<div dir="ltr"><div><div>Just an observation: there are constrained atoms. I am not sure how well current convergence criteria for BFGS deal with this case.<br><br></div><div>Paolo<br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 24, 2015 at 11:37 AM, Matej Huš <span dir="ltr"><<a href="mailto:matej.hus@gmail.com" target="_blank">matej.hus@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Thanks for very useful comments.<br>
<br>
Yes, vacuum region is indeed too low in this example (whoops, seems like<br>
I've attached an old input file). I also ran a calculation with 10 A of<br>
vacuum without any improvement. Open shell is unnecessary as it quickly<br>
converges to a closed shell solution. I've just wasted some CPU time with<br>
that.<br>
<br>
Ectuwfc, ecutrhc are large enough (converged). I believe K points should<br>
also not be the source of a problem.<br>
<br>
As for DFT-D2, I admit I am a bit in the dark here. How 'wrong' is it? Or to<br>
put differently, is it more wrong that not using dispersion correction at<br>
all? How about vdw-DF, how do I turn it on and does it perform better? Where<br>
can I find more important about that?<br>
<br>
Also, if I change/switch off the dispersion correction, then I will have to<br>
re-optimize all already converged structures (metal, isolated molecules,<br>
adsorbed intermediates), right? Looks rather tedious<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
Matej<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
<br>
-----Original Message-----<br>
From: <a href="mailto:pw_forum-bounces@pwscf.org">pw_forum-bounces@pwscf.org</a> [mailto:<a href="mailto:pw_forum-bounces@pwscf.org">pw_forum-bounces@pwscf.org</a>] On<br>
Behalf Of Ari P Seitsonen<br>
Sent: Tuesday, November 24, 2015 11:22 AM<br>
To: PWSCF Forum <<a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a>><br>
Subject: Re: [Pw_forum] bfgs optimization not going anywhere<br>
<br>
<br>
Dear Matej Hus,<br>
<br>
   Adding to the previous comments (I think that it is ok to use the k<br>
points, even though you might gain some CPU time by first indeed using<br>
Gamma-only and then increasing, as your cell is quite large), have you<br>
checked the length of your vacuum/lattice vector along the surface normal?<br>
If I see correctly, you have only about six Ångströms, which is already very<br>
(too) little, plus the DFT-D2 (Grimme-D2) adds quite strong an interaction<br>
through the vacuum at such distances I believe, plus the dipole<br>
correction...<br>
<br>
     Greetings from Peaceful Montrouge/France,<br>
<br>
        apsi<br>
<br>
PS My personal opinion of the vdW-DF* is, yes, they might be better, but<br>
first check the literature about a "suitable empirical choice of the<br>
particular mixture" of the functional, as some of the choices give quite<br>
large lattice constants already (4-5 % larger than experimental, which, of<br>
course, is not necessarily the target, rather a good adsorption geometry and<br>
energy). And often the best agreement is found by tuning the exchange<br>
functional, which naturally should have not nothing to do with the<br>
vdW/London dispersion, which is pure correlation... So much about "ab<br>
initio". ;)  The good news of the day is that it seems that seldomly things<br>
seem to go completely wrong, no matter which choice of the vdW-DF* you take,<br>
but still, I would study a bit the literature first. If any one has a<br>
reference for a good review on the vdW-DF* et co applied to surfaces and<br>
adsorption, I would also be very thankful! :)<br>
<br>
-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=-=*=<br>
-<br>
   Ari Paavo Seitsonen / <a href="mailto:Ari.P.Seitsonen@iki.fi">Ari.P.Seitsonen@iki.fi</a> / <a href="http://www.iki.fi/~apsi/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.iki.fi/~apsi/</a><br>
   Ecole Normale Supérieure (ENS), Département de Chimie, Paris<br>
   Mobile (F) : <a href="tel:%2B33%20789%2037%2024%2025" value="+33789372425">+33 789 37 24 25</a>    (CH) : <a href="tel:%2B41%2079%2071%2090%20935" value="+41797190935">+41 79 71 90 935</a><br>
<br>
<br>
On Tue, 24 Nov 2015, Matej Huš wrote:<br>
<br>
><br>
> Dear PW community<br>
><br>
> I have a problem when trying to find optimized geometry of an adsorbed<br>
> intermediate in "benzene" hydrogenation on Ru surface (see input below).<br>
><br>
> I believe I am fairly close to optimised structure since I'm only<br>
> adding one hydrogen  atom to an already optimised reactant and only<br>
> slight displacing the adjacent atoms.<br>
><br>
>  <br>
><br>
> The problem is that BFGS doesn't seem to go anywhere. Energy only<br>
> fluctuates, which to my understanding is a sign of being close to a<br>
minimum.<br>
> However, forces remain large.<br>
><br>
>  <br>
><br>
> I've switched to the damp algorithm and the problem persists. I've<br>
> searched through the forum and the usual approaches of tackling this<br>
> issue do not seem to work.<br>
><br>
>  <br>
><br>
> Any ideas? Thank you!<br>
><br>
> Matej Hus<br>
><br>
> Laboratory of Catalysis and Chemcial Reaction Engineering<br>
><br>
> National Institute of Chemistry<br>
><br>
> Ljubljana, Slovenia<br>
><br>
<br>
<br>
</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><span><span><font color="#888888">Paolo Giannozzi, Dept. Chemistry&Physics&Environment,<br>
Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>
Phone <a href="tel:%2B39-0432-558216" value="+390432558216" target="_blank">+39-0432-558216</a>, fax <a href="tel:%2B39-0432-558222" value="+390432558222" target="_blank">+39-0432-558222</a></font></span></span></div></div></div></div>
</div>