Thanks Dear <br>M.V.Kondrin<br><br><br>On Tuesday, April 14, 2015, <<a href="mailto:pw_forum-request@pwscf.org">pw_forum-request@pwscf.org</a>> wrote:<br>> Send Pw_forum mailing list submissions to<br>>         <a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a><br>><br>> To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>>         <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>> or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>>         <a href="mailto:pw_forum-request@pwscf.org">pw_forum-request@pwscf.org</a><br>><br>> You can reach the person managing the list at<br>>         <a href="mailto:pw_forum-owner@pwscf.org">pw_forum-owner@pwscf.org</a><br>><br>> When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>> than "Re: Contents of Pw_forum digest..."<br>><br>><br>> Today's Topics:<br>><br>>    1. davcio problem again (loc duong ding)<br>>    2. Re: force convergence in vc-relax (Tianli Feng)<br>>    3. Re: force convergence in vc-relax (Paolo Giannozzi)<br>>    4. Re: QE_Parallel (MKondrin)<br>><br>><br>> ----------------------------------------------------------------------<br>><br>> Message: 1<br>> Date: Mon, 13 Apr 2015 13:08:28 +0000 (UTC)<br>> From: loc duong ding <<a href="mailto:mambom1902@yahoo.com">mambom1902@yahoo.com</a>><br>> Subject: [Pw_forum] davcio problem again<br>> To: PWscf Forum <<a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a>><br>> Message-ID:<br>>         <<a href="mailto:1765464840.2114723.1428930508286.JavaMail.yahoo@mail.yahoo.com">1765464840.2114723.1428930508286.JavaMail.yahoo@mail.yahoo.com</a>><br>> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>><br>> Dear all,<br>> I know this question is on the list of FAQ of QE but it seems strange in my case. I have an error while doing phonon calculation. The error is:<br>><br>> ?Representation??? 10????? 2 modes -E??? L_3? To be done<br>><br>> ???? Representation??? 11????? 2 modes -E??? L_3? To be done<br>><br>> ???? Representation??? 12????? 2 modes -E??? L_3? To be done<br>><br>><br>><br>> ???? Alpha used in Ewald sum =?? 2.8000<br>><br>> ???? negative rho (up, down):? 2.186E-03 0.000E+00<br>> ???? PHONON?????? :??? 47.79s CPU??????? 55.67s WALL<br>><br>><br>><br>> ???? Representation #? 1 mode #?? 1<br>><br>> ???? Self-consistent Calculation<br>> ?<br>> ???? Pert. #? 1: Fermi energy shift (Ry) =??? -1.3453E+00??? -2.1176E-22<br>><br>> ????? iter #?? 1 total cpu time :?? 118.4 secs?? av.it.:? 11.8<br>> ????? thresh= 1.000E-02 alpha_mix =? 0.100 |ddv_scf|^2 =? 8.305E-04<br>> ?<br>> ? Error in routine davcio (22):<br>> ???? error while writing from file "/pfs/work3/workspace/scratch/se3624-TiSe2-doping-0/dispersion-bilayer2/0.001/charge0/./_ph0/TiSe2-bi.0.001.0.dwf17?This error is suddenly appear while ph.x is running. I have checked the disk space as well as permission of writing. All of these is not the problem because I can do pw.x for relax and scf calculation in the same folder. The error is only happened in phonon calculation.<br>><br>> Do you know where is? the code (subroutine) that contains this read- or write-statement for phonon calculation? I would like to send this subroutine to the cluster admin but I can not find it.<br>> Could you give me any hint to overcome this issue??<br>> With many thanks,Loc Duong<br>><br>> Best regards,<br>> -----------------------------------------------<br>> Dinh Loc Duong , Ph.D<br>> Postdoctoral Researcher, Department of Nanoscience<br>> Max Planck Institute for Solid State Research<br>> Heisenbergstrasse 1, D-70569 Stuttgart, Germany? ? ? ? ? ??<br>> Email: <a href="mailto:mambom1902@yahoo.com">mambom1902@yahoo.com</a>, <a href="mailto:l.duong@fkf.mpg.de">l.duong@fkf.mpg.de</a><br>> -------------- next part --------------<br>> An HTML attachment was scrubbed...