<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=windows-1252"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    Thanks for your fast response. Even though I am not using matdyn.x,

    which is well documented, but dynmat.x, which lacks this info about

    eigenvectors vs. eigendisplacement, your answer revealed my mistake.

    I had already tried to multiply the vectors with the masses, as I

    suspected they might be eigendisplacements, but it still didn't give

    me orthogonal eigenvectors. Simply because I forgot to take the

    square root of the masses first. That fixed it.<br>

    <br>

    Nevertheless it would be nice if the documentation could be a little

    clearer for dynmat.x, to specify that it prints non-orthogonal

    phonon displacements, like matdyn.x for flvec (in contrast to

    fleig). Currently it just states that it diagonalizes the dynamical

    matrix (which I assume results in orthogonal mode vectors), and

    prints out frequencies and modes to filout (dynmat.out).<br>

    <br>

    Thanks again, Sridhar!<br>

    Flo<br>

    <br>

    <div class="moz-cite-prefix">On Wed, Aug 27, 2014 at 7:27 PM,

      Sridhar Sadasivam <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:sridhu88@gmail.com"><sridhu88@gmail.com></a> wrote: <br>

    </div>

    <blockquote cite="mid:53FEDF31.5040801@berkeley.edu" type="cite">

      <meta content="text/html; charset=windows-1252"

        http-equiv="Content-Type">

      <pre>If you are talking about the vectors printed in the matdyn.modes file, then

yes they are not orthogonal as those are actually eigendisplacements and

not the eigenvectors of the dynamical matrix. But if you multiply the

eigendisplacements of each atom by the square root of the corresponding

atomic mass, then the resulting eigenvectors will be orthogonal.

Hope that helps.

Sridhar

On Wed, Aug 27, 2014 at 8:53 PM, Florian Altvater <<a moz-do-not-send="true" href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum">altvater at berkeley.edu</a>>

wrote:

><i> Hi,

</i>><i> I calculated the phonons for an isolated naphthalene molecule as well as

</i>><i> naphthalene crystal at q = (0,0,0). After diagonalizing the dynamical

</i>><i> matrix with dynmat.x and enforcing the appropriate acoustic sum rule -

</i>><i> "zero-dim" and "crystal" respectively - I get 6 and 3 acoustic modes

> with frequencies of 0 cm^-1. So far so good.

</i>><i>

</i>><i> If I use the displacements printed to dynmat.out (filout) and calculate

</i>><i> the various scalar products of the modes, i.e. c_ij = m_i . m_j, I find

</i>><i> that they are normalized but not orthogonal (c_ij != 0 for some i != j).

</i>><i> Some of the overlaps c_ij are as high as 0.75, so it is not just

</i>><i> numerical noise. By trying to find more information in the source files,

</i>><i> I discovered that matdyn.x prints two files, flvec and fleig, where

</i>><i> flvec prints non-orthogonal normalized vectors. So I thought that this

</i>><i> could be the issue, as it is not clearly stated if dynmat prints

</i>><i> eigenvectors or normalized modes like flvec. However, multiplying with

> the masses didn't help either.

</i>><i>

</i>><i> Is dynmat.x not printing eigenvectors? If it is/should, what could be

> the problem here? How would I debug the problem?

</i>><i>

> Thanks so much for you help!

</i>><i> Flo

</i>><i> _______________________________________________

</i>><i> Pw_forum mailing list

</i>><i> <a moz-do-not-send="true" href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum">Pw_forum at pwscf.org</a>

</i>><i> <a moz-do-not-send="true" href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a>

</i>></pre>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>