<div dir="ltr"><div><span style="font-size:12.8px">Dear </span><span style="font-size:12.8px">Paolo, </span></div><div><br></div><div><span style="font-size:12.8px">Thank you so much for your help. It worked !. For others benefit, I am explaining what mistake/ correction I made. </span></div><div><span style="font-size:12.8px">1. First of all, file permission needs to be correct. </span></div><div><span style="font-size:12.8px">2. I added one line in PBS file to locate my input file. So my corrected PBS is as follows, </span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><div><span style="font-size:12.8px">#!/bin/bash</span></div><div><span style="font-size:12.8px">#PBS -l nodes=1:ppn=16</span></div><div><span style="font-size:12.8px">#PBS -l walltime=00:05:00</span></div><div><span style="font-size:12.8px">#PBS -q workq</span></div><div><span style="font-size:12.8px">#PBS -A hpc_graphene01</span></div><div><span style="font-size:12.8px">BIN_DIR=$ESPRESSO_ROOT/bin</span></div><div><span style="font-size:12.8px">myfile=/home/kmohsi1/QE</span></div><div><span style="font-size:12.8px">mpirun -np 16 $BIN_DIR/pw.x -i $myfile/<a href="http://gr.in">gr.in</a> </span></div></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Thanks all again. </span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">-----------------------------</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Date: Wed, 13 Apr 2016 07:29:07 +0200</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">From: Paolo Giannozzi <</span><a href="mailto:p.giannozzi@gmail.com" style="font-size:12.8px">p.giannozzi@gmail.com</a><span style="font-size:12.8px">></span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Subject: Re: [Pw_forum] running OpenMPI pw.x error</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">To: PWSCF Forum <</span><a href="mailto:pw_forum@pwscf.org" style="font-size:12.8px">pw_forum@pwscf.org</a><span style="font-size:12.8px">></span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Message-ID:</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">        <</span><a href="mailto:CAPMgbCtPLof7uKXNf5WeUR6a6O842g1Kgr9ZZFkjenaJ00_gNA@mail.gmail.com" style="font-size:12.8px">CAPMgbCtPLof7uKXNf5WeUR6a6O842g1Kgr9ZZFkjenaJ00_gNA@mail.gmail.com</a><span style="font-size:12.8px">></span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Content-Type: text/plain; charset="utf-8"</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">On Wed, Apr 13, 2016 at 3:19 AM, K.M. Mohsin <</span><a href="mailto:mohsin.eee@gmail.com" style="font-size:12.8px">mohsin.eee@gmail.com</a><span style="font-size:12.8px">> wrote:</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px"> Error in routine read_input (2):      opening input file</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">></span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">the input file is not there (or it is not readable anyway)</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Paolo</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">--</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Phone </span><a href="tel:%2B39-0432-558216" value="+390432558216" style="font-size:12.8px">+39-0432-558216</a><span style="font-size:12.8px">, fax </span><a href="tel:%2B39-0432-558222" value="+390432558222" style="font-size:12.8px">+39-0432-558222</a><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">-------------- next part --------------</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">An HTML attachment was scrubbed...</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">URL: </span><a href="http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20160413/ea9c5b2e/attachment-0001.html" rel="noreferrer" style="font-size:12.8px">http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20160413/ea9c5b2e/attachment-0001.html</a><br style="font-size:12.8px"></div><div><br></div><span style="font-size:12.8px"><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div>Date: Tue, 12 Apr 2016 20:19:21 -0500</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">From: "K.M. Mohsin" <</span><a href="mailto:mohsin.eee@gmail.com" style="font-size:12.8px">mohsin.eee@gmail.com</a><span style="font-size:12.8px">></span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Subject: [Pw_forum] running OpenMPI pw.x error</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">To: </span><a href="mailto:pw_forum@pwscf.org" style="font-size:12.8px">pw_forum@pwscf.org</a><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Message-ID:</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">        <</span><a href="mailto:CACCNgP4J2y2oT50Fm3G7S0uGc8%2BM%2BJf15ETWs7GHcsQgNNeEFQ@mail.gmail.com" style="font-size:12.8px">CACCNgP4J2y2oT50Fm3G7S0uGc8+M+Jf15ETWs7GHcsQgNNeEFQ@mail.gmail.com</a><span style="font-size:12.8px">></span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Content-Type: text/plain; charset="utf-8"</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Dear all,</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">I am trying to calculate SCF for graphene (2D bulk) using 16 processors. I</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">am having following errors. I am attaching Input and PBS file at the bottom</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">of email.</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Thanks.</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">*Error : *</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">------------------------------</span><span style="font-size:12.8px">------------------------------</span><span style="font-size:12.8px">--------------</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">MPI_ABORT was invoked on rank 1 in communicator MPI_COMM_WORLD</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">with errorcode 1.</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">You may or may not see output from other processes, depending on</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">exactly when Open MPI kills them.