<br>> URL: <a href="http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20150413/1312b4be/attachment-0001.html">http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20150413/1312b4be/attachment-0001.html</a><br>><br>> ------------------------------<br>><br>> Message: 2<br>> Date: Mon, 13 Apr 2015 12:19:58 -0400<br>> From: Tianli Feng <<a href="mailto:tianli.feng2011@gmail.com">tianli.feng2011@gmail.com</a>><br>> Subject: Re: [Pw_forum] force convergence in vc-relax<br>> To: PWSCF Forum <<a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a>><br>> Message-ID:<br>>         <CAAY=<a href="mailto:65Ov7XcibYprcU2o6rWR%2BnAwnZkpaW62BNv3OvHY-_4D_A@mail.gmail.com">65Ov7XcibYprcU2o6rWR+nAwnZkpaW62BNv3OvHY-_4D_A@mail.gmail.com</a>><br>> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>><br>> Hi Florian, I have not got the issue resolved yet.<br>><br>> Hi Paolo, How can we find the explanation in that code? Many thanks.<br>><br>> Best wishes,<br>> Tianli<br>> ------------<br>> Tianli Feng<br>> Mechanical Engineering, Purdue University<br>> ---The truth is not what you see, but what it is.<br>><br>> On Mon, Apr 13, 2015 at 4:10 AM, Paolo Giannozzi <<a href="mailto:paolo.giannozzi@uniud.it">paolo.giannozzi@uniud.it</a>><br>> wrote:<br>><br>>> On Mon, 2015-04-13 at 00:16 -0700, Florian Altvater wrote:<br>>><br>>> > did this issue ever get resolved/answered? I would also be very<br>>> > interested in a solution/explanation of the behavior.<br>>><br>>> The explanation is available in the part of code that perform the<br>>> convergence check on forces<br>>><br>>> P.<br>>> > I also get relaxations where individual forces are higher than the<br>>> > threshold, without the line stating that "SCF correction compared to<br>>> > forces is large", in case that would be a reason here. Also happens in<br>>> > regular "relax" calculations.<br>>> ><br>>> > Thanks so much,<br>>> > Florian<br>>> ><br>>> > --<br>>> > Florian Brown-Altvater<br>>> > PhD Candidate<br>>> > Neaton group<br>>> > UC Berkeley/LBNL<br>>> ><br>>> > Am 08.04.2015 um 12:07 schrieb Tianli Feng:<br>>> ><br>>> > > Dear All,<br>>> > ><br>>> > ><br>>> > > I would really appreciate if anyone can help to explain a output in<br>>> > > relaxing a structure. I used vc-relax to relax a lattice<br>>> > > with forc_conv_thr set as 1.0D-9. After 44 steps, the results<br>>> > > converge as following:<br>>> > ><br>>> > ><br>>> > >      Forces acting on atoms (Ry/au):<br>>> > ><br>>> > ><br>>> > >      atom    1 type  1   force =     0.00000638    0.00000000<br>>> > >  0.00000092<br>>> > >      atom    2 type  1   force =     0.00000602    0.00000000<br>>> > >  0.00000671<br>>> > >      atom    3 type  1   force =    -0.00000074    0.00000000<br>>> > >  0.00000243<br>>> > >      atom    4 type  1   force =     0.00000358    0.00000000<br>>> > > -0.00000082<br>>> > >      atom    5 type  2   force =    -0.00000821    0.00000000<br>>> > > -0.00000732<br>>> > >      atom    6 type  2   force =    -0.00000635    0.00000000<br>>> > > -0.00000202<br>>> > >      atom    7 type  2   force =     0.00000337    0.00000000<br>>> > > -0.00000058<br>>> > >      atom    8 type  2   force =    -0.00000406    0.00000000<br>>> > >  0.00000068<br>>> > ><br>>> > ><br>>> > >      Total force =     0.000018     Total SCF correction =<br>>> > > 0.000002<br>>> > >      SCF correction compared to forces is large: reduce conv_thr to<br>>> > > get better values<br>>> > ><br>>> > ><br>>> > >      bfgs converged in  44 scf cycles and  43 bfgs steps<br>>> > >      (criteria: energy <  1.0E-04, force <  1.0E-09, cell <<br>>> > >  5.0E-01)<br>>> > ><br>>> > ><br>>> > > The last line says the relaxation converges with force <1.0E-9, but<br>>> > > I saw the forces acting on each atom are not smaller than 1e-9. Does<br>>> > > anyone has experience on relaxing a lattice and know what is<br>>> > > happening? Many thanks!!<br>>> > ><br>>> > ><br>>> > > Sincerely,<br>>> > > Best wishes,<br>>> > > Tianli<br>>> > > ------------<br>>> > > Tianli Feng<br>>> > > Mechanical Engineering, Purdue University<br>>> > > ---The truth is not what you see, but what it is.