<div dir="ltr">Dear all,<div><br clear="all"><div><span style="font-size:12.8px">I was run molecular dynamics with the car-Parrinello (cp.x).</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">First I did the relaxation of the electronic wavefunction ( I don't know if it necessary to do it, because I get the positions from previous ab initio calculation).</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Second I did the relaxation of ionic coordinates ( an electon + ion damped dynamics). </span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Then, I did MD simulation with thermostat to know which temperature (T) that the system is stable at . My questions are: </span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">- How can I know  the T in which the system will be stable?</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">- How can I plot the structure of geometry in each T as a function of time (t)  to show if the geometry is preserved?</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">- How can I plot the distance of bonds as a function of t ?</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">- Which information can I get from file "cp.pos" and How can I get it ?</span><br></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Best Regards,</span></div><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><div style="text-align:left"><span style="color:rgb(0,0,255);font-family:'comic sans ms',sans-serif;font-size:small;line-height:18.2px"> FADOUA  EL YAHYAOUI</span></div><span style="color:rgb(0,0,255);font-family:'comic sans ms',sans-serif;font-size:small;line-height:18.2px"><div style="text-align:left"><span style="line-height:18.2px">PhD-</span><span style="line-height:18.2px">student</span><span style="line-height:18.2px"> in Physics of</span></div></span><span style="line-height:18.2px;color:rgb(0,0,255);font-family:'comic sans ms',sans-serif;font-size:small"><div style="text-align:left"><span style="line-height:18.2px">High energy-simulation& modeling</span></div></span><span style="color:rgb(0,0,255);font-family:'comic sans ms',sans-serif;font-size:small;line-height:18.2px"><div style="text-align:left"><span style="line-height:18.2px">University Mohammed V-Rabat</span></div></span><div style="text-align:left;font-size:12.8px"><font size="2" face="comic sans ms, sans-serif" color="#0000ff"><span style="line-height:18.2px">Morocco</span></font></div></blockquote><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"></blockquote></div></div></div></div>
</div></div>