<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">There is another easier solution but I have never tested. The default startingwfc is "atomic + random", instead one could try to use "random". </div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">===================<br>Dr. Xiaochuan Ge (Giovanni)<div>Center for Functional Nanomaterials<br><div>Brookhaven national laboratory </div><div>===================</div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 3 February 2015 at 08:49, Pu ZHANG <span dir="ltr"><<a href="mailto:puzhang0702@gmail.com" target="_blank">puzhang0702@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><p dir="ltr">Dear all, </p>
<p dir="ltr">I'm just curious about Xiaochuan's solution. It would be Interesting and useful to be able to specify the initial configuration in such a flexible way. As I understand from experience in other codes, it's trivial to set up the occupation for the whole system, however rather than for separate parts. </p>
<p dir="ltr">Is there a way to make this setting?</p>
<div class="gmail_quote">2015 年 2 月 3 日 下午 9:38于 "xiaochuan Ge" <<a href="mailto:ustc.scgyer@gmail.com" target="_blank">ustc.scgyer@gmail.com</a>>写道：<div><div class="h5"><br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">Dear Sergi Vela, </div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">I have encountered similar problems before. To solve your trouble I think the main question is: what is the converged electronic configuration you are expecting? </div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">I notice that your system is made by a gold slab plus a C2S3N3 molecule. The latter being isolated contains odd number of electrons. I believe if you run the ground-state calculation for only the C2S3N3 molecule without special care you will end up with similar problems with convergence. Using smearing does not solve your problem is probably because the band gap of C2S3N3 is too large for the smearing parameter you used to make a difference. </div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">The trick is, if somehow C2S3N3 can take one electron from the slab, then an even electron configuration can be achieved for the molecule, and most probably you will achieve the convergence. However, the initial electron configuration is generated based on the overlap of atomic orbitals. Since the molecule is pretty far away from the metal slab, a large barrier may hinder the electron from metal to transfer to the molecule. Therefore during the SCF iteration the system can not find its energy minimum.</div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">I have some suggestions that you may want to try. First, you may want to put the molecule closer to the slab, so the barrier between the initial electronic configuration and the reasonable final configuration is low enough for SCF to overcome. Second, you could try to set the initial configuration by hand, say let the system start with ( C2S3N3 - ) + ( Slab + ), I believe this is possible in QE. Third, maybe you can add a little magnetic filed to breakdown the degeneracy of spin up and down.    </div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">Hope this can solve your problem!</div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div><div dir="ltr">===================<br>Dr. Xiaochuan Ge (Giovanni)<div>Center for Functional Nanomaterials<br><div>Brookhaven national laboratory </div><div>===================</div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 3 February 2015 at 08:02, Sergi Vela <span dir="ltr"><<a href="mailto:sergi.vela@gmail.com" target="_blank">sergi.vela@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Guido and Giuseppe,<div><br></div><div>Thank you both for your replies. </div><div><br></div><div>The structure should be ok, it represents an organic molecule between 2 gold electrodes. You should get something like the image I attach (do you?). It is a rather standard scheme, as you may also see in: </div><div><br></div><div><a href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja2090096" target="_blank">http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja2090096</a></div><div><br></div><div>although my structure is simplified for testing.</div><div><br></div><div>I don't know whether ibrav=0 is strictly necessary but, anyway, it should not affect the outcome of the calculation, right? </div><div><br></div><div>I have tested other k-point meshes without improvement. Anyway, I'll try denser meshes together with Giuseppe's suggestions and let you know the outcome.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Sergi</div></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-02-03 13:56 GMT+01:00 Giuseppe Mattioli <span dir="ltr"><<a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it" target="_blank">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
Dear Sergi<br>
It seems that you bounce between more than one electronic configuration at every scf step. This is far from uncommon in the case of molecular open<br>
shell systems. :-(<br>
