
<html><head><style>body{font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px}</style></head><body style="word-wrap:break-word"><div id="bloop_customfont" style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto"><div id="bloop_customfont" style="margin:0px">Hello!</div><div id="bloop_customfont" style="margin:0px"><br></div><div id="bloop_customfont" style="margin:0px">I was wondering if there is a way to define separate atom groups in QE (specifically for CPMD and BOMD) as one can do in classical MD software like GROMACS within an index file. I couldn’t find any reference to it in the docs nor on the web. The main purpose of this would be to somehow separate the positions/forces/energies of a ligand from the many hundreds of explicit solvent molecules surrounding it. This doesn’t seem possible within QE but any alternative suggestions would be helpful.</div></div><br><div id="bloop_sign_1466760459356823040" class="bloop_sign"><div>— </div><div>Kind Regards<br>Neven</div></div></body></html>