<div dir="ltr">Thank you for your help.<div><br></div><div>Naseem</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Naseem Ud Din<br>Graduate Student<br>University of Central Florida<br>Orlando USA<br>Cell # +1-407-683-3016</div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 30, 2016 at 8:57 AM, Paolo Giannozzi <span dir="ltr"><<a href="mailto:p.giannozzi@gmail.com" target="_blank">p.giannozzi@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">The NEB code performs a linear interpolation of the "images" (routine<br>
"initial_guess", module "path_base"). This is the expected behavior if<br>
one provides only the end points. If one provides an already<br>
interpolated path, it has no effect. If however you provide a path<br>
that doesn't fall in either cases, intermediate images will be<br>
modified (actually, overwritten). I am not a big NEB expert so I am<br>
not sure this is the expected or desired behavior. If you do not like<br>
such behavior, the only solution I see is to modify the mentioned<br>
routine in such a way that it doesn't alter the input path if the<br>
number of input images is equal to the number of desired images<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Paolo<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Wed, Jun 29, 2016 at 7:45 PM, naseem <<a href="mailto:naseem91@gmail.com">naseem91@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Dear Paolo Giannozzi<br>
><br>
> Thanks for your help.<br>
> Here is the example, where the program reads input for first and last image<br>
> correctly,<br>
> while for intermediate images the program reads the atomic coordinates<br>
> incorrectly.<br>
> In this example I have the input files for  4 images and their outputs.<br>
><br>
> Thank you so much<br>
><br>
> Naseem<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> Naseem Ud Din<br>
> Graduate Student<br>
> University of Central Florida<br>
> Orlando USA<br>
> Cell # <a href="tel:%2B1-407-683-3016" value="+14076833016">+1-407-683-3016</a><br>
><br>
> On Tue, Jun 28, 2016 at 2:19 PM, naseem <<a href="mailto:naseem91@gmail.com">naseem91@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Dear Paolo Giannozzi<br>
>><br>
>> The input file, I have shown here only last few coordinates for<br>
>> comparison.<br>
>><br>
>> &CONTROL<br>
>> ! .control.settings.<br>
>> prefix                    = 'pwneb',<br>
>> pseudo_dir                = '/home/ndin/PP',<br>
>><br>
>> ! .<a href="http://control.io" rel="noreferrer" target="_blank">control.io</a>.<br>
>> verbosity                 = 'low',<br>
>> disk_io                   = 'low',<br>
>> wf_collect                = .false.,<br>
>> outdir                    = './tmp/',<br>
>><br>
>> ! .control.ion_relax.<br>
>> etot_conv_thr             = 0.0001,<br>
>> forc_conv_thr             = 0.001,<br>
>> nstep                     = 200,<br>
>> tprnfor                   = .true.,<br>
>> tstress                   = .false.,<br>
>> /<br>
>><br>
>> &SYSTEM<br>
>> ! .system.structure.<br>
>> a                         = 1.0,<br>
>> ibrav                     = 0,<br>
>> nat                       = 56,<br>
>> ntyp                      = 5,<br>
>><br>
>> ! .system.ecut.<br>
>> ecutwfc                   = 50,<br>
>> ecutrho                   = 300,<br>
>><br>
>> ! .system.occupations.<br>
>> degauss                   = 0.007,<br>
>> smearing                  = 'fd',<br>
>> occupations               = 'smearing',<br>
>><br>
>> ! .system.spin_pol.<br>
>> nspin                     = 2,<br>
>> ! .system.starting_magnetization.<br>
>> starting_magnetization(1) =  0.0 ,<br>
>> starting_magnetization(2) =  0.0 ,<br>
>> starting_magnetization(3) =  0.0 ,<br>
>> starting_magnetization(4) =  0.5 ,<br>
>> starting_magnetization(5) =  0.0 ,<br>
>> /<br>
>><br>
>> &ELECTRONS<br>
>> ! .electrons.<br>
>> diagonalization           = 'david',<br>
>> mixing_mode               = 'plain',<br>
>> electron_maxstep          = 300,<br>
>> mixing_beta               = 0.7,<br>
>> conv_thr                  = 1e-06,<br>
>> /<br>
>><br>
>> &IONS<br>
>> ! .ions.<br>
>> pot_extrapolation         = 'atomic',<br>
>> wfc_extrapolation         = 'none',<br>
>> ion_dynamics              = 'bfgs',<br>
>> /<br>
>><br>
>> ATOMIC_SPECIES<br>
>>     C  12.0110 C.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF<br>
>>     H   1.0079 H.pbe-kjpaw_psl.1.0.0.UPF<br>
>>     N  14.0070 N.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF<br>
>>    Mo  95.9500 Mo.pbe-spn-rrkjus_psl.1.0.0.UPF<br>
>>     O  15.9990 O.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF<br>
>><br>
