<div dir="ltr"><br clear="all">Dear QE users,<br><br>I am compiling QE (version:5.1.2) in the high performance computing (hpc) using gfortran compiler. In the beginning, I did "./configure", the output is showing like as follows.<br><br>checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu<br>detected architecture... x86_64<br>checking for ifort... no<br>checking for pgf90... no<br>checking for pathf95... no<br>checking for sunf95... no<br>checking for openf95... no<br>checking for gfortran... gfortran<br>configure: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet<br>checking for Fortran compiler default output file name... a.out<br>checking whether the Fortran compiler works... yes<br>checking whether we are cross compiling... yes<br>checking for suffix of executables...<br>checking for suffix of object files... o<br>checking whether we are using the GNU Fortran compiler... yes<br>checking whether gfortran accepts -g... yes<br>checking for Fortran flag to compile .f90 files... none<br>checking for mpif90... mpif90<br>checking whether we are using the GNU Fortran compiler... yes<br>checking whether mpif90 accepts -g... yes<br>checking version of mpif90... gfortran 4.1.2<br>setting F90... gfortran<br>setting MPIF90... mpif90<br>checking for cc... cc<br>checking whether we are using the GNU C compiler... yes<br>checking whether cc accepts -g... yes<br>checking for cc option to accept ISO C89... none needed<br>setting CC... cc<br>checking how to run the C preprocessor... cc -E<br>checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep<br>checking for egrep... /bin/grep -E<br>checking for ANSI C header files... yes<br>checking for sys/types.h... yes<br>checking for sys/stat.h... yes<br>checking for stdlib.h... yes<br>checking for string.h... yes<br>checking for memory.h... yes<br>checking for strings.h... yes<br>checking for inttypes.h... yes<br>checking for stdint.h... yes<br>checking for unistd.h... yes<br>checking size of int *... 8<br>checking malloc.h usability... yes<br>checking malloc.h presence... yes<br>checking for malloc.h... yes<br>checking for struct mallinfo.arena... yes<br>checking for gfortran... gfortran<br>checking whether we are using the GNU Fortran 77 compiler... yes<br>checking whether gfortran accepts -g... yes<br>setting F77... gfortran<br>using F90... gfortran<br>setting FFLAGS... -O3 -g<br>setting F90FLAGS... $(FFLAGS) -x f95-cpp-input<br>setting FFLAGS_NOOPT... -O0 -g<br>setting CFLAGS... -O3<br>setting CPP... cpp<br>setting CPPFLAGS... -P -C -traditional<br>setting LD... mpif90<br>setting LDFLAGS... -g -pthread<br>setting AR... ar<br>setting ARFLAGS... ruv<br>checking whether make sets $(MAKE)... yes<br>checking whether Fortran files must be preprocessed... no<br>checking how to get verbose linking output from gfortran... -v<br>checking for Fortran 77 libraries of gfortran...  -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.1.2 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.1.2/../../../../lib64 -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/../lib64 -lgfortranbegin -lgfortran -lm<br>checking for dummy main to link with Fortran 77 libraries... none<br>checking for Fortran 77 name-mangling scheme... lower case, underscore, no extra underscore<br>checking for library containing dgemm... no<br>MKL not found<br>in /opt/intel/composer*/mkl/lib/intel64: checking for library containing dgemm... no<br>MKL not found<br>in /opt/intel/Compiler/11.1/073/mkl/lib/em64t: checking for library containing dgemm... -lmkl_gf_lp64<br>checking for library containing dspev... none required<br>setting BLAS_LIBS... -L/opt/intel/Compiler/11.1/073/mkl/lib/em64t -lmkl_gf_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core<br>setting LAPACK_LIBS...<br>checking for library containing dfftw_execute_dft... -lfftw3<br>setting FFT_LIBS... -lfftw3<br>setting MASS_LIBS...<br>checking for library containing mpi_init... none required<br>setting MPI_LIBS...