<div dir="ltr">Thanks for the reply. <div><br></div><div>However, I think the ques is slightly misunderstood. Here the system is considered metallic by the program. But, monolayer MoS2 is a semiconducting system. isn't it?</div><div><br></div><div>Regards</div><div>Kanak</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Aug 9, 2015 at 4:00 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:pw_forum-request@pwscf.org" target="_blank">pw_forum-request@pwscf.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Send Pw_forum mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:pw_forum-request@pwscf.org">pw_forum-request@pwscf.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:pw_forum-owner@pwscf.org">pw_forum-owner@pwscf.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of Pw_forum digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: keep getting negative frequencies in phonon   calculation<br>
      (Khalid Ibne Masood Khalid)<br>
   2. Re: error: tcp_peer_recv_connect_ack (David Foster)<br>
   3. charge density (Raj kamal)<br>
   4. Cp (ashkan shekaari)<br>
   5. Dielectric constant of Monolyer MoS2 in .ph (Kanak Datta)<br>
   6. Re: Dielectric constant of Monolyer MoS2 in .ph<br>
      (Bahad?r salmankurt)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Sat, 8 Aug 2015 20:14:22 +0600<br>
From: Khalid Ibne Masood Khalid <<a href="mailto:kimu206@gmail.com">kimu206@gmail.com</a>><br>
Subject: Re: [Pw_forum] keep getting negative frequencies in phonon<br>
        calculation<br>
To: PWSCF Forum <<a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a>><br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CALoavpbX7QuxRW07bGVEfWvsWK0TjiT%2BYcj6-ySd_r0PVgFx1g@mail.gmail.com">CALoavpbX7QuxRW07bGVEfWvsWK0TjiT+Ycj6-ySd_r0PVgFx1g@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear Sir,<br>
Thank you very much for your kind help.<br>
<br>
<br>
 Khalid Ibne Masood<br>
 M.Sc student<br>
 BUET<br>
<br>
<br>
On Sat, Aug 8, 2015 at 2:04 PM, David Foster <<a href="mailto:davidfoster751@yahoo.com">davidfoster751@yahoo.com</a>><br>
wrote:<br>
<br>
> I have encountered such a problem for my studies. Taking care of following<br>
> points may help you:<br>
><br>
> 1- see the stress and pressure for your crystal. its force should be very<br>
> low.<br>
> 2- use large cutoff for wfn and rho, even much larger than the converged<br>
> values against energy/atom<br>
> or force/atom (1mRy/atom).<br>
> 3- use very dense k-point grid in scf<br>
> 4- use very low convergence threshold for scf (10^(-10) for example), and<br>
> for phonon (10^(-14))<br>
> 5- if after dynmat.x, the acoustic phonons are near to 1cm-1, it is good.<br>
> 6- taking care of spin-magnetization.<br>
><br>
> Regards<br>
><br>
> David Foster<br>
><br>
> Ph.D. Student of Chemistry<br>
><br>
> --------------------------------------------<br>
> On Sat, 8/8/15, Khalid Ibne Masood Khalid <<a href="mailto:kimu206@gmail.com">kimu206@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
>  Subject: [Pw_forum] keep getting negative frequencies in phonon<br>
> calculation<br>
>  To: "PWSCF Forum" <<a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a>><br>
>  Date: Saturday, August 8, 2015, 12:02 AM<br>
><br>
>  Dear<br>
>  Researchers,<br>
>  I think this is an old problem, but I require your<br>
>  advice about how to solve this problem. I am trying to<br>
>  calculate the phonon dispersion curve of a 2D insulator<br>