<br>>> > ><br>>> > ><br>>> > > _______________________________________________<br>>> > > Pw_forum mailing list<br>>> > > <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>>> > > <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>>> ><br>>> > _______________________________________________<br>>> > Pw_forum mailing list<br>>> > <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>>> > <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>>><br>>> --<br>>>  Paolo Giannozzi, Dept. Chemistry&Physics&Environment,<br>>>  Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>>>  Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br>>><br>>> _______________________________________________<br>>> Pw_forum mailing list<br>>> <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>>> <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>>><br>> -------------- next part --------------<br>> An HTML attachment was scrubbed...<br>> URL: <a href="http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20150413/9cee22a6/attachment-0001.html">http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20150413/9cee22a6/attachment-0001.html</a><br>><br>> ------------------------------<br>><br>> Message: 3<br>> Date: Mon, 13 Apr 2015 19:48:22 +0000<br>> From: Paolo Giannozzi <<a href="mailto:paolo.giannozzi@uniud.it">paolo.giannozzi@uniud.it</a>><br>> Subject: Re: [Pw_forum] force convergence in vc-relax<br>> To: PWSCF Forum <<a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a>><br>> Message-ID: <<a href="mailto:1428954654934.11235@uniud.it">1428954654934.11235@uniud.it</a>><br>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>><br>> $ grep -n 'bfgs converged in' */*.f90 */*/*.f90<br>><br>> Modules/bfgs_module.f90:912:             & FMT = '(/,5X,"bfgs converged in ",I3," scf cycles and ", &<br>><br>><br>> Around line 912 of Modules/bfgs_module.f90, you find<br>><br>>       IF ( conv_bfgs ) THEN<br>>          !<br>>          WRITE( UNIT = stdout, &<br>>               & FMT = '(/,5X,"bfgs converged in ",I3," scf cycles and ", &<br>>               &         I3," bfgs steps")' ) scf_iter, bfgs_iter<br>><br>><br>> You search for "conv_bfgs" and you find<br>><br>>       !<br>>       ! ... convergence is checked here<br>>       !<br>>       energy_error = ABS( energy_p - energy )<br>>       grad_error = MAXVAL( ABS( MATMUL( TRANSPOSE(hinv_block), grad(1:n-9)) ) )<br>>       conv_bfgs = energy_error < energy_thr<br>>       conv_bfgs = conv_bfgs .AND. ( grad_error < grad_thr )<br>><br>><br>> "grad_error" is the largest component of the gradient (i.e. forces; the last 9 values are stresses). You should  figure out the relation between forces as printed in the output and "grad_error", via variables "grad" (presumably the forces) and "hinv_block" (a transformation matrix from cartesian to crystal coordinates, I guess).<br>><br>><br>> Anyway: 10^{-9} is an exceedingly small threshold for forces.<br>><br>><br>> Paolo<br>><br>> ________________________________<br>> From: <a href="mailto:pw_forum-bounces@pwscf.org">pw_forum-bounces@pwscf.org</a> <<a href="mailto:pw_forum-bounces@pwscf.org">pw_forum-bounces@pwscf.org</a>> on behalf of Tianli Feng <<a href="mailto:tianli.feng2011@gmail.com">tianli.feng2011@gmail.com</a>><br>> Sent: Monday, April 13, 2015 18:19<br>> To: PWSCF Forum<br>> Subject: Re: [Pw_forum] force convergence in vc-relax<br>><br>> Hi Florian, I have not got the issue resolved yet.<br>><br>> Hi Paolo, How can we find the explanation in that code? Many thanks.<br>><br>> Best wishes,<br>> Tianli<br>> ------------<br>> Tianli Feng<br>> Mechanical Engineering, Purdue University<br>> ---The truth is not what you see, but what it is.<br>><br>> On Mon, Apr 13, 2015 at 4:10 AM, Paolo Giannozzi <<a href="mailto:paolo.giannozzi@uniud.it">paolo.giannozzi@uniud.it</a><mailto:<a href="mailto:paolo.giannozzi@uniud.it">paolo.giannozzi@uniud.it</a>>> wrote:<br>> On Mon, 2015-04-13 at 00:16 -0700, Florian Altvater wrote:<br>><br>>> did this issue ever get resolved/answered? I would also be very<br>>> interested in a solution/explanation of the behavior.