>> ATOMIC_POSITIONS  crystal<br>
>>   N     0.95485020750000     0.56357849666667     0.49624390333334   1   1<br>
>> 1<br>
>>   N     0.20503544416667     0.60630526600000     0.50618120133333   1   1<br>
>> 1<br>
>>   N     0.79510299916667     0.39320398866667     0.49454676300000   1   1<br>
>> 1<br>
>>   N     0.90059305466666     0.50404797983333     0.49540709750000   1   1<br>
>> 1<br>
>>  Mo     0.25000197816666     0.50000281250000     0.50385069500000   1   1<br>
>> 1<br>
>>  Mo     0.75000097116666     0.49999966450000     0.49496505900000   1   1<br>
>> 1<br>
>>   O     0.27857126900000     0.52379958000000     0.78735826900000   1   1<br>
>> 1<br>
>>   O     0.21917709500000     0.47518250400000     0.78830996200000   1   1<br>
>> 1<br>
>> CELL_PARAMETERS<br>
>>    13.96747600000000     0.00000000000000     0.00000000000000<br>
>>     0.00000000000000    19.29957382133830     0.00000000000000<br>
>>     0.00000000000000     0.00000000000000    15.00000000000000<br>
>><br>
>> K_POINTS automatic<br>
>>    3    1    1   0   0   0<br>
>><br>
>><br>
>> The out put reads like this<br>
>><br>
>><br>
>>      coordinates at iteration   0<br>
>><br>
>><br>
>> ATOMIC_POSITIONS (crystal)<br>
>> N        0.957544089   0.564108314   0.491040077<br>
>> N        0.206819548   0.605649544   0.515574286<br>
>> N        0.796628928   0.393825710   0.491616776<br>
>> N        0.902045066   0.504897968   0.488557042<br>
>> Mo       0.249999821   0.500000792   0.503850698<br>
>> Mo       0.749998615   0.499998178   0.494965059<br>
>> O        0.278571269   0.523799580   0.690302740<br>
>> O        0.219177095   0.475182504   0.690540490<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>>    Info: using nr1, nr2, nr3 values from input<br>
>><br>
>>    Info: using nr1s, nr2s, nr3s values from input<br>
>><br>
>>      Parallelization info<br>
>>      --------------------<br>
>>      sticks:   dense  smooth     PW     G-vecs:    dense   smooth      PW<br>
>>      Min          89      59     15                 9347     5072     655<br>
>>      Max          90      60     16                 9360     5110     662<br>
>>      Sum       22973   15343   3923              2394473  1303361  168491<br>
>><br>
>><br>
>> Thank you in advance for your help.<br>
>><br>
>> Naseem<br>
>><br>
>> Naseem Ud Din<br>
>> Graduate Student<br>
>> University of Central Florida<br>
>> Orlando USA<br>
>> Cell # +1-407-683-3016<br>
>><br>
>> On Mon, Jun 27, 2016 at 1:34 PM, Paolo Giannozzi <<a href="mailto:p.giannozzi@gmail.com">p.giannozzi@gmail.com</a>><br>
>> wrote:<br>
>>><br>
>>> Please support your claim with some data, such as e.g. input and output<br>
>>> files<br>
>>><br>
>>> Paolo<br>
>>><br>
>>> On Mon, Jun 27, 2016 at 6:32 PM, naseem <<a href="mailto:naseem91@gmail.com">naseem91@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>> > Dear All<br>
>>> ><br>
>>> > I am trying to calculate reaction barrier using neb. The program<br>
>>> > doesn't<br>
>>> > read the coordinates correctly for intermediate image. It reads<br>
>>> > correctly<br>
>>> > the coordinates of initial and final image.<br>
>>> ><br>
>>> > Any help is really appreciated.<br>
>>> ><br>
>>> > thanks<br>
>>> ><br>
>>> > Naseem Ud Din<br>
>>> > Graduate Student<br>
>>> > University of Central Florida<br>
>>> > Orlando USA<br>
>>> > Cell # <a href="tel:%2B1-407-683-3016" value="+14076833016">+1-407-683-3016</a><br>
>>> ><br>
>>> > _______________________________________________<br>
>>> > Pw_forum mailing list<br>
>>> > <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
>>> > <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>> --<br>
>>> Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>
>>> Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>
>>> Phone <a href="tel:%2B39-0432-558216" value="+390432558216">+39-0432-558216</a>, fax <a href="tel:%2B39-0432-558222" value="+390432558222">+39-0432-558222</a><br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> Pw_forum mailing list<br>
>>> <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
>>> <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
>><br>
>><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Pw_forum mailing list<br>
> <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
> <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>
Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>
Phone <a href="tel:%2B39-0432-558216" value="+390432558216">+39-0432-558216</a>, fax <a href="tel:%2B39-0432-558222" value="+390432558222">+39-0432-558222</a><br>
_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>