>  material, and followed example 02 of phonon program. In the<br>
>  ph.x input file I have used:<br>
><br>
>    tr2_ph=1.0d-12,<br>
>    ldisp=.true.,<br>
>    nq1=2, nq2=2, nq3=1<br>
><br>
>  [increasing nq1 and nq2 will be more complicated]<br>
><br>
>  I have tried almost all types of asr, zero-dim,<br>
>  crystal and simple, but yet I am getting negative<br>
>  frequencies in the phonon dispersion curve.<br>
><br>
>  Now Sir, what should I do to correct this problem.<br>
>  Should ldisp = .false. solve the problem?<br>
><br>
>  Thank you.<br>
><br>
>  Khalid Ibne Masood<br>
>  M.Sc student<br>
>  BUET<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
>  -----Inline Attachment Follows-----<br>
><br>
>  _______________________________________________<br>
>  Pw_forum mailing list<br>
>  <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
>  <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Pw_forum mailing list<br>
> <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
> <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20150808/aeca4515/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20150808/aeca4515/attachment-0001.html</a><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Sat, 8 Aug 2015 08:08:45 -0700<br>
From: David Foster <<a href="mailto:davidfoster751@yahoo.com">davidfoster751@yahoo.com</a>><br>
Subject: Re: [Pw_forum] error: tcp_peer_recv_connect_ack<br>
To: PWSCF Forum <<a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a>><br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:1439046525.97528.YahooMailBasic@web126002.mail.ne1.yahoo.com">1439046525.97528.YahooMailBasic@web126002.mail.ne1.yahoo.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=utf-8<br>
<br>
Dear Mahya<br>
I agree with Axel, too. But some points for you:<br>
1- The first thing, you should recognize your crystal symmetry, and choose proper ibrav<br>
2- start the input file from PW examples, and change the commands according your need.<br>
3- Always, I emphasize, always, check your input file with xcrysden, before you run.<br>
4- Use some graphical progrms such as GaussView, VESTA, Materials Studio, ..., if you can not recognize the proper position of atoms.<br>
5- Before doing anything, read manuals of the code, run its example, download the free tutorials, do the exercises.<br>
<br>
Regards<br>
<br>
David Foster<br>
<br>
Ph.D. Student of Chemistry<br>
<br>
--------------------------------------------<br>
On Fri, 8/7/15, Axel Kohlmeyer <<a href="mailto:akohlmey@gmail.com">akohlmey@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
 Subject: Re: [Pw_forum] error: tcp_peer_recv_connect_ack<br>
 To: "PWSCF Forum" <<a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a>><br>
 Date: Friday, August 7, 2015, 10:50 AM<br>
<br>
 On Fri, Aug 7, 2015 at<br>
 6:08 AM, Mahya Zare <<a href="mailto:mahyazare68@gmail.com">mahyazare68@gmail.com</a>><br>
 wrote:<br>
<br>
 please stop flooding<br>
 this mailing list with repeated requests of the<br>
 same kind and particularly stop the extremely<br>
 rude practice of<br>
 hijacking threads on<br>
 completely different topics.<br>
<br>
 > Dear Users<br>
 > Kindly<br>
 help me how to make Ceo2 nano sheet. I used the lattice<br>
 parameters<br>
 > a=5.411A, C=15.0A, space<br>
 group fm3m (225)<br>
 > and atomic positions<br>
 Ce 0 0 0, and O 1/4 1/4 1/4,O 3/4 3/4 3/4 which are not<br>
 > looks ok. Please help me for makes<br>
 pwscf<br>
<br>
 your questions are of<br>