</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">*Inside output file: *</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Program PWSCF v.5.1 starts on  9Apr2016 at 12:38:21</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">     This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">     for quantum simulation of materials; please cite</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">         "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">          URL </span><a href="http://www.quantum-espresso.org/" rel="noreferrer" style="font-size:12.8px">http://www.quantum-espresso.org</a><span style="font-size:12.8px">",</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">     in publications or presentations arising from this work. More details</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">at</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">     </span><a href="http://www.quantum-espresso.org/quote" rel="noreferrer" style="font-size:12.8px">http://www.quantum-espresso.org/quote</a><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">     Parallel version (MPI), running on    16 processors</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">     R & G space division:  proc/nbgrp/npool/nimage =      16</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px"> %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%</span><span style="font-size:12.8px">%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%</span><span style="font-size:12.8px">%%%%%%%%%%%%%%%%%%</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px"> Error in routine read_input (2):      opening input file</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px"> %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%</span><span style="font-size:12.8px">%%%%%%%%%</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">     stopping ...</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">This error message is repeated 16 times from each processors.</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">*My input file:*</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">&CONTROL</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">calculation = 'scf'</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">restart_mode='from_scratch',</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">prefix='graphene',</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">pseudo_dir = '/home/kmohsi1/QE/',</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">outdir='./',</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">/</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">&SYSTEM</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">ibrav= 0,  celldm(1) =4.7375, nat= 2,  ntyp= 1,</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">ecutwfc =70.0,  ecutrho=560.0,  occupations='smearing',</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">nbnd = 8,  degauss=0.1, exxdiv_treatment = 'gygi-baldereschi' ,</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">/</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">&ELECTRONS</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">diagonalization='david',  electron_maxstep = 100,</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">mixing_mode = 'plain',  mixing_beta = 0.7,</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">conv_thr = 1.0d-2,</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">/</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">CELL_PARAMETERS alat</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">     1.000000000    0.000000000    0.000000000</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">     0.500000000    0.866025400    0.000000000</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">     0.000000000    0.000000000   12.000000000</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">ATOMIC_SPECIES</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">    C   12.00000  C.pz-rrkjus.UPF</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">ATOMIC_POSITIONS alat</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">    C      0.000000000    0.00000000    0.000000</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">    C      0.000000000    0.5773503     0.000000</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">K_POINTS tpiba_b</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">4</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">0.0000000 0.0000000 0.000 10</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">1.0000000 0.0000000 0.000 10</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">1.0000000 0.5773503 0.000 10</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">0.0000000 0.0000000 0.000 10</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">*For job submission I used following PBS file, *</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">#!/bin/bash</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">#PBS -l nodes=1:ppn=16</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">#PBS -l walltime=00:05:00</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">#PBS -q workq</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">#PBS -A hpc_graphene01</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">BIN_DIR=$ESPRESSO_ROOT/bin</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">mpirun -np 16 $BIN_DIR/pw.x -i </span><a href="http://gr.in/" rel="noreferrer" style="font-size:12.8px">gr.in</a><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">I appreciate any help, suggestion or comments. If I am missing any</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">necessary postfix or prefix in PBS command, please remind me.</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Thanks.</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">--</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">K. M</span><span class="" tabindex="0" style="font-size:12.8px"><span class="">. MOHSIN</span></span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">PhD candidate</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Dept. of Electrical and Computer Engineering,</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Louisiana State University, Baton Rouge, LA. U.S.A.</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Phone : </span><a href="tel:%2B1%20%28832%29%20868%208371" value="+18328688371" style="font-size:12.8px">+1 (832) 868 8371</a><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">-------------- next part --------------</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">An HTML attachment was scrubbed...</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">URL: </span><a href="http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20160412/a7e874fa/attachment-0001.html" rel="noreferrer" style="font-size:12.8px">http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20160412/a7e874fa/attachment-0001.html</a><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><font style="font-family:verdana,helvetica,sans-serif;font-style:italic" size="2"><span style="font-weight:bold"><br>K. M. MOHSIN<br>
</span>Graduate Research Assistant,<br>Dept. of Electrical and Computer Engineering,<br>Louisiana State University, Baton Rouge, LA. U.S.A.<br>Phone : +1 (832) 868 8371</font><div style="display:inline"></div></div>
</div>