<div dir="ltr"><div><div>Are you sure you need that many k-points and such a big cell in the z direction?<br></div>Attached a quick-and-dirty test. Parameters are likely far from yielding converged values, but it takes 50' on a single processor of my 2007 vintage PC. Before starting a full-fledged calculation at convergence, you should experiment a bit. Also, tuning the parallelism may make a significant difference.<br><br></div>Paolo<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 25, 2016 at 5:13 PM, Abualnaja, Faris <span dir="ltr"><<a href="mailto:f.abualnaja15@imperial.ac.uk" target="_blank">f.abualnaja15@imperial.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Dear all,</p>
<p><br>
</p>
<p>I am running phonon calculations on graphene, and the calculations are taking days to complete! The calculations are run on a supercomputer and are running in parallel. I am using QE version 4.3.1, the amount of k-points that are calculated are 12x12x1 for
 an MP-grid which reduces down to 19 irreducible symmetry points. My phonon input is below:</p>
<p><br>
</p>
<p></p>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">Phonon Dispersion of graphene</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)"> &inputph</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">  recover=.true.</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">  tr2_ph=1.0d-16</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">  ldisp=.true.</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">  nq1=12 nq2=12 nq3=1</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">  prefix='graphene'</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">  amass(1)=12.01</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">  fildyn='graphene.dyn'</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)"> /</span></p>
<br>
<p></p>
<p>and part of the output is shown here:</p>
<p><br>
</p>
<p></p>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">Parallel version (MPI), running on    48 processors</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     K-points division:     npool     =    3</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     R & G space division:  proc/pool =   16</span></p>
<p></p>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">                  :</span></p>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">                  :</span></p>
<p></p>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">Computing dynamical matrix for</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">                    q = (   0.0000000   0.0000000   0.0000000 )</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span><span style="background-color:rgb(190,190,190)">    </span><span style="background-color:rgb(190,190,190)"> 25 Sym.Ops. (with q -> -q+G )</span></span></p>
<p><span></span></p>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     G cutoff =  245.0079  (  16214 G-vectors)     FFT grid: ( 32, 32,600)</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     number of k points=   217  Methfessel-Paxton smearing, width (Ry)=  0.0100</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)">                  :</span>
<div><span style="background-color:rgb(190,190,190)">                  :<span style="background-color:rgb(255,255,255)"> </span></span></div>
<div><br>
</div>
<div>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">There are   4 irreducible representations</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span></span><br>
</p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     Representation     1      1 modes -B_2g To be done</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span></span><br>
</p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     Representation     2      2 modes -E_2g To be done</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span></span><br>
</p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     Representation     3      1 modes -A_2u To be done</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span></span><br>
</p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     Representation     4      2 modes -E_1u To b</span><span style="background-color:rgb(190,190,190)">e done</span></span></p>
<span style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif,'Apple Color Emoji','Segoe UI Emoji',NotoColorEmoji,'Segoe UI Symbol','Android Emoji',EmojiSymbols;font-size:16px;background-color:rgb(190,190,190)">                  :</span>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif,'Apple Color Emoji','Segoe UI Emoji',NotoColorEmoji,'Segoe UI Symbol','Android Emoji',EmojiSymbols;font-size:16px">
<span style="background-color:rgb(190,190,190)">                  :<span style="background-color:rgb(255,255,255)"> </span></span></div>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">G cutoff =  245.0079  ( 259459 G-vectors)     FFT grid: ( 32, 32,600)</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span></span><br>
</p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     Largest allocated arrays     est. size (Mb)     dimensions</span></p>
<p><span><span style="background-color:rgb(190,190,190)"> </span><span style="background-color:rgb(190,190,190)">       Kohn-Sham Wavefunctions         0.34 Mb     (   2220,  10)</span></span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">        NL pseudopotentials             0.07 Mb     (   2220,   2)</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">        Each V/rho on FFT grid          0.59 Mb     (  38912)</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">        Each G-vector array             0.12 Mb     (  16224)</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">        G-vector shells                 0.05 Mb     (   6856)</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     Largest temporary arrays     est. size (Mb)     dimensions</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">        Auxiliary wavefunctions         1.35 Mb     (   2220,  40)</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">        Each subspace H/S matrix        0.02 Mb     (     40,  40)</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">        Each <psi_i|beta_j> matrix      0.00 Mb     (      2,  10)</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span></span><br>
</p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     The potential is recalculated from file :</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     ./_ph0/graphene.save/charge-density.dat</span></p>
<p><span></span><br>
</p>
<p><span> <span style="background-color:rgb(190,190,190)">    Starting wfc are    8 atomic +    2 random wfc</span></span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span></span><br>
</p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     total cpu time spent up to now is      2.64
</span><span style="background-color:rgb(190,190,190)">secs</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span></span><br>
</p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     per-process dynamical memory:    15.0 Mb</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span></span><br>
</p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     Band Structure Calculation</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     Davidson diagonalization with overlap</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     c_bands:  1 eigenvalues not converged</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     c_bands:  1 eigenvalues not converged</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     c_bands:  1 eigenvalues not converged</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     c_bands:  1 eigenvalues not converged</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     c_bands:  1 eigenvalues not converged</span></p>
<p><span></span><br>
</p>
<p><span><span style="background-color:rgb(190,190,190)">  </span><span style="background-color:rgb(190,190,190)">   ethr =  1.25E-10,  avg # of iterations = 63.7</span></span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span></span><br>
</p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     total cpu time spent up to now is   4392.92
</span><span style="background-color:rgb(190,190,190)">secs</span></p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span></span><br>
</p>
<span style="background-color:rgb(190,190,190)"></span>
<p><span style="background-color:rgb(190,190,190)">     End of band structure calculation</span></p>
<br>
</div>
<div><span style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif,'Apple Color Emoji','Segoe UI Emoji',NotoColorEmoji,'Segoe UI Symbol','Android Emoji',EmojiSymbols;font-size:16px;background-color:rgb(190,190,190)">                  :</span>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif,'Apple Color Emoji','Segoe UI Emoji',NotoColorEmoji,'Segoe UI Symbol','Android Emoji',EmojiSymbols;font-size:16px">
<span style="background-color:rgb(190,190,190)">                  :<span style="background-color:rgb(255,255,255)"> </span></span></div>
<div><br>
</div>
Any suggestions on how to speed up the process and if I am missing something?! Thank you in advance for all your kind help and time.</div>
<div><br>
</div>
<div>Regards,</div>
<div><br>
</div>
<div>Faris</div>
<div>Imperial<br>
<p></p>
<p><br>
</p>
</div>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br><br></div></div></div></div></div>
</div>