<br>checking for library containing mpi_init... (cached) none required<br>checking for library containing pdgemr2d... no<br>checking for library containing pdgemr2d... -lmkl_scalapack_lp64<br>setting SCALAPACK_LIBS... -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64<br>setting DFLAGS... -D__GFORTRAN -D__STD_F95 -D__FFTW3 -D__MPI -D__PARA -D__SCALAPACK<br>setting IFLAGS... -I../include<br>setting FDFLAGS... $(DFLAGS)<br>checking for ranlib... ranlib<br>setting RANLIB... ranlib<br>checking for wget... wget -O<br>setting WGET... wget -O<br>configure: creating ./config.status<br>config.status: creating include/fft_defs.h<br>config.status: creating make.sys<br>config.status: creating configure.msg<br>config.status: creating install/make_wannier90.sys<br>config.status: creating install/make_blas.inc<br>config.status: creating install/make_lapack.inc<br>config.status: creating include/c_defs.h<br>config.status: include/c_defs.h is unchanged<br>--------------------------------------------------------------------<br>ESPRESSO can take advantage of several optimized numerical libraries<br>(essl, fftw, mkl...).  This configure script attempts to find them,<br>but may fail if they have been installed in non-standard locations.<br>If a required library is not found, the local copy will be compiled.<br><br>The following libraries have been found:<br>  BLAS_LIBS=-L/opt/intel/Compiler/11.1/073/mkl/lib/em64t -lmkl_gf_lp64  -lmkl_sequential -lmkl_core<br>  LAPACK_LIBS=<br>  SCALAPACK_LIBS=-lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64<br>  FFT_LIBS= -lfftw3<br>Please check if this is what you expect.<br><br>If any libraries are missing, you may specify a list of directories<br>to search and retry, as follows:<br>  ./configure LIBDIRS="list of directories, separated by spaces"<br><br>Parallel environment detected successfully.\<br>Configured for compilation of parallel executables.<br><br>For more info, read the ESPRESSO User's Guide (Doc/users-guide.tex).<br>--------------------------------------------------------------------<br>configure: success<br><br>After that, I did "make all", the output is showing like as follows (some of the lines are shown here).<br><br>Error: 'normal' at (1) is not a member of the 'bz' structure<br> In file bz_form.f90:1952<br><br>      CALL inter_plane_line(x0, vect, bz_struc%normal(:,ifaces), xi)<br>                                                    1<br>Error: 'normal' at (1) is not a member of the 'bz' structure<br> In file bz_form.f90:1958<br><br>   ENDIF<br>     1<br>Error: Expecting END DO statement at (1)<br> In file bz_form.f90:1966<br><br>   IF (ABS(bz_struc%normal(2,ifaces)) > 1.d-9) THEN<br>                         1<br>Error: 'normal' at (1) is not a member of the 'bz' structure<br> In file bz_form.f90:1967<br><br>      CALL inter_plane_line(x0, vect, bz_struc%normal(:,ifaces), xi)<br>                                                    1<br>Error: 'normal' at (1) is not a member of the 'bz' structure<br> In file bz_form.f90:1973<br><br>   ENDIF<br>     1<br>Error: Expecting END DO statement at (1)<br> In file bz_form.f90:1981<br><br>   IF (ABS(bz_struc%normal(3,ifaces)) > 1.d-9) THEN<br>                         1<br>Error: 'normal' at (1) is not a member of the 'bz' structure<br> In file bz_form.f90:1982<br><br>      CALL inter_plane_line(x0, vect, bz_struc%normal(:,ifaces), xi)<br>                                                    1<br>Error: 'normal' at (1) is not a member of the 'bz' structure<br> In file bz_form.f90:1988<br><br>   ENDIF<br>     1<br>Error: Expecting END DO statement at (1)<br>make[1]: *** [bz_form.o] Error 1<br>make[1]: Leaving directory `/home/abhijit/venkat1/soft1/espresso-5.1.2/Modules'<br>make: *** [mods] Error 1<br><br><br>I check all available sources in the entire day, however, I am unable to trace out the problem.<br>I am completely unaware of this problem. Please suggest me what to do and come out of this problem. Any suggestions are welcome.<br><br> <br><div class="gmail_signature">venkataramana<br></div><div class="gmail_signature">PhD student<br></div><div class="gmail_signature">IIT Bombay <br></div>
</div>