Thanks Axel for your suggestions!<br><br>best,<br><br>Xing<br><br><br>> -----原始邮件-----<br>> 发件人: "Axel Kohlmeyer" <akohlmey@gmail.com><br>> 发送时间: 2014年8月30日 星期六<br>> 收件人: "PWSCF Forum" <pw_forum@pwscf.org><br>> 抄送: <br>> 主题: Re: [Pw_forum] running PWSCF on IB-based cluster<br>> <br>> On Sat, Aug 30, 2014 at 4:44 AM, 高星 <xinggao@impcas.ac.cn> wrote:<br>> > Dear Paolo,<br>> ><br>> > Thanks a lot for your quick response! We are using intel compiler and<br>> > openmpi. Actually, someone else configured our cluster, and I had to use<br>> > mpirun with option "bind-to-core" to run a job over more than one nodes. If<br>> <br>> i seriously doubt that. rather you should discuss this with the person<br>> that configured the cluster and get an answer that is consistent with<br>> the existing configuration.<br>> <br>> > I do not use "--bind-to-core" option, the job will be submitted to only one<br>> > node with np processors. There was no problem to run other program with<br>> > "--bind-to-core" option except QE, for which I got "processor affinity<br>> > failure". That's why I posted my question on pw_forum. Thanks again for your<br>> <br>> this explanation doesn't make sense. the bind-to-core option does<br>> nothing like that. and it has definitely nothing to do with QE<br>> it sounds more like you do not provide a suitable hostfile. please<br>> spend some time going over the OpenMPI documentation, compile a simple<br>> MPI test program and experiment with that how to run properly on your<br>> cluster. if you have further problems, you should post to the OpenMPI<br>> mailing list, or bug your provider again.<br>> <br>> axel.<br>> <br>> > reply!<br>> ><br>> > Best,<br>> ><br>> > Xing<br>> ><br>> ><br>> >> -----原始邮件-----<br>> >> 发件人: "Paolo Giannozzi" <paolo.giannozzi@uniud.it><br>> >> 发送时间: 2014年8月29日 星期五<br>> >> 收件人: "PWSCF Forum" <pw_forum@pwscf.org><br>> >> 抄送:<br>> >> 主题: Re: [Pw_forum] running PWSCF on IB-based cluster<br>> ><br>> >><br>> >> QE knows nothing about which processor is on which node.<br>> >> It must be related to the MPI libraries ("openmpi" and<br>> >> "intel mpi" are different, by the way, and one should<br>> >> be careful not to mix up the two) and to how MPI is<br>> >> started on your machine<br>> >><br>> >> P.<br>> >><br>> >> On Fri, 2014-08-29 at 17:53 +0800, 高星 wrote:<br>> >> ><br>> >> > Dear QE community,<br>> >> ><br>> >> > We have an infini-band based cluster with 8 computing nodes and each<br>> >> > nodes contains 16 cores. I compiled QE package on this cluster<br>> >> > successfully with compiler mpif90 (openmpi intel compiler) and there<br>> >> > was no problem to run  pw.x on one node with 16 processors. However,<br>> >> > when I tried to use two nodes (that is, -np 32), I met "processor<br>> >> > affinity failure". It says, "an attempt to set processor affinity has<br>> >> > failed - please check to ensure that your system supports such<br>> >> > functionality. If so, then this is probably something that should be<br>> >> > reported to the OMPI developers". Actually, there is no such problem<br>> >> > when I run other program. I am wondering if someone else met the<br>> >> > similar question before? And please give me any hint which may help me<br>> >> > on this problem! Thanks in advance!<br>> >> ><br>> >> > Best,<br>> >> ><br>> >> > Xing<br>> >> ><br>> >> ><br>> >> ><br>> >> ><br>> >> ><br>> >> ><br>> >> > _______________________________________________<br>> >> > Pw_forum mailing list<br>> >> > Pw_forum@pwscf.org<br>> >> > http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum<br>> >><br>> >> --<br>> >>  Paolo Giannozzi, Dept. Chemistry&Physics&Environment,<br>> >>  Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>> >>  Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br>> >><br>> >> _______________________________________________<br>> >> Pw_forum mailing list<br>> >> Pw_forum@pwscf.org<br>> >> http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum<br>> ><br>> ><br>> ><br>> ><br>> ><br>> ><br>> ><br>> > _______________________________________________<br>> > Pw_forum mailing list<br>> > Pw_forum@pwscf.org<br>> > http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum<br>> <br>> <br>> <br>> -- <br>> Dr. Axel Kohlmeyer  akohlmey@gmail.com  http://goo.gl/1wk0<br>> College of Science & Technology, Temple University, Philadelphia PA, USA<br>> International Centre for Theoretical Physics, Trieste. Italy.<br>> <br>> _______________________________________________<br>> Pw_forum mailing list<br>> Pw_forum@pwscf.org<br>> http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum<br><br><br><span></span><br><br><br><br>