<div dir="ltr"><div><div>Dear All<br><br></div>I have made a structure similar to propylene using chemcraft. Then I picked the Cartesian coordinates and made an input file for relaxation. But I am not sure How long a Cell vector I should select along z-axis (along the Carbon chain). I want this structure to be periodic along the chain only. I selected 9 and 10 Angstrom of lattice vector along Z-axis and obtained C-C distance 5 and 6 Angstrom (Approx) respectively. It seems with 10 Angstrom a little vacuum is added and C-C bonds are elongated more. if I give small lattice vector (say 7 Ang) then C-C bond shrinks. <b>How to obtain an optimized C-C bond length ? What is proper method of avoiding vacuum and obtaining a perfect periodic relaxed structure. <br></b><br></div><div>Kindly have a look at the input file.<br><br>  &control<br>    calculation='relax'<br>    restart_mode='from_scratch'<br>    pseudo_dir = '/share/QE_pseudo'<br>    outdir='./'<br>    prefix='Graphane'<br>    forc_conv_thr=1.0D-4<br>    nstep=3000<br>/<br> &system<br>    ibrav=  0<br>    nat=  24,  ntyp= 2<br>    ecutwfc =60.0<br>    occupations='smearing'<br>    degauss=0.002<br> /<br> &electrons<br>    scf_must_converge = .false.<br>    mixing_mode='plain'<br> /<br> &ions<br>    ion_dynamics = 'damp'<br>!   ion_temperature='not_controlled'<br> /<br>CELL_PARAMETERS {angstrom}<br>  10.00000000000   0.0000000000000000   0.000<br>  0.0000000000   10.000000   0.000<br>  0.0000000000000000   0.0000000000000000  10.0<br>ATOMIC_SPECIES<br>H  1.0079 H.pw-mt_fhi.UPF<br>C  12.0111 C.pw-mt_fhi.UPF<br>ATOMIC_POSITIONS {angstrom}<br>C        5.367107970   4.716603635   1.053018481<br>C        6.255850131   5.148617707   2.197431688<br>C        5.604070962   5.956723221   3.300642187<br>C        5.221138074   5.110436404   4.489234599<br>C        4.929412403   5.933432549   5.718863005<br>C        4.751718300   5.084706368   6.956077606<br>C        5.325054303   5.689729332   8.206876709<br>C        4.097184203   4.164227727   4.168731293<br>H        6.706474032   4.257638763   2.659887322<br>H        4.344006686   3.515258124   3.319860376<br>H        3.854647824   3.519241858   5.021187742<br>H        3.190910142   4.727029043   3.904250319<br>H        3.696251345   4.818294626   7.110426161<br>H        4.348967601   4.517546557   1.417990955<br>H        5.731392495   3.757052353   0.655098847<br>H        7.101013257   5.709772742   1.774202810<br>H        6.288921269   6.743142271   3.648137411<br>H        4.714167633   6.481058689   2.916034182<br>H        6.110659580   4.502596625   4.738962908<br>H        4.050783951   6.573507244   5.541152210<br>H        5.775952152   6.619568616   5.878615758<br>H        4.786163229   6.607591885   8.486624196<br>H        6.356503452   6.007847752   7.983988564<br>H        5.270145007   4.125317908   6.789870671<br>K_POINTS {automatic}<br>  3 3 1 0 0 0<br></div><div>Many thanks<br></div><div>Naseem </div></div>