<div dir="ltr"><div><div>Dear QE users<br></div>I am doing transmission calculation for a molecular wire, for example, a Benzene molecule sandwiched between two gold electrode. I did relax and scf calculation for a benzene molecule that 2 H atoms were substituted with 2 Au atoms. Then, I did scf calculation for a single Au atom with the coordination just like as later calculation. Could you say me if my calculation is true? Or I have to do relax and scf calculation for a single benzene?<br>
<br><a href="http://aur.scf.in">aur.scf.in</a>:<br>&control<br>   calculation='scf'<br>   restart_mode='from_scratch',<br>   pseudo_dir = '/home/client3/espresso-5.0.2/pseudo',<br>   outdir='./'<br>
   prefix='aur'<br>/<br>&system<br>   ibrav = 0,<br>   celldm(1) =6.0,<br>   nat= 1,ntyp= 1,nspin = 1,<br>   ecutwfc = 35.0,<br>   ecutrho = 350.0<br>   occupations='smearing',<br>   smearing='methfessel-paxton',<br>
   degauss=0.01<br>/<br>&electrons<br>   conv_thr = 1.0e-8<br>   mixing_beta = 0.7<br>/<br>ATOMIC_SPECIES<br> Au  196.96655 Au.pbe-dn-kjpaw.UPF<br>ATOMIC_POSITIONS<br>Au      -0.444314932  -0.706149130   0.008586376<br>
CELL_PARAMETERS cubic<br> 6.0   0.0   0.0<br> 0.0   6.0   0.0<br> 0.0   0.0   6.0<br>K_POINTS (automatic)<br>2 2 2 1 1 1<br><br></div><div> <a href="http://aul.scf.in">aul.scf.in</a><br></div><div>&control<br>   calculation='scf'<br>
   restart_mode='from_scratch',<br>   pseudo_dir = '/home/client3/espresso-5.0.2/pseudo',<br>   outdir='./'<br>   prefix='au'<br>/<br>&system<br>   ibrav = 0,<br>   celldm(1) =6.0,<br>   nat= 1,ntyp= 1,nspin = 1,<br>
   ecutwfc = 35.0,<br>   ecutrho = 350.0<br>   occupations='smearing',<br>   smearing='methfessel-paxton',<br>   degauss=0.01<br>/<br>&electrons<br>   conv_thr = 1.0e-8<br>   mixing_beta = 0.7<br>/<br>
ATOMIC_SPECIES<br> Au  196.96655 Au.pbe-dn-kjpaw.UPF<br>ATOMIC_POSITIONS<br>Au      -0.174740372   1.847908104   0.017126043<br>CELL_PARAMETERS cubic<br> 6.0   0.0   0.0<br> 0.0   6.0   0.0<br> 0.0   0.0   6.0<br>K_POINTS (automatic)<br>
2 2 2 1 1 1<br><br></div><div><a href="http://benzene.cond.in">benzene.cond.in</a><br>&inputcond<br>    outdir='./'<br>    prefixl='aul'<br>    prefixr='aur'<br>    prefixs='benzene'<br>
    band_file ='bands.dat'<br>    ikind=0<br>    energy0=1.d0<br>    denergy=-0.1d0<br>    ewind=3.d0<br>    epsproj=1.d-4<br>    nz1=1<br>/<br>    1<br>    0.0 0.0 1.0<br>    40<br></div><div><br><br></div>Waiting for your reply.<br clear="all">
<div><div><div>Thanks and Regards<br></div><div>-- <br><div dir="ltr"><div>Khadije Khalili</div><div>Ph.D Student of Solid-State Physics</div><div>Department of Physics</div><div>University of Mazandaran</div><div>Babolsar, Iran</div>
<div><a href="mailto:kh.khalili@stu.umz.ac.ir" target="_blank">kh.khalili@stu.umz.ac.ir</a></div><div> </div></div>
</div></div></div></div>