<div dir="ltr">Dear Dr. Fratesi<div><br></div><div>Thanks a lot for the clarification. So if I have 28 eigenstates in full system (molecule+surface) and 14 eigenstates (for gas phase molecule in same unitcell as that of full system), I can project the whole 28 states onto 14 molecular states and then looking at HOMO of molecule, integrating it's DoS up to Fermi will provide the population of that level in full system. This is what I am supposed to do. I hope I am clear and understood correctly.</div><div><br></div><div>With regards</div><div>Vasudevan M V</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 16, 2015 at 3:48 PM, Guido Fratesi <span dir="ltr"><<a href="mailto:fratesi@mater.unimib.it" target="_blank">fratesi@mater.unimib.it</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Vasudevan,<br>
<br>
the tool is aimed at what you are willing to do with:<br>
"Full system" the molecule adsorbed on a surface.<br>
"Part" the molecule in gas phase.<br>
<br>
Statement 2) below refers to the atomic orbitals, not to the<br>
eigenstates. This tool passes through an atomic-basis-set<br>
representation, and the two basis sets should correspond (they describe<br>
the same Hilbert space) so that you can make a dot product of two<br>
vectors describing 1 the eigenstate of the full system and 2 the<br>
eigenstate of the part.<br>
<br>
HTH<br>
<span class=""><br>
On 15/06/2015 12:26, vasudevan m.v wrote:<br>
> Dear QE users,<br>
><br>
> I want to project the density of states of complete system (molecule<br>
> adsorbed on a surface) on to molecular orbitals of adsorbate and find<br>
> population of different molecular orbitals. If I understood correctly<br>
> there is an post-processing tool molecularpdos.x in quantum ESPRESSO v<br>
> 5.1.2 which does this job. If I am mistaken please correct me.<br>
> (<a href="http://www.quantum-espresso.org/wp-content/uploads/Doc/pp_user_guide/node8.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.quantum-espresso.org/wp-content/uploads/Doc/pp_user_guide/node8.html</a>)<br>
><br>
> Statement 1)<br>
><br>
>  From ..../espresso-5.1.2/PP/Doc/INPUT_molecularpdos.html<br>
><br>
</span>>   " /Then the eigenvectors of the full system are projected onto the<br>
<span class="">> ones of the part. For example, to decompose the PDOS of an adsorbed<br>
> molecule into its molecular orbital, as determined by a gas-phase<br>
</span>> calculation/"<br>
<span class="">><br>
> I don't understand what is meant by decomposition of pdos while in first<br>
> part it says eigenvectors of full system are used.<br>
><br>
> Statement 2)<br>
><br>
</span>> "/The atomic wavefunctions identified by the ranges<br>
<span class="">>   i_atmwfc_beg_full:i_atmwfc_end_full (full system) and<br>
>   i_atmwfc_beg_part:i_atmwfc_end_part (molecular part)  should<br>
> correspond to the same atomic states. See the  header of the output of<br>
</span>> projwfc.x for more information/."<br>
<span class="">><br>
> I feel the above statement slightly confusing as in statement 1 it is<br>
</span>> said that "/Then the eigenvectors of the full system are projected onto<br>
> the ones of the part/"<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">><br>
> Hope that things are conveyed well.<br>
><br>
> With regards<br>
> Vasudevan M V<br>
> JNCASR<br>
> Bangalore<br>
><br>
><br>
<br>
</div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">--<br>
Guido Fratesi<br>
<br>
Dipartimento di Fisica<br>
Universita` degli Studi di Milano<br>
Via Celoria 16, 20133 Milano, Italy<br>
_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" rel="noreferrer" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>