 the kind that you should first and foremost<br>
 discuss with your adviser or supervisor. it is<br>
 not the job of a<br>
 mailing list to teach<br>
 people basics of how to do computational<br>
 research and also not to tell you how to do<br>
 your specific research<br>
 project. finding out<br>
 how to do this in both cases are the<br>
 responsibility of yourself and your<br>
 adviser/superviser.<br>
<br>
 please<br>
 also keep in mind that your violations of common mailing<br>
 list<br>
 courtesy will severely limit your<br>
 chances or getting meaningful help.<br>
 there is<br>
 only a limited pool of people out of all mailing list<br>
 subscribers that answer at all, but your<br>
 behavior will irritate many<br>
 of them and thus<br>
 you should not expect much more help outside of what<br>
 you already got unless you change your ways.<br>
<br>
 thanks for your understanding<br>
 and cooperation,<br>
<br>
 ? ? ?<br>
 axel.<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
 ><br>
 ><br>
 Whether the position of atoms in the bulk of nano-sheet<br>
 position of atoms in<br>
 > space is different<br>
 or just by changing the working point in the Brillouin<br>
 > space to aim Rsyd.fayly I send you a<br>
 sample of cerium oxide file is relaxing<br>
 ><br>
 the nano-sheets is it limited to questions can get a full<br>
 mesh? by choosing<br>
 > one of vector network<br>
 as much as 15 angstroms<br>
 ><br>
 > On Fri, Aug 7, 2015 at 1:34 PM, Ludwig,<br>
 Stephan<br>
 > <<a href="mailto:stephan.ludwig@pi1.physik.uni-stuttgart.de">stephan.ludwig@pi1.physik.uni-stuttgart.de</a>><br>
 wrote:<br>
 >><br>
 >><br>
 Hello,<br>
 >><br>
 >><br>
 I'm using Quantum-Espresso on a cluster. With<br>
 normconserving<br>
 >> pseudopotentials. I<br>
 don't have any problems.<br>
 >><br>
 >> With ultrasoft pseudos I also receive<br>
 a result for ecutwfc=60 ecutrho=240<br>
 >><br>
 (I did it just for test purpuses).<br>
 >><br>
 >> When I<br>
 enlarge these parameters to more sensible values<br>
 (ecutwfc=80,<br>
 >> ecutrho=800) I receive<br>
 the error message<br>
 >><br>
 >><br>
 >><br>
 ?[uc1n516:53049] [[53309,1],0] tcp_peer_recv_connect_ack:<br>
 received<br>
 >> different version from<br>
 [[0,62],469762048]: auth/none instead of 1.8.7<br>
 >> I have no idea what that means. Can<br>
 anybody please help me?<br>
 >><br>
 >><br>
 >> The<br>
 calculation is interrupted whithin the first scf-step.<br>
 >><br>
 >> Here is my<br>
 input:<br>
 >><br>
 >><br>
 >> &CONTROL<br>
 >><br>
 title = 'etot_vs_ecutwfc' ,<br>
 >><br>
 calculation = 'scf' ,<br>
 >><br>
 wf_collect = .FALSE.,<br>
 >> restart_mode<br>
 = 'from_scratch',<br>
 >><br>
 max_seconds = 3.D+5,<br>
 >> outdir =<br>
 './' ,<br>
 >> wfcdir =<br>
 './' ,<br>
 >> pseudo_dir =<br>
 '/home/st/st_st/st_phy72394/pseudo/' ,<br>
 >> prefix =<br>
 'MeDH-TTPetot_vs_ecutwfc' ,<br>
 >><br>
 /<br>
 >> &SYSTEM<br>
 >> ibrav = -12,<br>
 >><br>
 A = 32.783 ,<br>
 >> B = 7.995 ,<br>
 >> C = 11.170 ,<br>
 >><br>
 cosAB = 0 ,<br>
 >> cosAC = -0.132602381688<br>
 ,<br>
 >> cosBC = 0 ,<br>
 >> nat = 236,<br>
 >><br>
 ntyp = 5,<br>
 >> ecutwfc = 80,<br>
 >> ecutrho = 800,<br>
 >> occupations = 'smearing' ,<br>
 >> degauss = 0.02 ,<br>
 >> smearing = 'gaussian' ,<br>
 >> exxdiv_treatment =<br>
 'gygi-baldereschi' ,<br>
 >> /<br>
 >> &ELECTRONS<br>
 >> conv_thr = 1.0D-8<br>
 >> /<br>
 >><br>
 ATOMIC_SPECIES<br>
 >> H 1.00790<br>
 H.pz-rrkjus_psl.0.1.UPF<br>
 >> C 12.01100<br>
 C.pz-n-rrkjus_psl.0.1.UPF<br>
