<p>Dear Zhang</p><p>Maybe there is nothing wrong, you chose a MPI version, but your aministrator may not allow you to directly run it in the front-end.  Just try to submit a parallel job and see if it end normally.</p><p>Sincerely</p><p>PangRui</p><div> </div><div> </div><div><sign signid="99"><div style="color: rgb(144, 144, 144); font-family: Arial Narrow; font-size: 12px;"><br><br><br><br>------------------</div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Verdana; font-size: 14px;"><div><div class="logo" style="margin: 20px 0px 0px; width: 305px; height: 35px; line-height: 35px;"><img src="https://exmail.qq.com/cgi-bin/viewfile?type=logo&domain=sustc.edu.cn"></div><div class="c_detail" style="margin: 10px 0px 0px;"><h4 class="name" style="margin: 0px; line-height: 28px; font-size: 14px; font-weight: bold; -ms-zoom: 1;">庞瑞(PANG Rui)</h4><p class="position" style="margin: 0px; color: rgb(160, 160, 160); line-height: 22px;"></p><p class="department" style="margin: 0px; color: rgb(160, 160, 160); line-height: 22px;">South University of Science and Technology of China/Department of Physics</p><p class="department" style="margin: 0px; color: rgb(160, 160, 160); line-height: 22px;">No.1088,Xueyuan Road, Shenzhen,Guangdong<br></p><p class="phone" style="margin: 0px; color: rgb(160, 160, 160); line-height: 22px;"></p></div></div></div></sign></div><div> </div><div><includetail><div> </div><div> </div><div style="color: rgb(0, 0, 0);"><div style="padding: 2px 0px; font-family: Arial Narrow; font-size: 12px;">------------------ Original ------------------</div><div style="background: rgb(239, 239, 239); padding: 8px; font-size: 12px;"><div id="menu_sender"><b>From: </b> "张满红"<zhangmanhong@ncepu.edu.cn>;</div><div><b>Date: </b> Mon, Sep 28, 2015 03:24 PM</div><div><b>To: </b> "pw_forum"<pw_forum@pwscf.org>; <wbr></div><div></div><div><b>Subject: </b> Re: [Pw_forum] Installing problem (MPI error) with QE5.2.0</div></div><div> </div><p>Dear all,</p>

<p>   I am new here  and a bignner to use QE. I just installed QE5.2.0 in my computers.</p>

<p>My linux OS is RHLnix 6.5.  I use Intel composer xe 2015: icc, ifort, MKL and MPI.</p>

<p> </p>

<p>1) The following is the output from RHLinux 6.5  for ./configure CC=icc FC=ifort MPIF90=mpiifort: </p>

<p><strong> configure output:</strong></p>

<p>checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu<br>detected architecture... x86_64<br>checking for Fortran compiler default output file name... a.out<br>checking whether the Fortran compiler works... yes<br>checking whether we are cross compiling... yes<br>checking for suffix of executables... <br>checking for suffix of object files... o<br>checking whether we are using the GNU Fortran compiler... no<br>checking whether ifort accepts -g... yes<br>checking for Fortran flag to compile .f90 files... none<br>checking for mpiifort... mpiifort<br>checking whether we are using the GNU Fortran compiler... no<br>checking whether mpiifort accepts -g... yes<br>checking version of mpiifort... ifort 15.0.1.133<br>setting F90... ifort<br>setting MPIF90... mpiifort<br>checking whether we are using the GNU C compiler... yes<br>checking whether icc accepts -g... yes<br>checking for icc option to accept ISO C89... none needed<br>setting CC... icc<br>checking how to run the C preproce

 ssor... icc -E<br>checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep<br>checking for egrep... /bin/grep -E<br>checking for ANSI C header files... yes<br>checking for sys/types.h... yes<br>checking for sys/stat.h... yes<br>checking for stdlib.h... yes<br>checking for string.h... yes<br>checking for memory.h... yes<br>checking for strings.h... yes<br>checking for inttypes.h... yes<br>checking for stdint.h... yes<br>checking for unistd.h... yes<br>checking size of int *... 8<br>checking malloc.h usability... yes<br>checking malloc.h presence... yes<br>checking for malloc.h... yes<br>checking for struct mallinfo.arena... yes<br>checking for ifort... ifort<br>checking whether we are using the GNU Fortran 77 compiler... no<br>checking whether ifort accepts -g... yes<br>setting F77... ifort<br>using F90... ifort<br>setting FFLAGS... -O2 -assume byterecl -g -traceback<br>setting F90FLAGS... $(FFLAGS) -nomodule<br>setting FFLAGS_NOOPT... -O0 -assume byterecl -g -traceback<

BR>setting FFLAGS_NOMAIN... -nofor_main setting CFLAGS...!