I can add one or two things to Guido's good advice.<br>
<span><br>
> I've tried several tricks to try to improve electronic structure's<br>
> convergence. Changing the 'mixing_beta', the 'type of mixing', removing the<br>
> smearing,<br>
<br>
</span>Use always the more robust gaussian smearing (at least 0.01 Ry, but also more if you struggle for convergence) for geometry optimizations. If it does<br>
not converge, then m-p and m-v will also fail 99.9% . You can use other schemes after you tamed the system. Reduce also the mixing_beta down to 0.05<br>
or 0.02 (with davidson).<br>
<br>
Maybe your starting configuration is horribly unlucky. Try (carefully) to use something like<br>
<br>
    conv_thr=1.0d-5~1.0d-6<br>
    electron_maxstep=50~100<br>
    scf_must_converge=.false.<br>
<br>
and see if your convergence problem improves after few bfgs steps without showing unphysical behavior.<br>
<br>
If your SOMO is higher than the Ag Fermi energy, then there is probably no way to have an integer value for the magnetization of the system because of<br>
the molecule-to-surface charge transfer. You may try not to bias the tot_magnetization variable.<br>
<br>
Finally, ecutwfc=25.0 seems a bit too low. It could be a source of instability. I would use something around 35/280 Ry for ecutwfc and ecutrho.<br>
<br>
HTH<br>
Giuseppe<br>
<div><div><br>
<br>
On Tuesday, February 03, 2015 10:57:23 AM Sergi Vela wrote:<br>
> Hi all,<br>
><br>
> I'm having a lot of troubles in modeling the adsorption of molecules on<br>
> surfaces. I've quite a lot of experience with QE when working with crystals<br>
> made of open-shell molecules but I'm not familiar with the description of<br>
> metal surfaces.<br>
><br>
> First of all, I'm using Qespresso v.5.1.1<br>
><br>
> I succeed in simulating 4 layers of a 111 Gold surface with Quantum<br>
> Espresso (QE). However, using the same surface and unit cell, when I<br>
> include a magnetic (open-shell) molecule on top of that surface, even if<br>
> its far away from it, I cannot reach convergence. I'm 99% sure that the<br>
> input is fine in terms of the unit cell definition (see input file<br>
> attached) and the problem is just the convergence of the electronic<br>
> structure.<br>
><br>
> I believe the problem is the fact that the system is highly inhomogeneous<br>
> as it has a metal surface and an open-shell molecule. I take as an example<br>
> the smearing, since, although it is mandatory when modeling the metal<br>
> alone, it seems to hinder the description of an open-shell molecule.<br>
> Originally, I used methfessel-paxton smearing with a 'degauss' of 0.2 eV.<br>
> The convergence seems to be even worse as the value is increased, and<br>
> changing the type of smearing doesn't help neither.<br>
><br>
> I've tried several tricks to try to improve electronic structure's<br>
> convergence. Changing the 'mixing_beta', the 'type of mixing', removing the<br>
> smearing, switching to 'cg' algorith, increasing number K points ... all of<br>
> them with identical output (take Summary.out as an example of the typical<br>
> evolution of the SCF energy, you'll see that is awful).<br>
><br>
> Anyone has experience on modeling such king of systems?<br>
><br>
> Any help is appreciated, thanks in advance<br>
><br>
> Dr. Sergi Vela,<br>
> University of Strasbourg, France.<br>
<br>
</div></div>********************************************************<br>
- Article premier - Les hommes naissent et demeurent<br>
libres et ègaux en droits. Les distinctions sociales<br>
ne peuvent être fondèes que sur l'utilitè commune<br>
- Article 2 - Le but de toute association politique<br>
est la conservation des droits naturels et<br>
imprescriptibles de l'homme. Ces droits sont la libertè,<br>
la propriètè, la sùretè et la rèsistance à l'oppression.<br>
********************************************************<br>
<span><font color="#888888"><br>
   Giuseppe Mattioli<br>
   CNR - ISTITUTO DI STRUTTURA DELLA MATERIA<br>
   v. Salaria Km 29,300 - C.P. 10<br>
   I 00015 - Monterotondo Stazione (RM)<br>
   Tel <a href="tel:%2B%2039%2006%2090672836" value="+390690672836" target="_blank">+ 39 06 90672836</a> - Fax <a href="tel:%2B39%2006%2090672316" value="+390690672316" target="_blank">+39 06 90672316</a><br>
   E-mail: <<a href="mailto:giuseppe.mattioli@ism.cnr.it" target="_blank">giuseppe.mattioli@ism.cnr.it</a>><br>
   <a href="http://www.ism.cnr.it/english/staff/mattiolig" target="_blank">http://www.ism.cnr.it/english/staff/mattiolig</a><br>
   ResearcherID: F-<a href="tel:6308-2012" value="+4563082012" target="_blank">6308-2012</a><br>
</font></span><div><div><br>
_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org" target="_blank">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org" target="_blank">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br></blockquote></div><br></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org" target="_blank">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br></blockquote></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br></blockquote></div><br></div>