<div dir="ltr">Dear All,<div>I'm trying to submit a NEB calculation on the Mn3/4Co1/4PO4 system to calculate the Lithium energy barrier for diffusion. The baseline calculation on MnPO4 went fine.</div><div>Inserting the cobalt atoms neb.x crashes during the calculation on the second image.</div><div>No error is printed in the log but in the standard output I obtain:</div><div><br></div><div><div>          2           2 INTERMEDIATE_IMAGE</div><div>[t12node084:17231] 55 more processes have sent help message help-mpi-btl-openib.txt / reg mem limit low</div><div>[t12node084:17231] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages</div><div>[t12node082:28692] *** An error occurred in MPI_Bcast</div><div>[t12node082:28692] *** on communicator MPI COMMUNICATOR 9 SPLIT FROM 7</div><div>[t12node082:28692] *** MPI_ERR_TRUNCATE: message truncated</div><div>[t12node082:28692] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL: your MPI job will now abort</div><div>--------------------------------------------------------------------------</div><div>mpiexec has exited due to process rank 31 with PID 28692 on</div><div>node t12node082 exiting improperly. There are two reasons this could occur:</div><div><br></div><div>1. this process did not call "init" before exiting, but others in</div><div>the job did. This can cause a job to hang indefinitely while it waits</div><div>for all processes to call "init". By rule, if one process calls "init",</div><div>then ALL processes must call "init" prior to termination.</div><div><br></div><div>2. this process called "init", but exited without calling "finalize".</div><div>By rule, all processes that call "init" MUST call "finalize" prior to</div><div>exiting or it will be considered an "abnormal termination"</div><div><br></div><div>This may have caused other processes in the application to be</div><div>terminated by signals sent by mpiexec (as reported here).</div><div>--------------------------------------------------------------------------</div><div>[t12node084:17231] 8 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal</div></div><div><br></div><div>Is my input in some way wrong, it's a problem of compilation of the code or it is a bug? My code is compiled with gcc/gfortran and OpenMPI.</div><div>I'm reporting my input for reference below.</div><div>Thanks lot in advance and best regards,</div><div>Mauro Sgroi.</div><div>Centro Ricerche FIAT, Italy.</div><div><br></div><div><div>BEGIN</div><div>BEGIN_PATH_INPUT</div><div>&PATH</div><div>  restart_mode      = 'from_scratch'</div><div>  string_method     = 'neb',</div><div>  nstep_path        = 200,</div><div>  ds                = 1.D0,</div><div>  opt_scheme        = "broyden2",</div><div>  num_of_images     = 7,</div><div>  k_max             = 0.3D0,</div><div>  k_min             = 0.2D0,</div><div>  CI_scheme         = "auto",</div><div>  path_thr          = 0.1D0,</div><div>  first_last_opt    = .true.</div><div>/</div><div>END_PATH_INPUT</div><div><br></div><div>BEGIN_ENGINE_INPUT</div><div>&CONTROL</div><div>    pseudo_dir='/data5/sgroi/DATABASE/ESPRESSO',</div><div>    prefix='mnpo4_121_gamma',</div><div>    outdir='/net/manager/remote/qespresso/mnpo4_121_gamma',</div><div>    wf_collect=.false.,</div><div>    disk_io='none',</div><div>/</div><div><br></div><div>&SYSTEM</div><div>    ibrav=8,</div><div>    nat=49,</div><div>    ntyp=5,</div><div>    ecutwfc=78,</div><div>    ecutrho=355,</div><div>    nbnd=240,</div><div>    occupations='smearing',</div><div>    degauss=1d-10,</div><div>    smearing='mv',</div><div>    nspin=2,</div><div>    starting_magnetization(1)=0.9,</div><div>    starting_magnetization(2)=0.9,</div><div>    lda_plus_u=.true.,</div><div>    Hubbard_U(1)= 4.5,</div><div>    Hubbard_U(2)=5.695,</div><div>    celldm(1)=18.49395,</div><div>    celldm(2)=1.21346602537586616163,</div><div>    celldm(3)=0.49381770795314143273</div><div>/</div><div><br></div><div>&ELECTRONS</div><div>    conv_thr=1.0d-9,</div><div>    electron_maxstep=200,</div><div>    mixing_beta=0.5,</div><div>    scf_must_converge=.false.</div><div>/</div><div><br></div><div>ATOMIC_SPECIES</div><div> Mn 54.9381 Mn.pbesol-spn-kjpaw_psl.0.3.1.UPF</div><div> Co 58.933195 Co.pbesol-n-kjpaw_psl.0.2.3.UPF</div><div> P 30.9737  P.pbesol-n-kjpaw_psl.0.1.UPF</div></div><div><div> O 15.9994  O.pbesol-n-kjpaw_psl.0.1.UPF</div><div> Li 6.941   Li.pbesol-s-kjpaw_psl.0.2.1.UPF</div><div><br></div><div>BEGIN_POSITIONS</div><div>FIRST_IMAGE</div><div>ATOMIC_POSITIONS { crystal }</div><div>Li    0.5           0.25          0.5</div><div>Co    0.29072591    0.12500000    0.91347261</div><div>Co    0.29072591    0.62500000    0.91347261</div><div>Mn    0.70927409    0.87500000    0.08652739</div><div>Mn    0.70927409    0.37500000    0.08652739</div><div>Mn    0.20927409    0.87500000    0.41347261</div><div>Mn    0.20927409    0.37500000    0.41347261</div><div>Mn    0.79072591    0.12500000    0.58652739</div><div>Mn    0.79072591    0.62500000    0.58652739</div><div>P    