<div dir="ltr">As already pointed out, try first to use the new and latest version of cif2qe.sh<div>As general rule, pay attention to any residual CR/LF from Windows text file, they can scramble the logic of cif2qe.sh</div><div>Carlo</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-02-10 17:10 GMT+01:00 <span dir="ltr"><<a href="mailto:moury@mpi-muelheim.mpg.de" target="_blank">moury@mpi-muelheim.mpg.de</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div><p class="MsoNormal">Dear users,<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">I would like to convert a cif file to a QE file using cif2qe.sh shell, nevertheless I have a problem in the conversion, I have no ATOMIC_POSITIONS in my output file (see below).<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">I am using espresso-5.1.1 with GNU Awk 4.0.1, and bash version 4.3.11<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">I run the code with ./cif2qe.sh (-i or –s or nothing) myfilecif<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><u>Here is my cif:<u></u><u></u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">_symmetry_cell_setting 'Cubic'<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">_symmetry_Int_Tables_nummber 218<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">_symmetry_space_group_name_H-M 'P -43n'<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">_symmetry_space_group_name_Hall 'P -4n 2 3'<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">_cell_length_a 15.2916(3)<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">_cell_length_b 15.2916(3)<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">_cell_length_c 15.2916(3)<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">_cell_angle_alpha 90.00000<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">_cell_angle_beta 90.00000<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">_cell_angle_gamma 90.00000<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">loop_<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">_symmetry_equiv_pos_as_xyz<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">x,y,z<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">x,-y,-z<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">-x,y,-z<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">-x,-y,z<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">y,z,x<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">-y,-z,x<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">y,-z,-x<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">-y,z,-x<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">z,x,y<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">-z,x,-y<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">-z,-x,y<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">z,-x,-y<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">y+1/2,x+1/2,z+1/2<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">-y+1/2,x+1/2,-z+1/2<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">y+1/2,-x+1/2,-z+1/2<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">-y+1/2,-x+1/2,z+1/2<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">z+1/2,y+1/2,x+1/2<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">-z+1/2,-y+1/2,x+1/2<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">-z+1/2,y+1/2,-x+1/2<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">z+1/2,-y+1/2,-x+1/2<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">x+1/2,z+1/2,y+1/2<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">x+1/2,-z+1/2,-y+1/2<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">-x+1/2,-z+1/2,y+1/2<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR">-x+1/2,z+1/2,-y+1/2<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="FR"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal">loop_<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">_atom_site_type_symbol<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">_atom_site_fract_x<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">_atom_site_fract_y<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">_atom_site_fract_z<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">Cs 0.3416 0.1369 0.0732 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">Cs 0.83263 0.16737 0.16737 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">Al 0.25000 0.50000 0.00000 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">H 0.25000 0.50000 0.11116 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">H 0.36116 0.50000 0.00000 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">#END<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><u>I obtain the following output:<u></u><u></u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">! Generated by using cif2qe Version - Date: mar. févr. 10 16:00:47 CET 2015<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">! _symmetry_space_group_name_H-M = <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">! _symmetry_Int_Tables_number = <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">! _symmetry_cell_setting = Cubic<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">! a=15.2916 b=15.2916 c=15.2916 alpha=90 beta=90 gamma=90<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">! Found by cif2qe: lattice = cubic Space group = ibrav = 0<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">!<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">!<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">! Symmetry found:<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">&CONTROL<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">title = 'Test2'<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">calculation = 'relax' <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">restart_mode = 'from_scratch' <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">outdir = './1' <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">pseudo_dir = '../PP/atompaw' <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">prefix = 'Test2' <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">disk_io = 'none' <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">verbosity = 'default' <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">etot_conv_thr = 0.0001 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">forc_conv_thr = 0.001 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">nstep = 400 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">tstress = .true. <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">tprnfor = .true. <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">/ <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">&SYSTEM <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">ibrav = 0 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">nat = 0 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">ntyp = 0 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">ecutwfc = 50 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">ecutrho = 400 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">london = .true. <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">london_s6 = 0.75<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">/ <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">&ELECTRONS <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">electron_maxstep = 200 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">conv_thr = 1.0D-7 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">diago_thr_init = 1e-4 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">startingpot = 'atomic' <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">startingwfc = 'atomic' <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">mixing_mode = 'plain' <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">mixing_beta = 0.5 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">mixing_ndim = 8 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">diagonalization = 'david'<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">/<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">&IONS <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">ion_dynamics = 'bfgs'<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">/<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">ATOMIC_SPECIES<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">ATOMIC_POSITIONS crystal<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">K_POINTS automatic<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">1 1 1 0 0 0<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">CELL_PARAMETERS <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">28.896936006399102 0.000000000000000 0.000000000000000 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"> 0.000000000000002 28.896936006399102 0.000000000000000 <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"> 0.000000000000002 0.000000000000000 28.896936006399102<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">Any idea ???<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">I have exactly the same problem with other files.<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">Thank you very much for your help.<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">Sincerely,<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">Romain<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Book Antiqua","serif""><hr size="1" width="20%" align="left"></span></div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"">Dr. Romain Moury<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"">Research Group of Prof. Dr. Ferdi Schüth<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="DE" style="font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"">Department of Heterogeneous Catalysis<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="DE" style="font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"">Max-Planck-Institut für Kohlenforschung<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="DE" style="font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"">Kaiser-Wilhelm-Platz 1<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="DE" style="font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"">D-45470 Mülheim an der Ruhr <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="DE" style="font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"">phone: <a href="tel:%2B49%280%29208%2F306-2369" value="+492083062369" target="_blank">+49(0)208/306-2369</a><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"">eMail: <a href="mailto:moury@mpi-muelheim.mpg.de" target="_blank">moury@mpi-muelheim.mpg.de</a><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div><br>_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><pre>------------------------------------------------------------
Prof. Carlo Nervi <a href="mailto:carlo.nervi@unito.it" target="_blank">carlo.nervi@unito.it</a> <a>Tel:+39</a> 0116707507/8
Fax: +39 0116707855 - Dipartimento di Chimica, via
P. Giuria 7, 10125 Torino, Italy. <a href="http://lem.ch.unito.it/" target="_blank">http://lem.ch.unito.it/</a><br></pre></div></div>
</div>