<div dir="ltr">Dear Filipe,<div><br></div><div>Thanks. I do have mpi installed. But I still cannot use Matlab to call pw.x directly. Instead I use Matlab to submit the job file. It works now. But the thing is that I need to make Matlab wait till the job finish. </div>
<div><br></div><div>Best,</div><div>Lijuan He</div><div>PhD student in Georgia Tech</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2014-03-07 18:16 GMT-05:00 Filipe Camargo Dalmatti Alves Lima <span dir="ltr"><<a href="mailto:flima@if.usp.br" target="_blank">flima@if.usp.br</a>></span>:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Do you have mpi installed in machine?<div><br></div><div>type it in terminal:</div><div><div><br></div><div>
locate mpirun </div><div><br></div><div>it should give you something like:</div><div><div><br></div>

<div>/usr/local/openmpi/bin/mpirun</div><div>/usr/local/openmpi/share/man/man1/mpirun.1</div></div><div><br></div><div>Regardless your linux provides a mpirun by default, I suggest you to install it by yourself:</div><div>


<br></div><div><a href="http://www.open-mpi.org/" target="_blank">http://www.open-mpi.org/</a><br></div><div><br></div><div>You'll have more control over the settings.</div><div><br></div><div>I.M.H.O.: you should use the matlab to write files you need, then run the job in terminal.</div>


<div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Fri, Mar 7, 2014 at 1:30 PM, Lijuan He <span dir="ltr"><<a href="mailto:helijuan130@gmail.com" target="_blank">helijuan130@gmail.com</a>></span> wrote:<br>


</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr">Dear everyone,<div><br></div><div>I am trying to use Matlab to call pw.x but it does not work. My command line is </div>


<div>system('~/espresso/bin/pw.x< ~/debug/H2+H.in >H2+H.out'). I know it probably because I need to first run mpi then call pw.x. But I cannot find the mpi. Anyone knows how to do this. Thanks very much. </div>



<div><br></div><div>Best,</div><div>Lijuan He</div><div>Ph.D student in Georgia Tech</div></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org" target="_blank">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></blockquote></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">_________________________________________<br>

Filipe Camargo Dalmatti Alves Lima<br>PhD Student<br>University of São Paulo, Physics Institute, Materials Physics Department, Nanomol Group, Brazil.<br>Phones:    (11) 3091-6881  (USP)<br>                (11) 97408-2755 (Vivo)<br>


</div>
</font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br></blockquote></div><br></div>