0.10084365    0.12500000    0.40451768</div><div>P    0.10084365    0.62500000    0.40451768</div><div>P    0.89915635    0.87500000    0.59548232</div><div>P    0.89915635    0.37500000    0.59548232</div><div>P    0.39915635    0.87500000    0.90451768</div><div>P    0.39915635    0.37500000    0.90451768</div><div>P    0.60084365    0.12500000    0.09548232</div><div>P    0.60084365    0.62500000    0.09548232</div><div>O    0.12385174    0.12500000    0.71580776</div><div>O    0.12385174    0.62500000    0.71580776</div><div>O    0.87614826    0.87500000    0.28419224</div><div>O    0.87614826    0.37500000    0.28419224</div><div>O    0.37614825    0.87500000    0.21580776</div><div>O    0.37614825    0.37500000    0.21580776</div><div>O    0.62385174    0.12500000    0.78419224</div><div>O    0.62385174    0.62500000    0.78419224</div><div>O    0.44624223    0.12500000    0.14543042</div><div>O    0.44624223    0.62500000    0.14543042</div><div>O    0.55375777    0.87500000    0.85456959</div><div>O    0.55375777    0.37500000    0.85456959</div><div>O    0.05375777    0.87500000    0.64543041</div><div>O    0.05375777    0.37500000    0.64543041</div><div>O    0.94624223    0.12500000    0.35456959</div><div>O    0.94624223    0.62500000    0.35456959</div><div>O    0.82994947    0.47473125    0.74215029</div><div>O    0.82994947    0.97473125    0.74215029</div><div>O    0.17005053    0.52526875    0.25784971</div><div>O    0.17005053    0.02526875    0.25784971</div><div>O    0.67005053    0.52526875    0.24215029</div><div>O    0.67005053    0.02526875    0.24215029</div><div>O    0.32994947    0.47473125    0.75784971</div><div>O    0.32994947    0.97473125    0.75784971</div><div>O    0.32994947    0.77526875    0.75784971</div><div>O    0.32994947    0.27526875    0.75784971</div><div>O    0.67005053    0.72473125    0.24215029</div><div>O    0.67005053    0.22473125    0.24215029</div><div>O    0.17005053    0.72473125    0.25784971</div><div>O    0.17005053    0.22473125    0.25784971</div><div>O    0.82994947    0.77526875    0.74215029</div><div>O    0.82994947    0.27526875    0.74215029</div></div><div><div>LAST_IMAGE</div><div>ATOMIC_POSITIONS { crystal }</div><div>Li    0.5           0.5           0.5</div><div>Co    0.29072591    0.12500000    0.91347261</div><div>Co    0.29072591    0.62500000    0.91347261</div><div>Mn    0.70927409    0.87500000    0.08652739</div><div>Mn    0.70927409    0.37500000    0.08652739</div><div>Mn    0.20927409    0.87500000    0.41347261</div><div>Mn    0.20927409    0.37500000    0.41347261</div><div>Mn    0.79072591    0.12500000    0.58652739</div><div>Mn    0.79072591    0.62500000    0.58652739</div><div>P    0.10084365    0.12500000    0.40451768</div><div>P    0.10084365    0.62500000    0.40451768</div><div>P    0.89915635    0.87500000    0.59548232</div><div>P    0.89915635    0.37500000    0.59548232</div><div>P    0.39915635    0.87500000    0.90451768</div><div>P    0.39915635    0.37500000    0.90451768</div><div>P    0.60084365    0.12500000    0.09548232</div><div>P    0.60084365    0.62500000    0.09548232</div><div>O    0.12385174    0.12500000    0.71580776</div><div>O    0.12385174    0.62500000    0.71580776</div><div>O    0.87614826    0.87500000    0.28419224</div><div>O    0.87614826    0.37500000    0.28419224</div><div>O    0.37614825    0.87500000    0.21580776</div><div>O    0.37614825    0.37500000    0.21580776</div><div>O    0.62385174    0.12500000    0.78419224</div><div>O    0.62385174    0.62500000    0.78419224</div><div>O    0.44624223    0.12500000    0.14543042</div><div>O    0.44624223    0.62500000    0.14543042</div><div>O    0.55375777    0.87500000    0.85456959</div><div>O    0.55375777    0.37500000    0.85456959</div><div>O    0.05375777    0.87500000    0.64543041</div><div>O    0.05375777    0.37500000    0.64543041</div><div>O    0.94624223    0.12500000    0.35456959</div><div>O    0.94624223    0.62500000    0.35456959</div><div>O    0.82994947    0.47473125    0.74215029</div><div>O    0.82994947    0.97473125    0.74215029</div><div>O    0.17005053    0.52526875    0.25784971</div><div>O    0.17005053    0.02526875    0.25784971</div><div>O    0.67005053    0.52526875    0.24215029</div><div>O    0.67005053    0.02526875    0.24215029</div><div>O    0.32994947    0.47473125    0.75784971</div><div>O    0.32994947    0.97473125    0.75784971</div><div>O    0.32994947    0.77526875    0.75784971</div><div>O    0.32994947    0.27526875    0.75784971</div><div>O    0.67005053    0.72473125    0.24215029</div><div>O    0.67005053    0.22473125    0.24215029</div><div>O    0.17005053    0.72473125    0.25784971</div><div>O    0.17005053    0.22473125    0.25784971</div><div>O    0.82994947    0.77526875    0.74215029</div><div>O    0.82994947    0.27526875    0.74215029</div><div>END_POSITIONS</div><div><br></div><div>K_POINTS {gamma}</div><div><br></div><div>END_ENGINE_INPUT</div><div><br></div><div>END</div></div><div><br></div></div>