<div dir="ltr"><div><div><div>Respected sir,<br></div>I am facing a problem with the installation of quantum espresso 5.2.0 in my server of 2processor(12 core each). Though mpi is installed, quantum espresso failed to detect the parallel environment. I am using centOs 6.5. Some output of the related commands are attached along with the quantum espresso configuration.<br><br><br>[root@hpt espresso-5.2.0]# uname -a<br>Linux hpt.local 2.6.32-431.el6.x86_64 #1 SMP Fri Nov 22 03:15:09 UTC 2013 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux<br><br><br>[root@hpt espresso-5.2.0]# gcc -v<br>Using built-in specs.<br>Target: x86_64-redhat-linux<br>Configured with: ../configure --prefix=/usr --mandir=/usr/share/man --infodir=/usr/share/info --with-bugurl=<a href="http://bugzilla.redhat.com/bugzilla">http://bugzilla.redhat.com/bugzilla</a> --enable-bootstrap --enable-shared --enable-threads=posix --enable-checking=release --with-system-zlib --enable-__cxa_atexit --disable-libunwind-exceptions --enable-gnu-unique-object --enable-languages=c,c++,objc,obj-c++,java,fortran,ada --enable-java-awt=gtk --disable-dssi --with-java-home=/usr/lib/jvm/java-1.5.0-gcj-1.5.0.0/jre --enable-libgcj-multifile --enable-java-maintainer-mode --with-ecj-jar=/usr/share/java/eclipse-ecj.jar --disable-libjava-multilib --with-ppl --with-cloog --with-tune=generic --with-arch_32=i686 --build=x86_64-redhat-linux<br>Thread model: posix<br>gcc version 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-4) (GCC)<br><br><br>[root@hpt espresso-5.2.0]# icc -v<br>icc version 13.0.1 (gcc version 4.4.7 compatibility)<br><br><br>[root@hpt espresso-5.2.0]# which mpirun<br>/opt/openmpi/bin/mpirun<br><br>[root@hpt espresso-5.2.0]# echo $PATH<br>/opt/openmpi/bin:/opt/intel/composer_xe_2013.1.117/bin/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013.1.117/bin/intel64_mic:/opt/intel/composer_xe_2013.1.117/debugger/gui/intel64:/opt/openmpi/bin:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/kerberos/sbin:/usr/kerberos/bin:/opt/intel/composer_xe_2013.1.117/bin/intel64:/opt/intel/composer_xe_2013.1.117/bin/intel64_mic:/opt/intel/composer_xe_2013.1.117/debugger/gui/intel64:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/root/bin<br><br><br></div>[root@hpt espresso-5.2.0]# ./configure --enable-parallel<br>checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu<br>detected architecture... x86_64<br>checking for ifort... ifort<br>configure: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet<br>checking for Fortran compiler default output file name... a.out<br>checking whether the Fortran compiler works... yes<br>checking whether we are cross compiling... yes<br>checking for suffix of executables... <br>checking for suffix of object files... o<br>checking whether we are using the GNU Fortran compiler... no<br>checking whether ifort accepts -g... yes<br>checking for Fortran flag to compile .f90 files... none<br>checking for mpif90... mpif90<br>checking whether we are using the GNU Fortran compiler... no<br>checking whether mpif90 accepts -g... no<br>checking version of mpif90... unknown, assuming gfortran<br>configure: WARNING: parallel compiler mpif90 uses gfortran, but serial compiler ifort was detected<br>configure: WARNING: assuming F90=gfortran, discarding ifort<br>setting F90... gfortran<br>setting MPIF90... mpif90<br>checking for cc... cc<br>checking whether we are using the GNU C compiler... yes<br>checking whether cc accepts -g... yes<br>checking for cc option to accept ISO C89... none needed<br>setting CC... cc<br>checking how to run the C preprocessor... cc -E<br>checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep<br>checking for egrep... /bin/grep -E<br>checking for ANSI C header files... yes<br>checking for sys/types.h... yes<br>checking for sys/stat.h... yes<br>checking for stdlib.h... yes<br>checking for string.h... yes<br>checking for memory.h... yes<br>checking for strings.h... yes<br>checking for inttypes.h... yes<br>checking for stdint.h... yes<br>checking for unistd.h... yes<br>checking size of int *... 8<br>checking malloc.h usability... yes<br>checking malloc.h presence... yes<br>checking for malloc.h... yes<br>checking for struct mallinfo.arena... yes<br>checking for gfortran... gfortran<br>checking whether we are using the GNU Fortran 77 compiler... yes<br>checking whether gfortran accepts -g... yes<br>setting F77... gfortran<br>using F90... gfortran<br>setting FFLAGS... -O3 -g<br>setting F90FLAGS... $(FFLAGS) -x f95-cpp-input<br>setting FFLAGS_NOOPT... -O0 -g<br>setting CFLAGS... -O3<br>setting CPP... cpp<br>setting CPPFLAGS... -P -C -traditional<br>setting LD... mpif90<br>setting LDFLAGS... -g -pthread<br>setting AR... ar<br>setting ARFLAGS... ruv<br>checking whether make sets $(MAKE)... yes<br>checking whether Fortran files must be preprocessed... no<br>checking how to get verbose linking output from gfortran... -v<br>checking for Fortran 77 libraries of gfortran...  -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64 -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/../lib64 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../.. -lgfortranbegin -lgfortran -lm<br>checking for dummy main to link with Fortran 77 libraries... none<br>checking for Fortran 77 name-mangling scheme... lower case, underscore, no extra underscore<br>checking for library containing dgemm... no<br>MKL not found<br>in /opt/intel/composer_xe_2013.1.117/mkl/lib/intel64: checking for library containing dgemm... -lmkl_gf_lp64<br>checking for library containing dspev... none required<br>setting BLAS_LIBS... -L/opt/intel/composer_xe_2013.1.117/mkl/lib/intel64 -lmkl_gf_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core<br>setting LAPACK_LIBS...<br>checking for library containing dfftw_execute_dft... -lfftw3<br>setting FFT_LIBS... -lfftw3<br>setting MASS_LIBS...<br>checking for library containing mpi_init... no<br>setting MPI_LIBS...<br>checking for library containing mpi_init... (cached) no<br>setting SCALAPACK_LIBS...<br>setting DFLAGS... -D__GFORTRAN -D__STD_F95 -D__FFTW3<br>setting IFLAGS... -I../include<br>setting FDFLAGS... $(DFLAGS)<br>checking for ranlib... ranlib<br>setting RANLIB... ranlib<br>checking for wget... wget -O<br>setting WGET... wget -O<br>configure: creating ./config.status<br>config.status: creating include/fft_defs.h<br>config.status: creating make.sys<br>config.status: creating configure.msg<br>config.status: creating install/make_wannier90.sys<br>config.status: creating install/make_blas.inc<br>config.status: creating install/make_lapack.inc<br>config.status: creating include/c_defs.h<br>config.status: include/c_defs.h is unchanged<br>--------------------------------------------------------------------<br>ESPRESSO can take advantage of several optimized numerical libraries<br>(essl, fftw, mkl...).  This configure script attempts to find them,<br>but may fail if they have been installed in non-standard locations.<br>If a required library is not found, the local copy will be compiled.<br><br>The following libraries have been found:<br>  BLAS_LIBS=-L/opt/intel/composer_xe_2013.1.117/mkl/lib/intel64 -lmkl_gf_lp64  -lmkl_sequential -lmkl_core<br>  LAPACK_LIBS=<br>  FFT_LIBS= -lfftw3 <br>Please check if this is what you expect.<br><br>If any libraries are missing, you may specify a list of directories<br>to search and retry, as follows:<br>  ./configure LIBDIRS="list of directories, separated by spaces"<br><br>Parallel environment not detected \(is this a parallel machine?\).\<br>Configured for compilation of serial executables.<br><br>For more info, read the ESPRESSO User's Guide (Doc/users-guide.tex).<br>--------------------------------------------------------------------<br>configure: success<br><br></div><div>What is the procedure to install espresso parallely in my 24 core server?<br></div>Thanks in advance.<br><div><div><br></div><div>Best regards<br></div><div>Pratik Kr. Das<br><br></div><div><br clear="all"><div><div><div><div><div><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><div><div><i><span style="color:rgb(0,0,255)"><b>Pratik Kr. Das</b></span></i><br></div><span style="background-color:rgb(224,102,102)"><span style="color:rgb(106,168,79)"><span style="background-color:rgb(224,102,102)"><span><span style="background-color:rgb(204,204,204)"></span></span></span><span style="color:rgb(11,83,148)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">Research Fellow<br></span></span></span></span></div><div><span style="color:rgb(11,83,148)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">High Pressure and Temperature Lab<br></span></span></div><span style="color:rgb(11,83,148)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">Faculty of Science<br></span></span></div><span style="color:rgb(11,83,148)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">Jadavpur University<br></span></span></div><span style="color:rgb(11,83,148)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">Kolkata 700032<br></span></span></div><div><span style="background-color:rgb(224,102,102)"><span style="color:rgb(106,168,79)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><span style="color:rgb(11,83,148)">Ph No. <i><b><a href="tel:%2B91-9674162216" value="+919674162216" target="_blank">+91-9674162216</a></b></i></span><span></span></span></span></span><br></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div></div></div></div></div></div>