<div dir="ltr">Dear Professor Giannozzi,<div><br></div><div>I tried to decrease the value of npool and mixing_nidm, there are still some errors like</div><div><div>02/28/2014 21:29:09|  main||W|job 233902 exceeds job hard limit "h_vmem" of queue  (6573314048.00000 > limit:6442450944.00000) - sending SIGKILL</div>
</div><div><br></div><div>And the system is not that large(32 atoms, 400 nband, 8*8*8 kpoints) which is run in 128 cores.  I think you are probably right that QE is trying to allocate a large array somehow.</div></div><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Feb 28, 2014 at 10:35 AM, Paolo Giannozzi <span dir="ltr"><<a href="mailto:paolo.giannozzi@uniud.it" target="_blank">paolo.giannozzi@uniud.it</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class="">On Fri, 2014-02-28 at 09:12 -0600, Peng Chen wrote:<br>
<br>
> I think it is memory, because the error message is like:<br>
> : 02/27/2014 14:06:20|  main|zeta27|W|job 221982 exceeds job hard<br>
> limit "h_vmem" of queue (2871259136.00000 > limit:2147483648.00000) -<br>
> sending SIGKILL<br>
<br>
</div>there are a few hints on how to reduce memory usage to the strict<br>
minimum here:<br>
<a href="http://www.quantum-espresso.org/wp-content/uploads/Doc/pw_user_guide/node19.html#SECTION000600100000000000000" target="_blank">http://www.quantum-espresso.org/wp-content/uploads/Doc/pw_user_guide/node19.html#SECTION000600100000000000000</a><br>

If the FFT grid is large, reduce mixing_ndim from its default value (8)<br>
to 4 or so. If the number of bands is large, distribute nbnd*nbnd<br>
matrices using "-ndiag". If you have many k-points, save to disk with<br>
disk_io='medium'. The message you get: "2871259136 > limit:<a href="tel:2147483648" value="+12147483648">2147483648</a>"<br>
makes me think that you crash when trying to allocate an array whose<br>
size is at least 2871259136-2147483648=a lot. It shouldn' be difficult<br>
to figure out where such a large array comes from<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Paolo<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
><br>
> I normally used h_stak=128M, it is working fine.<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> On Fri, Feb 28, 2014 at 7:30 AM, Paolo Giannozzi<br>
> <<a href="mailto:paolo.giannozzi@uniud.it">paolo.giannozzi@uniud.it</a>> wrote:<br>
>         On Thu, 2014-02-27 at 17:30 -0600, Peng Chen wrote:<br>
>         > P.S. Most of the jobs failed at the beginning of scf<br>
>         calculation, and<br>
>         > the length of output scf file is zero.<br>
><br>
><br>
>         are you sure the problem is the size of the RAM and not the<br>
>         size of<br>
>         the stack?<br>
><br>
>         P.<br>
><br>
><br>
>         ><br>
>         ><br>
>         > On Thu, Feb 27, 2014 at 5:09 PM, Peng Chen<br>
>         <<a href="mailto:pchen229@illinois.edu">pchen229@illinois.edu</a>><br>
>         > wrote:<br>
>         >         Dear QE users,<br>
>         ><br>
>         ><br>
>         >         Recently, our workstation is updated and there is a<br>
>         hard limit<br>
>         >         on memory (2G per core). Some of QE jobs are<br>
>         constantly failed<br>
>         >         (not always) because one of the MPI processes<br>
>         exceeded the RAM<br>
>         >         limit and was killed. I am wondering if there is a<br>
>         way to<br>
>         >         distribute using memory more evenly in every core.<br>
>         ><br>
>         ><br>
><br>
>         > _______________________________________________<br>
>         > Pw_forum mailing list<br>
>         > <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
>         > <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
><br>
><br>
>         --<br>
>          Paolo Giannozzi, Dept. Chemistry&Physics&Environment,<br>
>          Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>
>          Phone <a href="tel:%2B39-0432-558216" value="+390432558216">+39-0432-558216</a>, fax <a href="tel:%2B39-0432-558222" value="+390432558222">+39-0432-558222</a><br>
><br>
>         _______________________________________________<br>
>         Pw_forum mailing list<br>
>         <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
>         <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Pw_forum mailing list<br>
> <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
> <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
<br>
--<br>
 Paolo Giannozzi, Dept. Chemistry&Physics&Environment,<br>
 Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>
 Phone <a href="tel:%2B39-0432-558216" value="+390432558216">+39-0432-558216</a>, fax <a href="tel:%2B39-0432-558222" value="+390432558222">+39-0432-558222</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>