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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Dear all,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I tried to use projwfc.x to produce PDOS and lowdin charges. Two of my systems run into different problems while the others seemed okay. Could you please help me figure out what is going on?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoListParagraph" style="text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1"><![if !supportLists]><strong><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";font-weight:normal"><span style="mso-list:Ignore">1.<span style="font:7.0pt "Times New Roman"">
</span></span></span></strong><![endif]>A 73 atom molecule <strong><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";font-weight:normal">Zn(II) Phthalocyanine tetrasulfonic acid in 3D cell. PBE-D calculation with PAW and USPP potential. SCF in m-p smearing using
gamma point. Nscf calculation is in the same parameter (no increase of k point, no tetrahedral occupation). Then projwfc.x output file gives really small numbers for psi^2 (<0.005, mostly 0.000), and Lowdin charge less than 0.005. The corresponding .wfc files
can correctly generate charge distribution for pp.x, and Bader analysis gives reasonable charges on the atoms.</span></strong><strong><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";font-weight:normal"><o:p></o:p></span></strong></p>
<p class="MsoListParagraph" style="text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1"><![if !supportLists]><strong><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";font-weight:normal"><span style="mso-list:Ignore">2.<span style="font:7.0pt "Times New Roman"">
</span></span></span></strong><![endif]><strong><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";font-weight:normal">The molecule above put on top of a graphene sheet. PBE-D calculation with PAW and USPP potential. SCF in m-p smearing using gamma point. Case
1: No nscf calculation, directly calculate PDOS, projwfc.x works. Case 2: tetrahedral occupation with automatic k point (2 2 1 1 1 1), projwfc dies after checking Problem Size, gives: APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Killed (signal 9)</span></strong><strong><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";font-weight:normal"><o:p></o:p></span></strong></p>
<p class="MsoListParagraph"><strong><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";font-weight:normal"><o:p> </o:p></span></strong></p>
<p class="MsoListParagraph">My input/output files are listed below:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">System1, scf//nscf:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&CONTROL<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> calculation = 'scf' , // calculation = 'nscf' ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> prefix = 'Zn' ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> nstep = 100 ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> forc_conv_thr= 5.0D-3,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> pseudo_dir = '/share/apps/espresso/pseudo/',<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&SYSTEM<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ibrav = 8,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> celldm(1) = 65.1924,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> celldm(2) = 0.989743318610787,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> celldm(3) = 0.76996,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> nat = 73,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ntyp = 6,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ecutwfc = 47.0D0 ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> input_dft = pbe ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> occupations = 'smearing' ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> degauss = 0.02 ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> smearing = 'methfessel-paxton' ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> london= .true.,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> london_s6= 0.75,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> london_rcut= 200,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&ELECTRONS<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> electron_maxstep = 200,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> scf_must_converge = .true. ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> conv_thr = 1.D-6 ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> adaptive_thr = .false. ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ATOMIC_SPECIES<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> C 12.00000 C.pbe-n-kjpaw_psl.0.1.UPF<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> H 1.00000 H.pbe-kjpaw.UPF<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> O 16.00000 O.pbe-n-kjpaw_psl.0.1.UPF<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> N 14.00000 N.pbe-n-kjpaw_psl.0.1.UPF<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> S 32.00000 S.pbe-n-kjpaw_psl.0.1.UPF<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">Zn 65.39000 Zn.pbe-van.UPF<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">…<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">System1, PDOS:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&projwfc<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> outdir='./'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> prefix= 'Zn'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> io_choice='both' <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> Emin=-40.0, Emax=0.0, DeltaE=0.2 <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">/<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">OUTPUT of PDOS:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">…<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> state # 245: atom 73 (O ), wfc 2 (l=1 m= 2)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> state # 246: atom 73 (O ), wfc 2 (l=1 m= 3)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">k = 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> e = -29.07327 eV<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> psi =<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> |psi|^2 = 0.009<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> e = -29.07218 eV<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> psi =<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> |psi|^2 = 0.005<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> e = -29.06742 eV<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> psi =<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> |psi|^2 = 0.004<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> e = -29.06691 eV<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> psi =<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">|psi|^2 = 0.005<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">…<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> |psi|^2 = 0.000<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> e = -0.21485 eV<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> psi =<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> |psi|^2 = 0.000<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> e = -0.17288 eV<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> psi =<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> |psi|^2 = 0.000<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">Lowdin Charges:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> Atom # 1: total charge = 0.0050, s = 0.0004, p = 0.0000, d = 0.0046,
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> Atom # 2: total charge = 0.0011, s = 0.0003, p = 0.0008, d = 0.0000,
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> Atom # 3: total charge = 0.0011, s = 0.0003, p = 0.0008, d = 0.0000,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">…<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">System 2, scf:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">&CONTROL<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> calculation = 'scf' ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> prefix = 'Abs' ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> nstep = 100 ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> forc_conv_thr= 5.0D-3,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> pseudo_dir = '/share/apps/espresso/pseudo/',<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">/<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">&SYSTEM<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> ibrav = 8,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> celldm(1) = 65.1924,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> celldm(2) = 0.989743318610787,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> celldm(3) = 0.76996,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> nat = 521,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> ntyp = 6,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> ecutwfc = 47.0D0 ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> input_dft = pbe ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> occupations = 'smearing' ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> degauss = 0.02 ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> smearing = 'methfessel-paxton' ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> london= .true.,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> london_s6= 0.75,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> london_rcut= 200,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">/<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">&ELECTRONS<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> electron_maxstep = 200,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> scf_must_converge = .true. ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> conv_thr = 1.D-6 ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> adaptive_thr = .false. ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">/<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">…<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">System2, nscf:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">Change to : occupations = 'tetrahedra' ,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">K_POINTS automatic<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">2 2 1 1 1 1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">System2, pdos<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">&projwfc<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> outdir='./'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> prefix='Abs'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> io_choice='both' <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> Emin=-4.3784 Emax=-1.3784, DeltaE=0.02<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> ngauss=1, degauss=0.02<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">/<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">System2, pdos output file<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> Problem Sizes <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> natomwfc = 2038<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> nbnd = 1250<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> nkstot = 1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> npwx = 143602<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> nkb = 4082<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Killed (signal 9)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:9.0pt">Thank you very much,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">-----------------------------------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Run Li<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Ph.D. candicate for Chemistry<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Dr. Mark R. Hoffmann research group<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">University of North Dakota<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cell: (612)-865-9844<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Email: run.li@my.und.edu<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</body>
</html>