<br>><br>> The explanation is available in the part of code that perform the<br>> convergence check on forces<br>><br>> P.<br>>> I also get relaxations where individual forces are higher than the<br>>> threshold, without the line stating that "SCF correction compared to<br>>> forces is large", in case that would be a reason here. Also happens in<br>>> regular "relax" calculations.<br>>><br>>> Thanks so much,<br>>> Florian<br>>><br>>> --<br>>> Florian Brown-Altvater<br>>> PhD Candidate<br>>> Neaton group<br>>> UC Berkeley/LBNL<br>>><br>>> Am 08.04.2015 um 12:07 schrieb Tianli Feng:<br>>><br>>> > Dear All,<br>>> ><br>>> ><br>>> > I would really appreciate if anyone can help to explain a output in<br>>> > relaxing a structure. I used vc-relax to relax a lattice<br>>> > with forc_conv_thr set as 1.0D-9. After 44 steps, the results<br>>> > converge as following:<br>>> ><br>>> ><br>>> >      Forces acting on atoms (Ry/au):<br>>> ><br>>> ><br>>> >      atom    1 type  1   force =     0.00000638    0.00000000<br>>> >  0.00000092<br>>> >      atom    2 type  1   force =     0.00000602    0.00000000<br>>> >  0.00000671<br>>> >      atom    3 type  1   force =    -0.00000074    0.00000000<br>>> >  0.00000243<br>>> >      atom    4 type  1   force =     0.00000358    0.00000000<br>>> > -0.00000082<br>>> >      atom    5 type  2   force =    -0.00000821    0.00000000<br>>> > -0.00000732<br>>> >      atom    6 type  2   force =    -0.00000635    0.00000000<br>>> > -0.00000202<br>>> >      atom    7 type  2   force =     0.00000337    0.00000000<br>>> > -0.00000058<br>>> >      atom    8 type  2   force =    -0.00000406    0.00000000<br>>> >  0.00000068<br>>> ><br>>> ><br>>> >      Total force =     0.000018     Total SCF correction =<br>>> > 0.000002<br>>> >      SCF correction compared to forces is large: reduce conv_thr to<br>>> > get better values<br>>> ><br>>> ><br>>> >      bfgs converged in  44 scf cycles and  43 bfgs steps<br>>> >      (criteria: energy <  1.0E-04, force <  1.0E-09, cell <<br>>> >  5.0E-01)<br>>> ><br>>> ><br>>> > The last line says the relaxation converges with force <1.0E-9, but<br>>> > I saw the forces acting on each atom are not smaller than 1e-9. Does<br>>> > anyone has experience on relaxing a lattice and know what is<br>>> > happening? Many thanks!!<br>>> ><br>>> ><br>>> > Sincerely,<br>>> > Best wishes,<br>>> > Tianli<br>>> > ------------<br>>> > Tianli Feng<br>>> > Mechanical Engineering, Purdue University<br>>> > ---The truth is not what you see, but what it is.<br>>> ><br>>> ><br>>> > _______________________________________________<br>>> > Pw_forum mailing list<br>>> > <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><mailto:<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a>><br>>> > <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>>><br>>> _______________________________________________<br>>> Pw_forum mailing list<br>>> <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><mailto:<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a>><br>>> <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>><br>> --<br>>  Paolo Giannozzi, Dept. Chemistry&Physics&Environment,<br>>  Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>>  Phone +39-0432-558216<tel:%2B39-0432-558216>, fax +39-0432-558222<tel:%2B39-0432-558222><br>><br>> _______________________________________________<br>> Pw_forum mailing list<br>> <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><mailto:<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a>><br>> <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>><br>> -------------- next part --------------<br>> An HTML attachment was scrubbed...