<div dir="ltr"><div>Please see here:<br><a href="http://www.quantum-espresso.org/faq/frequent-errors-during-execution/#5.2">http://www.quantum-espresso.org/faq/frequent-errors-during-execution/#5.2</a><br></div><div>Since zdotc is the function that segfaults, this (from the user guide) could be relevant:<br></div><a name="SECTION00037630000000000000"><br>2.7.6.3 Linux PCs with gfortran</a><br><p>
"There is a known incompatibility problem between the calling 
convention for Fortran functions that return complex values: there is the
convention used by 
g77/f2c, where in practice the compiler converts such functions to subroutines 
with a further parameter for the return value; gfortran instead produces a 
normal function returning a complex value.
If your system libraries were compiled using g77 (which may happen for
system-provided libraries in not-too-recent Linux distributions),
and you instead use gfortran to compile Q<small>UANTUM </small>ESPRESSO, your code
may crash or produce random results. This typically happens 
during calls to <tt>zdotc</tt>, which is one the most commonly used
complex-returning functions of BLAS+LAPACK.

</p><p>
For further details see for instance this link:
<br><tt><a href="http://www.macresearch.org/lapackblas-fortran-106#comment-17071">http://www.macresearch.org/lapackblas-fortran-106#comment-17071</a></tt>
<br>
or read the man page of gfortran under the flag <tt>-ff2c</tt>.

</p><p>
If your code crashes during a call to <tt>zdotc</tt>,
try to recompile Q<small>UANTUM </small>ESPRESSO using the internal BLAS and LAPACK
routines (using the <tt>-with-internal-blas</tt> and 
<tt>-with-internal-lapack</tt> parameters of the configure script)
to see if the problem disappears; or, add the <tt>-ff2c</tt> flag"
(info by Giovanni Pizzi, Jan. 2013).

</p><p>
Note that a similar problem with complex functions exists with MKL libraries
as well: if you compile with gfortran, link <tt>-lmkl_gf_lp64</tt>,
not <tt>-lmkl_intel_lp64</tt>, and the like for other architectures.
Since v.5.1, you may use the following workaround:
add preprocessing option <tt>-Dzdotc=zdotc_wrapper</tt> to <tt>DFLAGS</tt>.

</p><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 27, 2015 at 10:27 PM, Pulkit Garg <span dir="ltr"><<a href="mailto:pgarg8@asu.edu" target="_blank">pgarg8@asu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>[sparky-32:92490] *** Process received signal ***<br>[sparky-32:92490] Signal: Segmentation fault (11)<br>[sparky-32:92490] Signal code:  (128)<br>[sparky-32:92490] Failing at address: (nil)<br>[sparky-32:92490] [ 0] /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0xfcb0) [0x2ac8b2aa7cb0]<br>[sparky-32:92490] [ 1] /opt/intel/composer_xe_2013.3.163/mkl/lib/intel64/libmkl_avx.so(mkl_blas_avx_zdotc+0xe0) [0x2ac8c4de7da0]<br>[sparky-32:92490] [ 2] /opt/intel/composer_xe_2013.3.163/mkl/lib/intel64/libmkl_gf_lp64.so(zdotc_gf+0x2e) [0x2ac8b007a56e]<br>[sparky-32:92490] [ 3] /opt/intel/composer_xe_2013.3.163/mkl/lib/intel64/libmkl_gf_lp64.so(zdotc+0x26) [0x2ac8b007a87e]<br>[sparky-32:92490] *** End of error message ***<br>--------------------------------------------------------------------------<br>mpirun noticed that process rank 12 with PID 92490 on node sparky-32 exited on signal 11 (Segmentation fault).<br><br></div><div>I
 am able to run QE for my structure with 4 atoms and also when my 
structure has 50 atoms. But when I run QE for bigger structure (108 
atoms) I am getting the above error. People have posted similar errors 
but I am not sure what to do to fix this.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">Pulkit Garg</font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><span><span><font color="#888888">Paolo Giannozzi, Dept. Chemistry&Physics&Environment,<br>
Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>
Phone <a href="tel:%2B39-0432-558216" value="+390432558216" target="_blank">+39-0432-558216</a>, fax <a href="tel:%2B39-0432-558222" value="+390432558222" target="_blank">+39-0432-558222</a></font></span></span></div></div></div></div>
</div>