An approximation I tried with VASP is that you suppose the atomic orbital basis 
forming a complete basis so that you can calculate AO PDOS of both molecule and 
the surface with the same setting and then using AO as the bridge to calculate 
the MO PDOS. I tested it with two systems and it seemed work well if one just 
want the general shape. But I cannot garentee its vadility.  And so far as I 
konw, PWSCF has no option to output the complex coeficiences so you need to 
modify the projwfc.x if you decided to do it this way. Otherwise, you can try 
SIESTA or write your own code.<br><br>Good luck.<br><br><div><sign signid="99"><div style="color:#909090;font-family:Arial Narrow;font-size:12px"><br><br><br><br>------------------</div><div style="font-size:14px;font-family:Verdana;color:#000;"><div><div class="logo" style="width:305px;height:35px;line-height:35px;margin:20px 0 0 0;"><img src="https://exmail.qq.com/cgi-bin/viewfile?type=logo&domain=sustc.edu.cn"></div><div class="c_detail" style="margin:10px 0 0 0;"><h4 class="name" style="margin:0;font-size:14px;font-weight:bold;line-height:28px;zoom:1;">庞瑞(PANG Rui)</h4><p class="position" style="margin:0;line-height:22px;color:#a0a0a0;"></p><p class="department" style="margin:0;line-height:22px;color:#a0a0a0;">南方科技大学/物理系</p><p class="phone" style="margin:0;line-height:22px;color:#a0a0a0;"></p><p class="addr" style="margin:0;line-height:22px;color:#a0a0a0;">深圳市南山区西丽学苑大道1088号</p></div></div></div></sign></div><div><qzone></qzone></div><div> </div><div><includetail><div> </div><div> </div><div style="font:Verdana normal 14px;color:#000;"><div style="FONT-SIZE: 12px;FONT-FAMILY: Arial Narrow;padding:2px 0 2px 0;">------------------ Original ------------------</div><div style="FONT-SIZE: 12px;background:#efefef;padding:8px;"><div id="menu_sender"><b>From: </b> "Jun Yin"<jun.yin.nj@gmail.com>;</div><div><b>Date: </b> Thu, Jan 15, 2015 08:27 PM</div><div><b>To: </b> "pw_forum"<pw_forum@pwscf.org>; <wbr></div><div></div><div><b>Subject: </b> [Pw_forum] Projected density of state onto isolated molecularorbital</div></div><div> </div><div dir="ltr"><div><pre style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Dear all,</font></pre></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">For combined system, for example, single molecular is absorbed on semiconductor surface, I know we can get </font>projected atomic wavefunctions using projwfc.x, but<span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"> how to get the projected density of state onto the single molecular orbital (</span><font face="arial, helvetica, sans-serif">∑|<ϕjk|ψik>|2δ(E-Eik)</font><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">)?</span></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><font face="arial, helvetica, sans-serif">-- <br></font><div class="gmail_signature"><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Jun Yin</font></div><div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Nanyang Technological University</font></div></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Physics and Applied Physics</font></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(254,254,254)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">SPMS-03-25, 21 Nanyang Link</font></span><br></div></div>
</div>

</div><!--<![endif]--></includetail></div>