<br>> URL: <a href="http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20150413/a104c36d/attachment-0001.html">http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20150413/a104c36d/attachment-0001.html</a><br>><br>> ------------------------------<br>><br>> Message: 4<br>> Date: Tue, 14 Apr 2015 12:38:40 +0300<br>> From: MKondrin <<a href="mailto:mkondrin@hppi.troitsk.ru">mkondrin@hppi.troitsk.ru</a>><br>> Subject: Re: [Pw_forum] QE_Parallel<br>> To: PWSCF Forum <<a href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a>><br>> Message-ID: <<a href="mailto:552CE020.1010406@hppi.troitsk.ru">552CE020.1010406@hppi.troitsk.ru</a>><br>> Content-Type: text/plain; charset=UTF-8; format=flowed<br>><br>> Gul Rahman wrote:<br>>> Dear All,<br>>> As I mentioned in my previous e-mail that my QE is very slow when I<br>>> run it in parallel.<br>>> I have no problem on the same machine if I use some other code, e.g.,<br>>> SIESTA.<br>>> I probably missing something in my compilation of QE. Please, have a<br>>> look into the attached sys.make file that I used to compile QE.<br>>> Also, if some one can share the parallel sys.make file.<br>>> After the compilation, I just use<br>>> mpirun -np 32 --hostfile machines ./mpi_script.sh<br>>>  where mpi_script.sh file just contain the command for pw.x (./pw.x <<br>>> <a href="http://myfile.scf.in">myfile.scf.in</a> <<a href="http://myfile.scf.in">http://myfile.scf.in</a>> >OUT)<br>>> Thanks,<br>>> Gul<br>>><br>>> --<br>> Dear Prof. Gul,<br>><br>> Usually good parallelization requires interaction between mpirun and<br>> quantum espresso programs (pw.x for example). pw.x mostly benefits from<br>> parallelization of fftw algorithm but there is one gotcha (because fftw<br>> is not massively parallel task). Too fine granularity  of this<br>> algorithm requires too much of data transfer between nodes which in case<br>> of the low speed network (like gigabit ethernet) produces too much<br>> overhead. As a rule 4-8 parallel process in this circumstances is a<br>> ceiling. However if you job requires summation over different k-points<br>> you may introduce additional parallelization over k-points (which does<br>> not require too much of data transfer and so network bottleneck is<br>> avoided) which is done by adding command line option like pw.x -npool k<br>> ... (where k is the number of slices in k-grid). As a result the whole<br>> task consist of only 32/4=8 "fftw-parallel" processes (which is what you<br>> usually want). This information is written in the beginning of the<br>> output file.<br>><br>> There are some other tricks to obtain further parallelization which is<br>> discussed in PW help files. But this is the most general.<br>><br>> Best wishes,<br>><br>> M.V.Kondrin (High Pressure Physics Institute RAS)<br>>><br>>><br>>> Dr. Gul Rahman<br>>> Assistant Professor,<br>>> Department of Physics,<br>>> Quaid-i-Azam University,<br>>> Islamabad, Pakistan<br>>><br>>> <a href="http://www.qau.edu.pk/profile.php?id=818020">http://www.qau.edu.pk/profile.php?id=818020</a><br>>> ------------------------------------------------------------------------<br>>><br>>> _______________________________________________<br>>> Pw_forum mailing list<br>>> <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>>> <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>><br>><br>><br>> ------------------------------<br>><br>> _______________________________________________<br>> Pw_forum mailing list<br>> <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>> <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>><br>> End of Pw_forum Digest, Vol 93, Issue 14<br>> ****************************************<br>><br><br>-- <br><div dir="ltr"><div> </div><p style="margin:0in 0in 0pt;line-height:normal"><span style="font-size:12pt"><font color="#0000bf">Dr. Gul Rahman<br>Assistant Professor,<br>Department of Physics,<br>Quaid-i-Azam University,<br>Islamabad, Pakistan</font></span></p><span style="FONT-SIZE:12pt"><font color="#0000bf"><a href="http://www.qau.edu.pk/profile.php?id=818020" target="_blank">http://www.qau.edu.pk/profile.php?id=818020</a></font></span></div><br>