 >> F<br>
 18.98800 F.pz-n-rrkjus_psl.0.1.UPF<br>
 >><br>
 S 32.06500 S.pz-n-rrkjus_psl.0.1.UPF<br>
 >> As 74.92200<br>
 As.pz-n-rrkjus_psl.0.2.UPF<br>
 >><br>
 ATOMIC_POSITIONS angstroms<br>
 >> S<br>
 5.52835 0.29521 2.16999<br>
 >> S 21.91985<br>
 4.29246 2.16999<br>
 >> S 4.78777 7.69929<br>
 7.70567<br>
 >> S 21.17927 3.70204<br>
 7.70567<br>
 >> S 8.91117 6.37745<br>
 3.91040<br>
 >> S 25.30267 2.38020<br>
 3.91040<br>
 >> S 8.17058 1.61705<br>
 9.44608<br>
 >> S 24.56208 5.61430<br>
 9.44608<br>
 >> S 8.53628 0.30838<br>
 1.68728<br>
 >> S 24.92778 4.30563<br>
 1.68728<br>
 >> S 7.79569 7.68612<br>
 7.22296<br>
 >> S 24.18719 3.68887<br>
 7.22296<br>
 >> S 5.91488 6.35256<br>
 4.41083<br>
 >> S 22.30638 2.35531<br>
 4.41083<br>
 >> S 5.17429 1.64194<br>
 9.94651<br>
 >> S 21.56579 5.63919<br>
 9.94651<br>
 >> As 31.25307 7.42312<br>
 4.40640<br>
 >> As 14.86156 3.42587<br>
 4.40640<br>
 >> As 30.51248 0.57138<br>
 9.94208<br>
 >> As 14.12098 4.56863<br>
 9.94208<br>
 >> S 22.77175 0.24544<br>
 7.42335<br>
 >> S 6.38025 4.24269<br>
 7.42335<br>
 >> S 23.51233 7.74906<br>
 1.88767<br>
 >> S 7.12083 3.75181<br>
 1.88767<br>
 >> S 22.41272 6.31548<br>
 5.17143<br>
 >> S 6.02122 2.31823<br>
 5.17143<br>
 >> S 21.67213 1.67902<br>
 10.70711<br>
 >> S 5.28063 5.67627<br>
 10.70711<br>
 >> S 19.75130 0.27959<br>
 7.86510<br>
 >> S 3.35980 4.27684<br>
 7.86510<br>
 >> S 20.49188 7.71491<br>
 2.32941<br>
 >> S 4.10038 3.71766<br>
 2.32941<br>
 >> S 19.39879 6.33792<br>
 5.62425<br>
 >> S 3.00729 2.34067<br>
 5.62425<br>
 >> S 20.13937 1.65658<br>
 0.08857<br>
 >> S 3.74787 5.65383<br>
 0.08857<br>
 >> S 25.96310 0.08881<br>
 6.99046<br>
 >> S 9.57160 4.08606<br>
 6.99046<br>
 >> S 26.70368 7.90569<br>
 1.45478<br>
 >> S 10.31218 3.90844<br>
 1.45478<br>
 >> S 25.56056 6.28376<br>
 4.68983<br>
 >> S 9.16906 2.28651<br>
 4.68983<br>
 >> S 24.81997 1.71074<br>
 10.22551<br>
 >> S 8.42848 5.70799<br>
 10.22551<br>
 >> S 12.08748 6.57702<br>
 3.54505<br>
 >> S 28.47898 2.57977<br>
 3.54505<br>
 >> S 11.34689 1.41748<br>
 9.08073<br>
 >> S 27.73839 5.41473<br>
 9.08073<br>
 >> S 11.74373 0.68898<br>
 1.53781<br>
 >> S 28.13523 4.68623<br>
 1.53781<br>
 >> S 11.00315 7.30552<br>
 7.07349<br>
 >> S 27.39465 3.30827<br>
 7.07349<br>
 >> C 2.50124 7.97352<br>
 2.72134<br>
 >> C 18.89274 3.97627<br>
 2.72134<br>
 >> C 1.76066 0.02098<br>
 8.25702<br>
 >> C 18.15215 4.01823<br>
 8.25702<br>
 >> H 2.98979 0.63970<br>
 2.22534<br>
 >> H 19.38129 4.63695<br>
 2.22534<br>
 >> H 2.24920 7.35480<br>
 7.76102<br>
 >> H 18.64071 3.35755<br>
 7.76102<br>
 >> H 1.85588 0.41427<br>
 3.28266<br>
 >> H 18.24738 4.41152<br>
 3.28266<br>
 >> H 1.11530 7.58023<br>
 8.81834<br>
 >> H 17.50680 3.58298<br>
 8.81834<br>
 >> H 2.05231 7.38359<br>
 2.11352<br>
 >> H 18.44381 3.38634<br>
 2.11352<br>
 >> H 1.31173 0.61091<br>
 7.64920<br>
 >> H 17.70323 4.60816<br>
 7.64920<br>
 >> F 32.09159 6.20228<br>
 3.55280<br>
 >> F 15.70009 2.20503<br>
 3.55280<br>
 >> F 31.35101 1.79222<br>
 9.08848<br>
 >> F 14.95951 5.78947<br>
 9.08848<br>
 >> F 31.99917 0.61481<br>
 3.45094<br>
 >> F 15.60767 4.61206<br>
 3.45094<br>
 >> F 31.25859 7.37969<br>
 8.98662<br>
 >> F 14.86709 3.38244<br>
 8.98662<br>
 >> F 30.39326 0.65482<br>
 5.22458<br>
 >> F 14.00176 4.65207<br>
 5.22458<br>
 >> F 29.65268 7.33968<br>
 10.76026<br>
 >> F 13.26118 3.34243<br>
 10.76026<br>
 >> F 30.47339 6.23106<br>
 5.35854<br>
 >> F 14.08189 2.23381<br>
 5.35854<br>
