<div dir="ltr"><div><div><div>Dear QE users<br><br></div>I want to do relax calculation of a structure consist of a molecule and two gold electrode. My goal is investigation of electronic properties of it. I can not find same pseudopotential of all types of my atoms. I send you my input data. Could you tell me please I am in right way? (especially about pseudopotential and starting magnetization)  <br>
<br></div>Regards<br><br><br></div><div><div><div><div>&control<br>    calculation = 'relax'<br>    restart_mode='from_scratch',<br>    prefix='adn',<br>    tprnfor = .true.<br>    pseudo_dir = '/home/client3/espresso-5.0.2/pseudo',<br>
    outdir='./'<br>/<br>&system<br>    ibrav= 0, celldm(1)=6.0,<br>    nat= 19, ntyp= 5,<br>    ecutwfc = 25.0,ecutrho = 250.0,<br>    occupations='smearing', smearing='marzari-vanderbilt', degauss=0.05<br>
    lspinorb=.true.<br>    noncolin = .true.<br>    starting_magnetization(1) = 0.5<br>/<br>&electrons<br>    diagonalization='david'<br>    electron_maxstep = 500,<br>    mixing_mode = 'plain'<br>    mixing_beta = 0.3<br>
    conv_thr =  1.0d-8<br>/<br>&ions<br>            ion_dynamics = 'bfgs'<br>/<br>ATOMIC_SPECIES<br>Au  196.96655 Au.rel-pz-rrkjus.UPF<br>C   12.0107   C.pz-rrkjus.UPF<br>H   1.0       H.pz-rrkjus.UPF<br>N   14.0067   N.pz-rrkjus.UPF<br>
S   32.065    S.pz-bhs.UPF<br>ATOMIC_POSITIONS<br>N       -0.001982938   0.230993702  -0.126267444 <br>C        0.011657868  -0.187962841  -0.134183403  <br>N        0.024807542  -0.460051491   0.184774399  <br>C        0.019635857  -0.257930364   0.555689576   <br>
C        0.001942007   0.178632788   0.618355924  <br>C       -0.008551406   0.428133662   0.250766152 <br>N       -0.030338413   0.853452489   0.259663246 <br>N       -0.000772533   0.276954983   1.044644415  <br>C        0.015517737  -0.089029511   1.234177768   <br>
N        0.028859053  -0.425801333   0.956669836   <br>S        0.008586376  -0.244314932  -0.606149130   <br>H       -0.010172099   1.014390028  -0.015215078  <br>H       -0.008987285   1.007498503   0.537942678  <br>S        0.017126043  -0.174740372   1.647908104   <br>
H        0.041235192  -0.735852310   1.032928956   <br>Au       0.008586376  -0.244314932  -1.306149130<br>Au       0.017126043  -0.174740372   2.247908104<br>Au       0.008586376  -0.244314932  -1.906149130<br>Au       0.017126043  -0.174740372   2.847908104<br>
CELL_PARAMETERS cubic<br> 6.0   0.0   0.0<br> 0.0   6.0   0.0<br> 0.0   0.0   6.0<br>K_POINTS {Automatic}<br> 1 1 4 1 1 1<br><br>-- <br><div dir="ltr"><div>Khadije Khalili</div><div>Ph.D Student of Solid-State Physics</div>
<div>Department of Physics</div><div>University of Mazandaran</div><div>Babolsar, Iran</div><div><a href="mailto:kh.khalili@stu.umz.ac.ir" target="_blank">kh.khalili@stu.umz.ac.ir</a></div><div> </div></div>
</div></div></div></div></div>