<div dir="ltr"><div><br></div><div><span style="font-size:12.8px;font-weight:bold;white-space:nowrap">Dear Paolo Giannozzi</span><br></div><div><span style="font-size:12.8px;font-weight:bold;white-space:nowrap"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px;font-weight:bold;white-space:nowrap">Thanks for your help.</span></div><div><span style="font-size:12.8px;white-space:nowrap"><b>Here is the example, where the program reads input for first and last image correctly,</b></span></div><div><span style="font-size:12.8px;white-space:nowrap"><b>while for intermediate images the program reads the atomic coordinates incorrectly.</b></span></div><div><span style="font-size:12.8px;white-space:nowrap"><b>In this example I have the input files for  4 images and their outputs.</b></span></div><div><span style="font-size:12.8px;white-space:nowrap"><b><br></b></span></div><div><span style="font-size:12.8px;white-space:nowrap"><b>Thank you so much </b></span></div><div><span style="font-size:12.8px;white-space:nowrap"><b><br></b></span></div><div><span style="font-size:12.8px;white-space:nowrap"><b>Naseem </b></span></div><div><span style="font-size:12.8px;white-space:nowrap"><b> </b></span></div><div><span style="font-size:12.8px;font-weight:bold;white-space:nowrap"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px;font-weight:bold;white-space:nowrap"><br></span></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Naseem Ud Din<br>Graduate Student<br>University of Central Florida<br>Orlando USA<br>Cell # +1-407-683-3016</div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 28, 2016 at 2:19 PM, naseem <span dir="ltr"><<a href="mailto:naseem91@gmail.com" target="_blank">naseem91@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><span style="font-size:12.8px">Dear </span><span style="font-size:12.8px;font-weight:bold;white-space:nowrap">Paolo Giannozzi</span></div><div><br></div><div>The input file, I have shown here only last few coordinates for comparison.</div><div><br></div><div>&CONTROL</div><div>! .control.settings.</div><div>prefix                    = 'pwneb',</div><div>pseudo_dir                = '/home/ndin/PP',</div><div><br></div><div>! .<a href="http://control.io" target="_blank">control.io</a>.</div><div>verbosity                 = 'low',</div><div>disk_io                   = 'low',</div><div>wf_collect                = .false.,</div><div>outdir                    = './tmp/',</div><div><br></div><div>! .control.ion_relax.</div><div>etot_conv_thr             = 0.0001,</div><div>forc_conv_thr             = 0.001,</div><div>nstep                     = 200,</div><div>tprnfor                   = .true.,</div><div>tstress                   = .false.,</div><div>/</div><div><br></div><div>&SYSTEM</div><div>! .system.structure.</div><div>a                         = 1.0,</div><div>ibrav                     = 0,</div><div>nat                       = 56,</div><div>ntyp                      = 5,</div><div><br></div><div>! .system.ecut.</div><div>ecutwfc                   = 50,</div><div>ecutrho                   = 300,</div><div><br></div><div>! .system.occupations.</div><div>degauss                   = 0.007,</div><div>smearing                  = 'fd',</div><div>occupations               = 'smearing',</div><div><br></div><div>! .system.spin_pol.</div><div>nspin                     = 2,</div><div>! .system.starting_magnetization.</div><div>starting_magnetization(1) =  0.0 ,</div><div>starting_magnetization(2) =  0.0 ,</div><div>starting_magnetization(3) =  0.0 ,</div><div>starting_magnetization(4) =  0.5 ,</div><div>starting_magnetization(5) =  0.0 ,</div><div>/</div><div><br></div><div>&ELECTRONS</div><div>! .electrons.</div><div>diagonalization           = 'david',</div><div>mixing_mode               = 'plain',</div><div>electron_maxstep          = 300,</div><div>mixing_beta               = 0.7,</div><div>conv_thr                  = 1e-06,</div><div>/</div><div><br></div><div>&IONS</div><div>! .ions.</div><div>pot_extrapolation         = 'atomic',</div><div>wfc_extrapolation         = 'none',</div><div>ion_dynamics              = 'bfgs',</div><div>/</div><div><br></div><div>ATOMIC_SPECIES</div><div>    C  12.0110 C.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF</div><div>    H   1.0079 H.pbe-kjpaw_psl.1.0.0.UPF</div><div>    N  14.0070 N.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF</div><div>   Mo  95.9500 Mo.pbe-spn-rrkjus_psl.1.0.0.UPF</div><div>    O  15.9990 O.