 >> F 29.73280 1.76344<br>
 10.89422<br>
 >> F 13.34130 5.76069<br>
 10.89422<br>
 >> F 29.96030 7.30601<br>
 3.28598<br>
 >> F 13.56880 3.30876<br>
 3.28598<br>
 >> F 29.21972 0.68849<br>
 8.82166<br>
 >> F 12.82821 4.68574<br>
 8.82166<br>
 >> F -0.26088 7.52461<br>
 5.52461<br>
 >> F 16.13062 3.52736<br>
 5.52461<br>
 >> F -1.00147 0.46989<br>
 11.06029<br>
 >> F 15.39003 4.46714<br>
 11.06029<br>
 >> C 4.77264 7.25965<br>
 3.40666<br>
 >> C 21.16414 3.26240<br>
 3.40666<br>
 >> C 4.03205 0.73485<br>
 8.94234<br>
 >> C 20.42355 4.73210<br>
 8.94234<br>
 >> C 7.12868 7.79932<br>
 2.56191<br>
 >> C 23.52018 3.80207<br>
 2.56191<br>
 >> C 6.38809 0.19518<br>
 8.09759<br>
 >> C 22.77959 4.19243<br>
 8.09759<br>
 >> C 24.86295 7.22306<br>
 5.97079<br>
 >> C 8.47145 3.22581<br>
 5.97079<br>
 >> C 25.60353 0.77144<br>
 0.43510<br>
 >> C 9.21203 4.76869<br>
 0.43510<br>
 >> C 18.61690 7.45190<br>
 6.77235<br>
 >> C 2.22540 3.45465<br>
 6.77235<br>
 >> C 19.35749 0.54260<br>
 1.23667<br>
 >> C 2.96599 4.53985<br>
 1.23667<br>
 >> C 11.00638 7.55584<br>
 2.60731<br>
 >> C 27.39788 3.55859<br>
 2.60731<br>
 >> C 10.26580 0.43866<br>
 8.14299<br>
 >> C 26.65730 4.43591<br>
 8.14299<br>
 >> C 9.65436 7.44215<br>
 2.72245<br>
 >> C 26.04587 3.44490<br>
 2.72245<br>
 >> C 8.91378 0.55235<br>
 8.25813<br>
 >> C 25.30528 4.54960<br>
 8.25813<br>
 >> C 16.66566 0.56358<br>
 7.82192<br>
 >> C 0.27416 4.56083<br>
 7.82192<br>
 >> C 17.40624 7.43092<br>
 2.28624<br>
 >> C 1.01474 3.43367<br>
 2.28624<br>
 >> H 17.33387 0.90270<br>
 8.42088<br>
 >> H 0.94237 4.89995<br>
 8.42088<br>
 >> H 18.07446 7.09180<br>
 2.88520<br>
 >> H 1.68295 3.09455<br>
 2.88520<br>
 >> H 15.99844 0.08734<br>
 8.32234<br>
 >> H -0.39307 4.08459<br>
 8.32234<br>
 >> H 16.73902 7.90716<br>
 2.78666<br>
 >> H 0.34752 3.90991<br>
 2.78666<br>
 >> H 16.25380 1.29452<br>
 7.35581<br>
 >> H -0.13770 5.29177<br>
 7.35581<br>
 >> H 16.99438 6.69998<br>
 1.82013<br>
 >> H 0.60288 2.70273<br>
 1.82013<br>
 >> C 2.84149 6.31548<br>
 4.62008<br>
 >> C 19.23299 2.31823<br>
 4.62008<br>
 >> C 2.10091 1.67902<br>
 10.15576<br>
 >> C 18.49241 5.67627<br>
 10.15576<br>
 >> H 3.50975 5.72019<br>
 4.96440<br>
 >> H 19.90125 1.72294<br>
 4.96440<br>
 >> H 2.76917 2.27431<br>
 10.50008<br>
 >> H 19.16067 6.27156<br>
 10.50008<br>
 >> H 2.12009 5.80314<br>
 4.23922<br>
 >> H 18.51159 1.80589<br>
 4.23922<br>
 >> H 1.37951 2.19136<br>
 9.77491<br>
 >> H 17.77101 6.18861<br>
 9.77491<br>
 >> H 2.49999 6.86149<br>
 5.33308<br>
 >> H 18.89149 2.86424<br>
 5.33308<br>
 >> H 1.75941 1.13301<br>
 10.86876<br>
 >> H 18.15091 5.13026<br>
 10.86876<br>
 >> C 16.35379 6.90785<br>
 5.93536<br>
 >> C -0.03771 2.91060<br>
 5.93536<br>
 >> C 17.09438 1.08665<br>
 0.39968<br>
 >> C 0.70288 5.08390<br>
 0.39968<br>
 >> H 16.84589 6.32182<br>
 5.35300<br>
 >> H 0.45439 2.32457<br>
 5.35300<br>
 >> H 16.10531 1.67268<br>
 10.88868<br>
 >> H -0.28619 5.66993<br>
 10.88868<br>
 >> H 15.86389 7.54510<br>
 5.40947<br>
 >> H -0.52761 3.54785<br>
 5.40947<br>
 >> H 15.12331 0.44940<br>
 10.94515<br>
 >> H -1.26819 4.44665<br>
 10.94515<br>
 >> H 15.74245 6.39404<br>
 6.46678<br>
 >> H -0.64905 2.39679<br>
 6.46678<br>
 >> H 16.48303 1.60046<br>
 0.93110<br>
 >> H 0.09153 5.59771<br>
 0.93110<br>
 >> C 17.30660 7.62854<br>
 6.82992<br>
 >> C 0.91510 3.63129<br>
 6.82992<br>
 >> C 18.04719 0.36596<br>
 1.29424<br>
 >> C 1.65569 4.36321<br>
 1.29424<br>
 >> C 3.44486 7.19037<br>
 3.56498<br>
