<div dir="ltr">For some reason, there is no .axsf file in the output directory, just a .xsf file that is also a single trajectory. Do you have any ideas why this could be so?</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Jun 5, 2016 at 8:40 AM, Giovanni La Penna <span dir="ltr"><<a href="mailto:lapenna.giovanni@gmail.com" target="_blank">lapenna.giovanni@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Natalie,<div><br></div><div> With that cppp input you should find in</div><div>the execution directory a file traj.axsf</div><div>with the 50 (nframes) frames in the animated XSF format (the</div><div>default format). The generated PDB is only one frame, likely</div><div>the last.</div><div>You can read the animated XSF file with VMD</div><div>either with "new molecule" or with "load data into molecule"</div><div>after reading the PDB with "new molecule".</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>               Giovanni</div></font></span><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><span class="">2016-06-03 18:51 GMT+02:00 Natalie Paige Schieber <span dir="ltr"><<a href="mailto:Natalie.Schieber@colorado.edu" target="_blank">Natalie.Schieber@colorado.edu</a>></span>:<br></span><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><span class=""><div><div>Hello all, <br><br></div>I am having trouble producing a full trajectory to be visualized in VMD using car-parrinello molecular dynamics. I am attempting to perform a car-parrinello molecular dynamics run on a crystalline benzene system and convert the resulting trajectory to a .pdb for visualization. I am not receiveing any errors in either the md run or the cppp.x run but the .pdb that is output by cppp.x only has a single frame, not the 60 frames that I would like. I have attached my input below, excluding the position portions, any help would be appreciated!<br><br></div></span><span class=""><div>       prefix = 'BNZtsest' , <br></div><div>       fileout = 'traj' , <br>       ldynamics = '.true' , <br>       lrotation = '.false' , <br>       lpdb = '.true',<br>       nframes = 50 , <br>       atomic_number(1) = 1, atomic_number(2) = 12 ,<br>       ndr = 50 ,<br>       lpdb = '.true' ,<br></div></span></div></blockquote></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>