<div dir="ltr">Dear Ari Paavo Seitsonen<br><br>You are exactly correct, I am extracting dispersion energy.<br>I calculated binding or adsorption energy, it was 16.6 kJ/mol, which is close to physisorption well (I think that the depth of physisorption well is the binding or adsorption energy). The energy of physisorption well has a depth of 4-12 kJ/mol from experiments.<br>If the depth of physisorption well is not binding energy, then there is no exact experimental information of binding energy of methane on top of Ir(111) surface.<br>However, one Ir10 cluster calculations (J.Catal, 185, 12-22, 1999) has reported that binding energy was 13.5 kJ/mol.<br>Anyway, you mentioned that dispersion energy is not defined with vdW-DF, then what is specialty of vdW-DF functionals than grimme-d2 or DFT-D of semiempirical corrections.<br>This is just I would like to know more about these functionals.<br><br>Thanks for response.<br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Oct 10, 2015 at 6:36 PM, Venkataramana Imandi <span dir="ltr"><<a href="mailto:venkataramana.imandi@gmail.com" target="_blank">venkataramana.imandi@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear QE users,<br><br>The geometry of methane molecule on the top of Iridium slab is relaxed.<br>In that relaxed geometry, methane molecule is sitting 4.32 angstroms on the top of Iridium atom, which is exactly same as Henkelman results (prl, 86,664-667,2001).<br>The total energy of relaxed geometry is -5861698.6 kJ/mol. (val1)<br>I took that relaxed geometry coordinates and then I applied dispersion interactions of that configuration only. (input file is attached, Dispersion interactions with non-local functional)<br>The total energy with dispersion interactions is -5893444.5 kJ/mol. (val2)<br>The difference of val2 and val1 is -31745.9 kJ/mol.<br>Moreover, I used grimme-d2 dispersion interactions (commenting out input_dft='vdw-df') , then total energy is -5876733.8 kJ/mol. (val3)<br>The difference of val3 and val1 is -15035.2 kJ/mol.<br><br>I want to reproduce the results of Henkelman. In these results the total energy difference between with dispersion and without dispersion is roughly 10 kJ/mol.<br><br>I am unable to find out where the mistake is. are input parameters correct in the input file (input file is attached).<br>Thanks in advance for any suggestions and help.<br><br>&control<br>    calculation='scf',<br>    prefix='ir_ch',<br>    nstep=5000,<br>   etot_conv_thr=1.0D-5,<br>   forc_conv_thr=1.0D-4,<br>   pseudo_dir = '/home/venkat/ORR1/PPS1'<br> /<br>&system<br>       ibrav=0,<br>       nat=77,<br>        ntyp=3,<br>      ecutwfc = 35.D0,<br>      ecutrho=350.D0,<br>     nosym=.true.,<br>    occupations='smearing',<br>    smearing='m-p',<br>     degauss=0.07D0,<br>     input_dft='vdw-df'<br>!     vdw_corr='grimme-d2',<br>!     london_s6=1.07<br>/<br>&electrons<br>       electron_maxstep=2000,<br>      diagonalization='david',<br>       mixing_beta = 0.7D0,<br>        conv_thr =  1.0D-8,<br>       scf_must_converge=.true.<br>      mixing_mode = 'local-TF' ,<br>       startingpot = 'atomic' ,<br>       startingwfc = 'atomic' ,<br>/<br>ATOMIC_SPECIES<br>C    12.0107   C.pw91-n-rrkjus_psl.0.1.UPF<br>H    1.00794   H.pw91-rrkjus_psl.0.1.UPF<br>Ir   192.217   Ir.pw91-n-rrkjus_psl.0.2.3.UPF<br><br>CELL_PARAMETERS angstrom<br>  8.1437488    0.00000000    0.00000000<br>  0.0000000    9.40359112    0.00000000<br>  0.0000000    0.00000000   23.29868610<br><br>ATOMIC_POSITIONS angstrom<br>C      2.503115327   3.097048163  11.006076080<br>H      2.559820746   3.082197974  12.098882130<br>H      3.514431623   3.102156372  10.587895658<br>H      1.968544691   2.208651619  10.655809495<br>H      1.969648626   3.995188986  10.679852435<br>Ir       6.786984985   5.377327249   6.690210403<br>Ir       5.429761742   7.728578222   