  -O3<br>

setting CPP... cpp<br>setting CPPFLAGS... -P -C -traditional<br>setting LD... mpiifort<br>setting LDFLAGS...<br>setting AR... ar<br>setting ARFLAGS... ruv<br>checking whether make sets $(MAKE)... yes<br>checking whether Fortran files must be preprocessed... no<br>checking how to get verbose linking output from ifort... -v<br>checking for Fortran 77 libraries of ifort...  -L/opt/intel/composer_xe_2015.1.133/compiler/lib/intel64 -L/opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/lib/intel64 -L/opt/intel/composer_xe_2015.1.133/ipp/../compiler/lib/intel64 -L/opt/intel/composer_xe_2015.1.133/ipp/lib/intel64 -L/opt/intel/composer_xe_2015.1.133/tbb/lib/intel64/gcc4.4 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/ -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../../lib64/ -L/lib/../lib64 -L/lib/../lib64/ -L/usr/lib/../lib64 -L/usr/lib/../lib64/ -L/opt/intel/composer_xe_2015.1.133/compiler/lib/intel64/ -L/opt/intel/composer_xe_2015.1.13

3/mkl/lib/intel64/ -L/opt/intel/composer_xe_2015.1.133/ipp/../compiler/lib/intel64/ -L/opt/intel/composer_xe_2015.1.133/ipp/lib/intel64/ -L/opt/intel/composer_xe_2015.1.133/tbb/lib/intel64/gcc4.4/ -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.7/../../../ -L/lib64 -L/lib/ -L/usr/lib64 -L/usr/lib -lifport -lifcore -limf -lsvml -lm -lipgo -lirc -lpthread -lirc_s -ldl checking for dummy main to link with Fortran 77 libraries... none checking for Fortran 77 name-mangling scheme... lower case, underscore, no extra underscore checking for library containing dgemm... -lmkl_intel_lp64 checking for library containing dspev... none required setting BLAS_LIBS... -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core setting LAPACK_LIBS... checking for library containing dfftw_execute_dft... no in /usr/local/lib: checking for library containing dfftw_execute_dft... no in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/compiler/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft...

no in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/lib/intel64:!

  checkin

g for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/impi/5.0.2.044/intel64/lib: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/impi/5.0.2.044/intel64/lib: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/compiler/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mpirt/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/ipp/../compiler/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/ipp/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/compiler/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/composer_xe_2015.1.1

33/tbb/lib/intel64/gcc4.4: checking for library containing dfftw_execute_dft... no in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/compiler/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no in /opt/intel/impi/5.0.2.044/intel64/lib: checking for library containing dfftw_execute_dft... no in /opt/intel/impi/5.0.2.044/intel64/lib: checking for library containing dfftw_execute_dft... no in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/compiler/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mpirt/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/ipp/../compiler/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/ipp/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/compiler/lib/intel64: !

 checking

 for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/tbb/lib/intel64/gcc4.4: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/compiler/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/impi/5.0.2.044/intel64/lib: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/compiler/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mpirt/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/ipp/../compiler/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/co

 mposer_xe_2015.1.133/ipp/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/compiler/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/lib/intel64: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>in /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/tbb/lib/intel64/gcc4.4: checking for library containing dfftw_execute_dft... no<br>setting FFT_LIBS...<br>setting MASS_LIBS...<br>checking for library containing mpi_init... none required<br>setting MPI_LIBS...<br>checking for library containing mpi_init... (cached) none required<br>checking for library containing pdgemr2d... no<br>checking for library containing pdgemr2d... no<br>checking for library containing pdgemr2d... no<br>checking for library containing pdgemr2d... no<br>checking for library containing pdgemr2d... no<br>checking for library containing pdgemr2d... no<br>setting SCALAPACK_LIBS... -L/bgsys/local

 /scalapack/lib -lscalapack -L/bgsys/local/blacs/lib -lblacs !

 -lblacsF

77init -lblacs<br>setting DFLAGS... -D__INTEL -D__FFTW -D__MPI -D__PARA<br>setting IFLAGS... -I../include<br>setting FDFLAGS... $(DFLAGS)<br>checking for ranlib... ranlib<br>setting RANLIB... ranlib<br>checking for wget... wget -O<br>setting WGET... wget -O<br>configure: creating ./config.status<br>config.status: creating include/fft_defs.h<br>config.status: creating make.sys<br>config.status: creating configure.msg<br>config.status: creating install/make_wannier90.sys<br>config.status: creating install/make_blas.inc<br>config.status: creating install/make_lapack.inc<br>config.status: creating include/c_defs.h<br>config.status: include/c_defs.h is unchanged<br>--------------------------------------------------------------------<br>ESPRESSO can take advantage of several optimized numerical libraries<br>(essl, fftw, mkl...).  This configure script attempts to find them,<br>but may fail if they have been installed in non-standard locations.<br>If a required library is not f

 ound, the local copy will be compiled.</p>

<p>The following libraries have been found:<br>  BLAS_LIBS=  -lmkl_intel_lp64  -lmkl_sequential -lmkl_core<br>  LAPACK_LIBS=<br>  FFT_LIBS=<br>Please check if this is what you expect.</p>

