<div style='font-family:Arial; color:#000000; font-size:10px;'><font size="2">Hello,<br><br>It does NOT matter whether you refold or not the coordinates since you have to calculate the smallest distance between atoms (</font><font size="2"><font size="2">eventually using periodic images) </font> to get MSD.<br><br>Pascal<br></font><br><div>Prateek Mehta <prateekmehta.in@gmail.com> wrote:<blockquote type="cite" cite="<CADuy5nrduiWARubXNUWgzH+DqW132PGoCqaupJ9w8d6DWWvKpA@mail.gmail.com>"><div dir="ltr"><div>Hi all,<br><br>I am using pwscf to perform MD.<br><br>I was wondering if the atomic positions in the output file are the unfolded coordinates or are they refolded back into the periodic cell. I see there is a flag <a name="id3121444"></a>"refold_pos" which is specified as false in a default MD run. I ask because I want to calculate the mean square displacements.<br>
<br></div>Prateek<br><div><br><br></div></div>
<pre style="font-size:13px;">_______________________________________________<br>Pw_forum mailing list<br><a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br><a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a></pre></blockquote></div><br><br><div style="font-family:Arial; color:#000000; font-size:10px;"><font size="2"><font size="1"></font><br>>-----------------<br>Pascal Boulet<br>Aix-Marseille University <br>MADIREL Laboratory<br>Avenue Normandie-Niemen
<br>13397 Marseille Cedex 20
<br>Email: pascal.boulet@univ-amu.fr
<br>Tel. +33 413 55 18 10
<br>Fax  +33 413 55 18 50</font><br><br></div></div>