6.689802926<br>Ir       5.429746349   4.650752045   4.467294416<br>Ir       6.787041667   7.001529230   4.467393130<br>Ir       5.429722714   6.240972848   2.221357938<br>Ir       6.787038463   8.591738181   2.221368427<br>Ir       4.072711710   5.377961700   6.689813188<br>Ir       2.715081868   7.728500982   6.690023074<br>Ir       2.715156078   4.650646584   4.467806211<br>Ir       4.072348477   7.001642794   4.467556443<br>Ir       2.715176306   6.240724087   2.221365994<br>Ir       4.072433521   8.591776168   2.221423434<br>Ir       1.357573198   5.378108129   6.689576660<br>Ir       0.000492878   7.728616956   6.689942506<br>Ir       0.000525907   4.650701814   4.467367485<br>Ir       1.357873390   7.001703168   4.467414495<br>Ir       0.000608784   6.240914105   2.221325333<br>Ir       1.357921734   8.591831421   2.221404032<br>Ir       6.786998124   0.675884041   6.690188874<br>Ir       5.429896882   3.027018594   6.689570921<br>Ir       5.429772024  -0.051058629   4.467515860<br>Ir       6.787070082   2.299704238   4.467484822<br>Ir       5.429712380   1.539122018   2.221560696<br>Ir       6.787043197   3.889907517   2.221290932<br>Ir       4.072528886   0.675690271   6.689950314<br>Ir       2.715144414   3.026427071   6.690591842<br>Ir       2.715184457  -0.051003432   4.467559212<br>Ir       4.072256200   2.299934774   4.467754385<br>Ir       2.715207159   1.539060724   2.221195718<br>Ir       4.072485784   3.889991322   2.221325430<br>Ir       1.357730275   0.675696976   6.689663193<br>Ir       0.000402805   3.026907165   6.689722063<br>Ir       0.000465563  -0.051073916   4.467501695<br>Ir       1.358021383   2.299936261   4.467561579<br>Ir       0.000648125   1.539099393   2.221473282<br>Ir       1.357895673   3.890022499   2.221300840<br>Ir       6.787097597   5.514587239  -0.053952363<br>Ir       5.429839890   7.865526352  -0.054013090<br>Ir       5.429858365   4.753810264  -2.300201608<br>Ir       6.787129254   7.104615003  -2.300285157<br>Ir       5.429861628   6.377672836  -4.522696367<br>Ir       6.787164952   8.728667505  -4.522668683<br>Ir       4.072555282   5.514603378  -0.054059495<br>Ir       2.715247652   7.865432797  -0.054052327<br>Ir       2.715268974   4.753802500  -2.300196550<br>Ir       4.072605680   7.104724090  -2.300233141<br>Ir       2.715285443   6.377796366  -4.522582334<br>Ir       4.072611873   8.728652635  -4.522585040<br>Ir       1.357905576   5.514612078  -0.054088067<br>Ir       0.000614738   7.865518063  -0.054021354<br>Ir       0.000674468   4.753790149  -2.300199617<br>Ir       1.357948399   7.104749029  -2.300179393<br>Ir       0.000728657   6.377731702  -4.522632394<br>Ir       1.357977623   8.728636821  -4.522521749<br>Ir       6.787108599   0.812829365  -0.053922294<br>Ir       5.429809095   3.163686103  -0.054046362<br>Ir       5.429904914   0.052053316  -2.300169041<br>Ir       6.787129723   2.402910250  -2.300245521<br>Ir       5.429851128   1.675953619  -4.522630149<br>Ir       6.787162294   4.026862240  -4.522704329<br>Ir       4.072535289   0.812764973  -0.054035020<br>Ir       2.715242101   3.163709989  -0.054027559<br>Ir       2.715286429   0.051968519  -2.300226402<br>Ir       4.072562838   2.402884356  -2.300163576<br>Ir       2.715283877   1.675941416  -4.522610797<br>Ir       4.072578475   4.026812582  -4.522580048<br>Ir       1.357957951   0.812783022  -0.054064552<br>Ir       0.000656686   3.163662587  -0.054050148<br>Ir       0.000629358   0.052042760  -2.300145024<br>Ir       1.357985927   2.402907066  -2.300151863<br>Ir       0.000726255   1.675939186  -4.522594246<br>Ir       1.358007815   4.026800160  -4.522546893<br><br>K_POINTS gamma<br> <br><div>venkataramana<br></div><div>PhD student<br></div><div>IIT Bombay<br></div><div><br></div>
</div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature">venkataramana</div>
</div>