<p>If any libraries are missing, you may specify a list of directories<br>to search and retry, as follows:<br>  ./configure LIBDIRS="list of directories, separated by spaces"</p>

<p>Parallel environment detected successfully.\<br>Configured for compilation of parallel executables.</p>

<p>For more info, read the ESPRESSO User's Guide (Doc/users-guide.tex).<br>--------------------------------------------------------------------<br>configure: success</p>

<p> </p>

<p> </p>

<p>2) Then I did some modifications to make.sys, the final file is as following:</p>

<p><strong>make.sys:</strong></p>

<p># make.sys.  Generated from make.sys.in by configure.</p>

<p># compilation rules</p>

<p>.SUFFIXES :<br>.SUFFIXES : .o .c .f .f90</p>

<p># most fortran compilers can directly preprocess c-like directives: use<br>#  $(MPIF90) $(F90FLAGS) -c $<<br># if explicit preprocessing by the C preprocessor is needed, use:<br>#  $(CPP) $(CPPFLAGS) $< -o $*.F90 <br># $(MPIF90) $(F90FLAGS) -c $*.F90 -o $*.o<br># remember the tabulator in the first column !!!</p>

<p>.f90.o:<br> $(MPIF90) $(F90FLAGS) -c $<</p>

<p># .f.o and .c.o: do not modify</p>

<p>.f.o:<br> $(F77) $(FFLAGS) -c $<</p>

<p>.c.o:<br> $(CC) $(CFLAGS)  -c $<</p>

<p># topdir for linking espresso libs with plugins<br>TOPDIR = /home/mhzhang/QE/espresso-5.2.0</p>

<p># DFLAGS  = precompilation options (possible arguments to -D and -U)<br>#           used by the C compiler and preprocessor<br># FDFLAGS = as DFLAGS, for the f90 compiler<br># See include/defs.h.README for a list of options and their meaning<br># With the exception of IBM xlf, FDFLAGS = $(DFLAGS)<br># For IBM xlf, FDFLAGS is the same as DFLAGS with separating commas </p>

<p># MANUAL_DFLAGS  = additional precompilation option(s), if desired<br>#                  You may use this instead of tweaking DFLAGS and FDFLAGS<br>#                  BEWARE: will not work for IBM xlf! Manually edit FDFLAGS<br>MANUAL_DFLAGS  =<br>DFLAGS         =  -D__INTEL -D__FFTW3 -D__MPI -D__PARA $(MANUAL_DFLAGS)<br>FDFLAGS        = $(DFLAGS) $(MANUAL_DFLAGS)</p>

<p># IFLAGS = how to locate directories where files to be included are<br># In most cases, IFLAGS = -I../include</p>

<p>IFLAGS         = -I../include</p>

<p># MOD_FLAGS = flag used by f90 compiler to locate modules<br># Each Makefile defines the list of needed modules in MODFLAGS</p>

<p>MOD_FLAG      = -I</p>

<p># Compilers: fortran-90, fortran-77, C<br># If a parallel compilation is desired, MPIF90 should be a fortran-90 <br># compiler that produces executables for parallel execution using MPI<br># (such as for instance mpif90, mpf90, mpxlf90,...);<br># otherwise, an ordinary fortran-90 compiler (f90, g95, xlf90, ifort,...)<br># If you have a parallel machine but no suitable candidate for MPIF90,<br># try to specify the directory containing "mpif.h" in IFLAGS<br># and to specify the location of MPI libraries in MPI_LIBS</p>

<p>MPIF90         = mpiifort<br>#F90           = ifort<br>CC             = icc<br>F77            = ifort</p>

<p># C preprocessor and preprocessing flags - for explicit preprocessing, <br># if needed (see the compilation rules above)<br># preprocessing flags must include DFLAGS and IFLAGS</p>

<p>CPP            = cpp<br>CPPFLAGS       = -P -C -traditional $(DFLAGS) $(IFLAGS)</p>

<p># compiler flags: C, F90, F77<br># C flags must include DFLAGS and IFLAGS<br># F90 flags must include MODFLAGS, IFLAGS, and FDFLAGS with appropriate syntax</p>

