<div dir="ltr">Hello all,<div><br></div><div>I am trying to run a relaxation calculation on a monolayer of a transition metal dichalcogenide of Molydenum Diselenide (MoSe2) to then further obtain vibrational modes of that monolayer. I am using QE-5.1 with LDA functionals. I want the monolayer material so vdW corrections are neglected in this case. I am somewhat confident in the in-plane lattice constant but I am trying to relax the Se-Se distance to the equilibrium structure. Below is the input file for the relaxation:</div><div><br></div><div><div>&control<br></div><div>    calculation='relax'</div><div>    restart_mode='from_scratch',</div><div>    !pseudo_dir='directory where pseudopotentials are stored/',</div><div>    !outdir='directory where large files are written/'</div><div>    pseudo_dir='/home/cjfoss/espresso-5.1/pseudo/',</div><div>    outdir='/home/cjfoss/espresso-5.1/2dout'</div><div>    prefix='mose2PH_v7',</div><div> /</div><div> &system</div><div>    ibrav=4, celldm(1)=6.2134195, celldm(3)=8,</div><div>    nat=3, ntyp=2, ecutwfc =140</div><div> /</div><div> &electrons</div><div>    conv_thr =  1.0d-14</div><div>    mixing_beta = 0.7</div><div> /</div><div>&ions</div><div>    ion_dynamics='bfgs'</div><div>/</div><div>ATOMIC_SPECIES</div><div> Mo  95.94    Mo.pw-mt_fhi.UPF</div><div> Se  78.96    Se.pw-mt_fhi.UPF</div><div>ATOMIC_POSITIONS alat</div><div>Se       0.000000000   0.000000000   3.000000000 1 1 1</div><div>Mo       0.500000000   0.288675135   3.493465193 1 1 1</div><div>Se       0.000000000   0.000000000   3.986930347 1 1 1</div><div>K_POINTS automatic</div><div> 6 6 4 1 1 1</div><div><br></div></div><div>I expect this simulation to allow the <u>atomic positions</u> to relax leaving the actual lattice constant unchanged. I also expect the atomic positions to relax in all 3 directions (hence the 1 1 1 after each coordinate specification) but I have seen the x and y coordinates remain relatively unchanged. Again I am really after the Se-Se distance.</div><div><br></div><div>My questions are: is this relaxation calculation doing what I expect it to do? And is the equilibrium structure guaranteed if convergence is achieved? The motivation for the second question is that, I have run a relaxation calculation with this input file, it converges, but then I find negative frequencies in the phonon dispersion particularly with the ZA and TA modes (the ZA mode being the characteristic quadratic mode found in 2D monolayers such as graphene and would be most susceptible to variations in the Se-Se distance). As the simulation experienced no interruptions I suspect the negative frequencies to be a result of numerical issues with the atomic positions and/or the MP grid size (note I used an 8 8 1 grid size for the phonon calculation, not 6 6 4 as mentioned above)</div><div><br></div><div>A third question: Is there perhaps a better way to perform a relaxation calculation? or am I oversimplifying the system -- that is MoSe2 consists of a transition metal (Mo) and 2 chalcogens (Se), are there additional parameters that should be stated that I am leaving out?</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Cameron</div></div>