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">ATOMIC_SPECIES</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">   Si   28.08600  Si.pbe-n-rrkjus_psl.0.1.UPF</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">    O   15.99940  O.pbe-n-rrkjus_psl.0.1.UPF</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">    Al  26.981539 Al.pbe-n-rrkjus_psl.0.1.UPF</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">   Na   22.989769 Na.pbe-sp-van_ak.UPF</span><br>
<br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">ATOMIC_POSITIONS angstrom</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">Si   2.21200   0.00000   4.42400</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">Si   6.63600   0.00000   4.42400</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">Si   4.42400   2.21200   0.00000</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">Si   4.42400   6.63600   0.00000</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">Si   0.00000   4.42400   2.21200</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">Si   0.00000   4.42400   6.63600</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">Al   2.21200   4.42400   0.00000</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">Al   6.63600   4.42400   0.00000</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">Al   0.00000   2.21200   4.42400</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">Al   0.00000   6.63600   4.42400</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">Al   4.42400   0.00000   2.21200</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">Al   4.42400   0.00000   6.63600</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   1.20864   3.83826   1.31835</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   7.63936   5.00974   1.31835</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   7.63936   3.83826   7.52965</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   1.20864   5.00974   7.52965</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   1.31835   1.20864   3.83826</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   1.31835   7.63936   5.00974</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   7.52965   7.63936   3.83826</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   7.52965   1.20864   5.00974</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   3.83826   1.31835   1.20864</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   5.00974   1.31835   7.63936</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   3.83826   7.52965   7.63936</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   5.00974   7.52965   1.20864</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   8.26226   5.63264   5.74235</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   0.58574   3.21536   5.74235</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   8.26226   3.21536   3.10565</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   0.58574   5.63264   3.10565</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   5.63264   5.74235   8.26226</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   3.21536   5.74235   0.58574</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   3.21536   3.10565   8.26226</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   5.63264   3.10565   0.58574</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   5.74235   8.26226   5.63264</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   5.74235   0.58574   3.21536</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   3.10565   8.26226   3.21536</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> O   3.10565   0.58574   5.63264</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">Na   1.33074   1.33074   1.33074</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">Na   7.51726   1.33074   7.51726</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">Na   1.33074   7.51726   7.51726</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">Na   5.75474   5.75474   5.75474</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">Na   5.75474   3.09326   3.09326</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">Na   3.09326   5.75474   3.09326</span><br>
<br>
<br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">K_POINTS automatic</span><br>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"> 2 2 2   1 1 1</span><br>
</div>
<br>
<p></p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<div id="Signature">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Best,<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Amir M. Mofrad<span>    </span></p>
<p>Graduate Research Assistant <span>    </span></p>
<p>Chemical Engineering Department</p>
<p>University of Missouri<br>
</p>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>