 >> C 19.83636 3.19312<br>
 3.56498<br>
 >> C 2.70427 0.80413<br>
 9.10066<br>
 >> C 19.09577 4.80138<br>
 9.10066<br>
 >> C 7.30907 6.93029<br>
 3.56166<br>
 >> C 23.70057 2.93304<br>
 3.56166<br>
 >> C 6.56849 1.06421<br>
 9.09734<br>
 >> C 22.95999 5.06146<br>
 9.09734<br>
 >> C 23.51465 7.25282<br>
 6.17782<br>
 >> C 7.12315 3.25557<br>
 6.17782<br>
 >> C 24.25523 0.74168<br>
 0.64214<br>
 >> C 7.86373 4.73893<br>
 0.64214<br>
 >> C 21.16001 7.74028<br>
 6.99710<br>
 >> C 4.76851 3.74303<br>
 6.99710<br>
 >> C 21.90060 0.25422<br>
 1.46142<br>
 >> C 5.50910 4.25147<br>
 1.46142<br>
 >> C 21.00252 6.87857<br>
 5.99071<br>
 >> C 4.61102 2.88132<br>
 5.99071<br>
 >> C 21.74310 1.11593<br>
 0.45503<br>
 >> C 5.35160 5.11318<br>
 0.45503<br>
 >> C 27.41664 7.76370<br>
 5.98186<br>
 >> C 11.02514 3.76645<br>
 5.98186<br>
 >> C 28.15722 0.23080<br>
 0.44618<br>
 >> C 11.76572 4.22805<br>
 0.44618<br>
 >> H 27.59489 0.54455<br>
 5.42718<br>
 >> H 11.20339 4.54180<br>
 5.42718<br>
 >> H 26.85431 7.44995<br>
 10.96286<br>
 >> H 10.46280 3.45270<br>
 10.96286<br>
 >> H 28.18126 7.63147<br>
 6.56310<br>
 >> H 11.78976 3.63422<br>
 6.56310<br>
 >> H 28.92184 0.36303<br>
 1.02742<br>
 >> H 12.53034 4.36028<br>
 1.02742<br>
 >> C 27.26323 6.60922<br>
 5.13933<br>
 >> C 10.87173 2.61197<br>
 5.13933<br>
 >> C 26.52265 1.38528<br>
 10.67501<br>
 >> C 10.13115 5.38253<br>
 10.67501<br>
 >> H 27.61795 5.83339<br>
 5.59879<br>
 >> H 11.22645 1.83614<br>
 5.59879<br>
 >> H 28.35854 2.16111<br>
 0.06311<br>
 >> H 11.96704 6.15836<br>
 0.06311<br>
 >> H 27.78169 6.73853<br>
 4.33001<br>
 >> H 11.39019 2.74128<br>
 4.33001<br>
 >> H 27.04111 1.25597<br>
 9.86569<br>
 >> H 10.64961 5.25322<br>
 9.86569<br>
 >> C 13.44202 0.18298<br>
 1.85556<br>
 >> C 29.83352 4.18023<br>
 1.85556<br>
 >> C 12.70144 7.81152<br>
 7.39124<br>
 >> C 29.09294 3.81427<br>
 7.39124<br>
 >> H 13.72839 7.55876<br>
 1.16581<br>
 >> H 30.11989 3.56151<br>
 1.16581<br>
 >> H 12.98780 0.43574<br>
 6.70150<br>
 >> H 29.37930 4.43299<br>
 6.70150<br>
 >> H 14.02273 0.95930<br>
 1.82235<br>
 >> H 30.41423 4.95655<br>
 1.82235<br>
 >> H 13.28214 7.03520<br>
 7.35803<br>
 >> H 29.67364 3.03795<br>
 7.35803<br>
 >> C 13.55775 7.53144<br>
 3.17416<br>
 >> C 29.94925 3.53419<br>
 3.17416<br>
 >> C 12.81716 0.46306<br>
 8.70984<br>
 >> C 29.20866 4.46031<br>
 8.70984<br>
 >> H 13.68661 0.21518<br>
 3.85616<br>
 >> H 30.07811 4.21243<br>
 3.85616<br>
 >> H 12.94602 7.77932<br>
 9.39184<br>
 >> H 29.33752 3.78207<br>
 9.39184<br>
 >> H 14.33307 6.94883<br>
 3.18191<br>
 >> H 30.72457 2.95158<br>
 3.18191<br>
 >> H 13.59248 1.04567<br>
 8.71759<br>
 >> H 29.98398 5.04292<br>
 8.71759<br>
 >> K_POINTS automatic<br>
 >> 1 2 2 0 0 0<br>
 >><br>
 >><br>
 >> Thanks and regards<br>
 >><br>
 >><br>
 >> Stephan Ludwig<br>
 >><br>
 >><br>
 >><br>
 _______________________________________________<br>
 >> Pw_forum mailing list<br>
 >> <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
 >> <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
 ><br>
 ><br>
 ><br>
 ><br>
 _______________________________________________<br>
 > Pw_forum mailing list<br>
 ><br>
 <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
 > <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
<br>
<br>
<br>
 --<br>
 Dr. Axel Kohlmeyer? <a href="mailto:akohlmey@gmail.com">akohlmey@gmail.com</a>?<br>
 <a href="http://goo.gl/1wk0" rel="noreferrer" target="_blank">http://goo.gl/1wk0</a><br>
