<div dir="ltr"><font color="#000000"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Dear Dr. Sclauzero</span><br></font><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font color="#000000"><br></font></span></div>
<div style><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font color="#000000">I appreciate your reply. It is so helpful.</font></span></div><div style><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font color="#000000"><br>
</font></span></div><div style><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font color="#000000">Best Regards</font></span></div><div style><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font color="#000000">Khadije</font></span></div>
<div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 14, 2014 at 6:11 PM, Sclauzero  Gabriele <span dir="ltr"><<a href="mailto:gabriele.sclauzero@mat.ethz.ch" target="_blank">gabriele.sclauzero@mat.ethz.ch</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class=""><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
Dear Dr. Sclauzero<br>
<br>
Thanks a lot for your help and suggestion. I studied mentioned examples and changed my input files. I separated electrodes in another file with prefix='au', molecule with prefix='adn' and pwcond.x with prefixl='au', prefixs='adn'<br>

<br>
</div>So fast! Please have a look at Alexander's notes too:<br>
<a href="http://iramis.cea.fr/Pisp/alexander.smogunov/PWCOND/lectures.pdf" target="_blank">http://iramis.cea.fr/Pisp/alexander.smogunov/PWCOND/lectures.pdf</a><br>
<br>
<br>
and prefixs='au'.<br>
<br>
Did you mean prefixr='au'?<br>
Anyway, if you use ikind=1 (identical leads) you just need prefixl and prefixs.<br>
<br>
Now you need to check che complex band structure of your lead (with ikind=0 for prefixl='au').<br>
Then compare it to the one of the left part of the scattering cell (which must incorporata an "extension" of the lead leads on both sides) by using prefixt and bdl (again with ikind=0).<br>
<div class=""><br>
<br>
<br>
Could you tell if I am in right way, please?<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</div>Dr. Gabriele Sclauzero<br>
Materials Theory - ETHZ<br>
ETH Zurich, HIT G 43.2<br>
<div class="">Wolfgang-Pauli-Str. 27<br>
8093 Zürich, Switzerland<br>
<br>
Phone +41 44 633 94 10<br>
Fax +41 44 633 14 59<br>
</div><a href="mailto:gabriele.sclauzero@mat.ethz.ch">gabriele.sclauzero@mat.ethz.ch</a><mailto:<a href="mailto:gabriele.sclauzero@mat.ethz.ch">gabriele.sclauzero@mat.ethz.ch</a>><br>
<a href="http://www.theory.mat.ethz.ch" target="_blank">www.theory.mat.ethz.ch</a><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div>Khadije Khalili</div><div>Ph.D Student of Solid-State Physics</div><div>Department of Physics</div><div>University of Mazandaran</div>
<div>Babolsar, Iran</div><div><a href="mailto:kh.khalili@stu.umz.ac.ir" target="_blank">kh.khalili@stu.umz.ac.ir</a></div><div> </div></div>
</div></div>