<div dir="ltr">Dear <span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;color:rgb(0,0,0);white-space:pre-wrap">S. Appalakondaiah,</span><div><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="white-space:pre-wrap">Ok. you must construct a suitable super cell for this simulation. you have cell parameters from previous so for example if you need a super cell 4 times larger than fist cell, first put for celdem(1)  with 4*a and celdem(3) with c/(4*a), then change number of atoms to 16*2 atoms. you need larger values for Ecuts. decrease</span></font>  kpoint with 1/4 times. you must define position of C atoms for this super cell. you have  x,y,0 for 2 atoms cell , find x/4  and y/4  and shift them by 0.25 in x and y directions to obtain all 16 position. then put the metal atom above this unit cell. once above one C atom, above hexagon, above C-C bond , relax and compare the total energy of this systems.</div><div>Regards,</div><div>M. Pashangpour</div><div>Ph. D of physics, IIAU, Tehran, Iran</div><div><br><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;color:rgb(0,0,0);white-space:pre-wrap"><br></span></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 7, 2016 at 12:12 PM, Kondaiah Samudrala <span dir="ltr"><<a href="mailto:konda.physics@gmail.com" target="_blank">konda.physics@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><pre style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Dear M. Pashangpour</font></pre><pre style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Thank you very much for the reply. </font></pre><pre style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">I did the steps up to the level to super cell of my graphene. Now I am worrying about the step for  "Finally you add metal atom  to the system".</font></pre><pre style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Here my confusion is only one thing</font></pre><pre style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">1. Shall I replace one carbon atom with my metal atom and need to relax??</font></pre><pre style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">     or</font></pre><pre style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">2. I directly add  metal atom??? If I add a metal atom to my graphene sheet directly, how can I choose the position of the metal atom.</font></pre><pre style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Thanks in advance</font></pre><pre style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></pre><pre style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">with best regards</font></pre><pre style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">S. Appalakondaiah</font></pre><pre style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Researcher</font></pre><pre style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">HINT, SKKU</font></pre><pre style="color:rgb(0,0,0)"><span style="font-family:arial,sans-serif"><br></span></pre></div>
<br>_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br></blockquote></div><br></div>