 College of Science & Technology, Temple<br>
 University, Philadelphia PA, USA<br>
 International Centre for Theoretical Physics,<br>
 Trieste. Italy.<br>
<br>
 _______________________________________________<br>
 Pw_forum mailing list<br>
 <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
 <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Sat, 8 Aug 2015 22:07:43 +0530<br>
From: Raj kamal <<a href="mailto:rajkamalloyola@gmail.com">rajkamalloyola@gmail.com</a>><br>
Subject: [Pw_forum] charge density<br>
To: <a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a><br>
Message-ID:<br>
        <CABb51f6cEVuhpcdXymYK3=<a href="mailto:XEreP8w-AJd32Sq6beDdtDtRrqmA@mail.gmail.com">XEreP8w-AJd32Sq6beDdtDtRrqmA@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
I calculated the charge density difference plot using VESTA for<br>
understanding the bonding mechanism between adsorbent and adsorbate. The<br>
system I used here is Li adsorbed on carbon based substrate and it was<br>
shown in the figure.  Yellow and Blue colors are represents the positive<br>
and negative value of isosurface. And i am struggling to interpret my<br>
results in terms of electron accumulation and depletion region with these<br>
two colour loops and the isosurface value also. *What is the exact physical<br>
meaning of this + and ? isosurface value and these two colours represents<br>
what?accumlation and depletion*. And are there any rules to choose the<br>
isosurface value. But I feel using the 2D slice model may explain more<br>
detail about the bonding mechanism between adsorbent and adsorbate but am<br>
beginner of this tool so can anyone please explain how to prooced for 2D<br>
display slice model for the same system.<br>
<br>
   [image: Inline image 2]<br>
--<br>
*Best regards,*<br>
*Rajkamal.A.*<br>
*Research Scholar,(SRM UNIV).*<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20150808/933c7790/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20150808/933c7790/attachment-0001.html</a><br>
-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: Capture.PNG<br>
Type: image/png<br>
Size: 55254 bytes<br>
Desc: not available<br>
Url : <a href="http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20150808/933c7790/attachment-0001.png" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20150808/933c7790/attachment-0001.png</a><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Sat, 8 Aug 2015 15:09:14 -0400<br>
From: ashkan shekaari <<a href="mailto:shekaari@gmail.com">shekaari@gmail.com</a>><br>
Subject: [Pw_forum] Cp<br>
To: pw_forum <<a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a>><br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CAGchC0um_wkAnZyRc0-BE1hhi7cKtWk5MkO1fQegW7e6tg15ww@mail.gmail.com">CAGchC0um_wkAnZyRc0-BE1hhi7cKtWk5MkO1fQegW7e6tg15ww@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear developers<br>
Why rescaling does not work for cell temperature in cp while it is<br>
introduced as a permitted parameter?<br>
<br>
Kind regards<br>
Ashkan Shekaari<br>
Tell: <a href="tel:%2B98%20933%20459%207122" value="+989334597122">+98 933 459 7122</a>; <a href="tel:%2B98%20921%20346%207384" value="+989213467384">+98 921 346 7384</a><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20150808/3d2f4351/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20150808/3d2f4351/attachment-0001.html</a><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 5<br>
Date: Sun, 9 Aug 2015 02:48:06 +0600<br>
