<div dir="ltr">Hello all,<div><br></div><div>I have had mixed results with restarted calculations when calculating phonons in TMD MoSe2. Particularly, a dispersion obtained from an interrupted simulation that was restarted (after an unplanned stop) returned an 'ok' dispersion despite having some negative frequencies in the ZA branch (the ZA being the characteristic quadratic flexural phonon mode in 2D materials). This 'ok' dispersion was calculated on a 6x6x4 MP grid size. In an attempt to refine the simulation and avoid numerical errors, I increased the MP grid size to 17x17x1 (in literature a 2D grid size definition has been used to generate the dispersion of other 2D materials like MoS2) and implemented controlled stops within walltime limits to avoid unplanned interruptions in the simulation. Another change between the old and new simulation was the fact that I isolated the monolayer in the middle of the unit cell rather than resting at the bottom (I have provided both input scripts). The dispersion obtained from this latter simulation was practically nonsense as if the input file defined a highly unstable structure despite the convergence of relaxation calculations. In short the first interrupted simulation on a more coarse MP grid yield far better results than the isolated denser grid simulation. Is there any insight as to what possible errors that may have occurred? or is it possible that I did not trace the BZ appropriately as a result of the height offset? (I did attempt to trace along the z-direction at the Gamma and K points and their values were accurate and invariant of z despite the rest of the dispersion being completely incorrect)</div><div><br></div><div>%% the first input file that gave an ok dispersion %%</div><div><div>Phonons in MoSe2</div><div>&control</div><div>    calculation='scf'</div><div>    restart_mode='from_scratch',</div><div>    !pseudo_dir='directory where pseudopotentials are stored/',</div><div>    !outdir='directory where large files are written/'</div><div>    pseudo_dir='/home/cjfoss/espresso-5.1/pseudo/',</div><div>    outdir='/oasis/scratch/cjfoss/temp_project/out'</div><div>    prefix='mose2PH',</div><div> /</div><div> &system</div><div>    ibrav=4, celldm(1)=6.2134195, celldm(3)=8,</div><div>    nat=3, ntyp=2, ecutwfc =140</div><div> /</div><div> &electrons</div><div>    conv_thr =  1.0d-14</div><div>    mixing_beta = 0.7</div><div> /</div><div>ATOMIC_SPECIES</div><div> Mo  95.94    Mo.pw-mt_fhi.UPF</div><div> Se  78.96    Se.pw-mt_fhi.UPF</div><div>ATOMIC_POSITIONS alat</div><div>Se       0.000000000   0.000000000   0.000000000</div><div>Mo       0.500000000   0.288675135   0.493465193</div><div>Se       0.000000000   0.000000000   0.986930347</div><div>K_POINTS automatic</div><div> 6 6 4 1 1 1</div></div><div><br></div><div><br></div><div>%% the second input file that gave bad results %%</div><div><div>Phonons in MoSe2</div><div>&control</div><div>    calculation='scf'</div><div>    restart_mode='from_scratch',</div><div>    !pseudo_dir='directory where pseudopotentials are stored/',</div><div>    !outdir='directory where large files are written/'</div><div>    pseudo_dir='/home/cjfoss/espresso-5.1/pseudo/',</div><div>    outdir='/home/cjfoss/espresso-5.1/2dout'</div><div>    prefix='mose2PH_v7',</div><div> /</div><div> &system</div><div>    ibrav=4, celldm(1)=6.2134195, celldm(3)=8,</div><div>    nat=3, ntyp=2, ecutwfc =140</div><div> /</div><div> &electrons</div><div>    conv_thr =  1.0d-12</div><div>    mixing_beta = 0.7</div><div> /</div><div>ATOMIC_SPECIES</div><div> Mo  95.94    Mo.pw-mt_fhi.UPF</div><div> Se  78.96    Se.pw-mt_fhi.UPF</div><div>ATOMIC_POSITIONS alat</div><div>Se       0.000000000   0.000000000   3.000000000</div><div>Mo       0.500000000   0.288675135   3.493465193</div><div>Se       0.000000000   0.000000000   3.986930347</div><div>K_POINTS automatic</div><div> 17 17 1 1 1 1</div></div><div><br></div><div>%% note the main differences are the MP grid size and the z-direction offset.</div><div><br></div><div>Any insight is welcome!</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Cameron</div><div><br></div><div><br></div></div>