<p>CFLAGS         = -O3 $(DFLAGS) $(IFLAGS)<br>F90FLAGS       = $(FFLAGS) -nomodule -fpp $(FDFLAGS) $(IFLAGS) $(MODFLAGS)<br>FFLAGS         = -O2 -assume byterecl -g -traceback -I$(MKLROOT)/include/fftw/  -I${MKLROOT}/include/intel64/lp64 -I${MKLROOT}/include </p>

<p># compiler flags without optimization for fortran-77<br># the latter is NEEDED to properly compile dlamch.f, used by lapack</p>

<p>FFLAGS_NOOPT   = -O0 -assume byterecl -g -traceback</p>

<p># compiler flag needed by some compilers when the main is not fortran<br># Currently used for Yambo</p>

<p>FFLAGS_NOMAIN   = -nofor_main</p>

<p># Linker, linker-specific flags (if any)<br># Typically LD coincides with F90 or MPIF90, LD_LIBS is empty</p>

<p>LD             = mpiifort<br>LDFLAGS        = -static-intel <br>LD_LIBS        = </p>

<p># External Libraries (if any) : blas, lapack, fft, MPI</p>

<p># If you have nothing better, use the local copy :<br># BLAS_LIBS = /your/path/to/espresso/BLAS/blas.a<br># BLAS_LIBS_SWITCH = internal</p>

<p>LINK   =-Wl,--start-group \<br>${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.a \<br> ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_core.a \<br>${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_sequential.a \<br>-Wl,--end-group \<br>-lpthread -lm</p>

<p>BLAS_LIBS      =$(MKLROOT)/lib/intel64/libmkl_blas95_lp64.a \<br>$(MKLROOT)/lib/intel64/libmkl_lapack95_lp64.a \<br> $(LINK)</p>

<p>BLAS_LIBS_SWITCH = external</p>

<p># If you have nothing better, use the local copy :<br># LAPACK_LIBS = /your/path/to/espresso/lapack-3.2/lapack.a<br># LAPACK_LIBS_SWITCH = internal<br># For IBM machines with essl (-D__ESSL): load essl BEFORE lapack !<br># remember that LAPACK_LIBS precedes BLAS_LIBS in loading order</p>

<p>LAPACK_LIBS    = <br>LAPACK_LIBS_SWITCH = external</p>

<p>ELPA_LIBS_SWITCH = disabled<br>SCALAPACK_LIBS = </p>

<p># nothing needed here if the the internal copy of FFTW is compiled<br># (needs -D__FFTW in DFLAGS)</p>

<p>FFT_LIBS       = $(MKLROOT)/lib/intel64/libfftw3xf_intel_lp64.a</p>

<p># For parallel execution, the correct path to MPI libraries must<br># be specified in MPI_LIBS (except for IBM if you use mpxlf)</p>

<p>MPI_LIBS       = -L$(I_MPI_ROOT)/intel64/lib -lmpi</p>

<p># IBM-specific: MASS libraries, if available and if -D__MASS is defined in FDFLAGS</p>

<p>MASS_LIBS      = </p>

<p># ar command and flags - for most architectures: AR = ar, ARFLAGS = ruv</p>

<p>AR             = ar<br>ARFLAGS        = ruv</p>

<p># ranlib command. If ranlib is not needed (it isn't in most cases) use<br># RANLIB = echo</p>

<p>RANLIB         = ranlib</p>

<p># all internal and external libraries - do not modify</p>

<p>FLIB_TARGETS   = all</p>

<p>LIBOBJS        = ../flib/ptools.a ../flib/flib.a ../clib/clib.a ../iotk/src/libiotk.a <br>LIBS           = $(SCALAPACK_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(FFT_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(MPI_LIBS) $(MASS_LIBS) $(LD_LIBS)</p>

<p># wget or curl - useful to download from network<br>WGET = wget -O</p>

<p># Install directory <br>PREFIX = $(INSTALLDIR)<br></p>

<p>3) I had the following error message when running ./check-pw.x.j in /PW/tests</p>

<p>[mhzhang@localhost tests]$ ./check-pw.x.j<br>Checking atom-lsda...application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0<br>FAILED with error condition!<br>Input: atom-lsda.in, Output: atom-lsda.out, Reference: atom-lsda.ref<br>Aborting<br>[mhzhang@localhost tests]$ </p>

<p> </p>

<p>4) Can anyone give me some clues with wrong with my install?  Thanks a lot!</p>

<p>PS. I add  LINK and BLAS_LIBS based on Intel MKL advisor.</p>

<p>Best</p>

<p>Manhong Zhang</p>

<p>College of Electric and Electrical Engineering</p>

<p>North China Electric Power University</p>

<p>Beijing China</p>

<p> </p>

<p> </p>

<p> </p>

<p> </p>

<p> </p>

<p> </p>

<p> </p>

<p> </p>

<p> </p>

</div><!--<![endif]--></includetail></div>