From: Kanak Datta <<a href="mailto:kanakeee08@gmail.com">kanakeee08@gmail.com</a>><br>
Subject: [Pw_forum] Dielectric constant of Monolyer MoS2 in .ph<br>
To: <a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a><br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CAPGf_QGNVqXKh4cUjS36XofkW6jwCrXgvqrJQ6nReqVYNdRryg@mail.gmail.com">CAPGf_QGNVqXKh4cUjS36XofkW6jwCrXgvqrJQ6nReqVYNdRryg@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear researchers<br>
<br>
Is it possible to calculate static dielectric constant of mono/bi layer<br>
MoS2 using .ph package in quantum espresso? I have performed self<br>
consistent formulation already and have been using the following code for<br>
.ph package found in a tutorial:<br>
&inputph<br>
  tr2_ph=1.0d-14,<br>
  prefix='MoS210',<br>
  epsil=.true.<br>
  outdir='D:\QuantumEspresso\Quantum ESPRESSO 64-bit 5.1.2-<br>
mpich2\MoS210\outdir',<br>
  !outdir='./'<br>
  fildyn='MoS210.dynG',<br>
 /<br>
 0.0 0.0 0.0<br>
<br>
The code however would terminate saying " no elec. field with<br>
metals".....can anyone please help me with this?<br>
<br>
Thanks in advance.<br>
Sincerely yours<br>
Kanak Datta<br>
Dept. of EEE, BUET<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20150809/ab71a3cb/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20150809/ab71a3cb/attachment-0001.html</a><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 6<br>
Date: Sun, 9 Aug 2015 00:06:25 +0300<br>
From: Bahad?r salmankurt <<a href="mailto:bsalmankurt@gmail.com">bsalmankurt@gmail.com</a>><br>
Subject: Re: [Pw_forum] Dielectric constant of Monolyer MoS2 in .ph<br>
To: PWSCF Forum <<a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a>><br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CADT9cussJv2vR4%2B9LerhHfxPfrPP4yOoWhPeb1rKhSsNv9vVxA@mail.gmail.com">CADT9cussJv2vR4+9LerhHfxPfrPP4yOoWhPeb1rKhSsNv9vVxA@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear Kanak Datta<br>
<br>
if the system is considered metalic, it gives a error like  "no elec. field<br>
with metals". Please do calculation in non-metalic condition.<br>
<br>
regards<br>
<br>
2015-08-08 23:48 GMT+03:00 Kanak Datta <<a href="mailto:kanakeee08@gmail.com">kanakeee08@gmail.com</a>>:<br>
<br>
> Dear researchers<br>
><br>
> Is it possible to calculate static dielectric constant of mono/bi layer<br>
> MoS2 using .ph package in quantum espresso? I have performed self<br>
> consistent formulation already and have been using the following code for<br>
> .ph package found in a tutorial:<br>
> &inputph<br>
>   tr2_ph=1.0d-14,<br>
>   prefix='MoS210',<br>
>   epsil=.true.<br>
>   outdir='D:\QuantumEspresso\Quantum ESPRESSO 64-bit 5.1.2-<br>
> mpich2\MoS210\outdir',<br>
>   !outdir='./'<br>
>   fildyn='MoS210.dynG',<br>
>  /<br>
>  0.0 0.0 0.0<br>
><br>
> The code however would terminate saying " no elec. field with<br>
> metals".....can anyone please help me with this?<br>
><br>
> Thanks in advance.<br>
> Sincerely yours<br>
> Kanak Datta<br>
> Dept. of EEE, BUET<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Pw_forum mailing list<br>
> <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
> <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20150809/1901cd95/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20150809/1901cd95/attachment-0001.html</a><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
<br>
End of Pw_forum Digest, Vol 97, Issue 9<br>
***************************************<br>
</blockquote></div><br></div>