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF</div><div><br></div><div>ATOMIC_POSITIONS  crystal </div><div>  N     0.95485020750000     0.56357849666667     0.49624390333334   1   1   1</div><div>  N     0.20503544416667     0.60630526600000     0.50618120133333   1   1   1</div><div>  N     0.79510299916667     0.39320398866667     0.49454676300000   1   1   1</div><div>  N     0.90059305466666     0.50404797983333     0.49540709750000   1   1   1</div><div> Mo     0.25000197816666     0.50000281250000     0.50385069500000   1   1   1</div><div> Mo     0.75000097116666     0.49999966450000     0.49496505900000   1   1   1</div><div>  O     0.27857126900000     0.52379958000000     0.78735826900000   1   1   1</div><div>  O     0.21917709500000     0.47518250400000     0.78830996200000   1   1   1</div><div>CELL_PARAMETERS</div><div>   13.96747600000000     0.00000000000000     0.00000000000000</div><div>    0.00000000000000    19.29957382133830     0.00000000000000</div><div>    0.00000000000000     0.00000000000000    15.00000000000000</div><div><br></div><div>K_POINTS automatic</div><div>   3    1    1   0   0   0</div><div><br></div><div><br></div><div>The out put reads like this</div><div><br></div><div><div><br></div><div>     coordinates at iteration   0</div><div><br></div><div><br></div><div>ATOMIC_POSITIONS (crystal)</div><div>N        0.957544089   0.564108314   0.491040077</div><div>N        0.206819548   0.605649544   0.515574286</div><div>N        0.796628928   0.393825710   0.491616776</div><div>N        0.902045066   0.504897968   0.488557042</div><div>Mo       0.249999821   0.500000792   0.503850698</div><div>Mo       0.749998615   0.499998178   0.494965059</div><div>O        0.278571269   0.523799580   0.690302740</div><div>O        0.219177095   0.475182504   0.690540490</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>   Info: using nr1, nr2, nr3 values from input</div><div><br></div><div>   Info: using nr1s, nr2s, nr3s values from input</div><div> </div><div>     Parallelization info</div><div>     --------------------</div><div>     sticks:   dense  smooth     PW     G-vecs:    dense   smooth      PW</div><div>     Min          89      59     15                 9347     5072     655</div><div>     Max          90      60     16                 9360     5110     662</div><div>     Sum       22973   15343   3923              2394473  1303361  168491</div></div><div><br></div><div><br></div><div>Thank you in advance for your help.</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>Naseem</div></font></span></div><div class="gmail_extra"><span class=""><br clear="all"><div><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Naseem Ud Din<br>Graduate Student<br>University of Central Florida<br>Orlando USA<br>Cell # <a href="tel:%2B1-407-683-3016" value="+14076833016" target="_blank">+1-407-683-3016</a></div></div></div>
<br></span><div class="gmail_quote"><span class="">On Mon, Jun 27, 2016 at 1:34 PM, Paolo Giannozzi <span dir="ltr"><<a href="mailto:p.giannozzi@gmail.com" target="_blank">p.giannozzi@gmail.com</a>></span> wrote:<br></span><div><div class="h5"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Please support your claim with some data, such as e.g. input and output files<br>
<br>
Paolo<br>
<div><div><br>
On Mon, Jun 27, 2016 at 6:32 PM, naseem <<a href="mailto:naseem91@gmail.com" target="_blank">naseem91@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Dear All<br>
><br>
> I am trying to calculate reaction barrier using neb. The program doesn't<br>
> read the coordinates correctly for intermediate image. It reads correctly<br>
> the coordinates of initial and final image.<br>
><br>
> Any help is really appreciated.<br>
><br>
> thanks<br>
><br>
> Naseem Ud Din<br>
> Graduate Student<br>
> University of Central Florida<br>
> Orlando USA<br>
> Cell # <a href="tel:%2B1-407-683-3016" value="+14076833016" target="_blank">+1-407-683-3016</a><br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> Pw_forum mailing list<br>
> <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org" target="_blank">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
> <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
<span><font color="#888888"><br>
<br>
<br>
--<br>
Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>
Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>
Phone <a href="tel:%2B39-0432-558216" value="+390432558216" target="_blank">+39-0432-558216</a>, fax <a href="tel:%2B39-0432-558222" value="+390432558222" target="_blank">+39-0432-558222</a><br>
_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org" target="_blank">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
</font></span></blockquote></div></div></div><br></div>
</blockquote></div><br></div>