<div dir="ltr"><p><span lang="EN-US">Thanks to all for your advice!</span></p>

<p><span lang="EN-US">Luca Dietz</span></p>

<p><span lang="EN-US">Bachelor of
Science in Chemical Engineering</span></p>

<p><span lang="EN-US">Politecnico
di Milano, Italy</span></p><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2013/6/5 Gabriele Sclauzero <span dir="ltr"><<a href="mailto:gabriele.sclauzero@epfl.ch" target="_blank">gabriele.sclauzero@epfl.ch</a>></span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Dear Luca,<div><br></div><div>   thanks for reporting this problem. You still have two CO molecules in the final image, but the problem is that the interpolation between the initial and final images does not produce the path you wanted. The path generator assumes that an atom will not move by more than half a lattice vector between two consecutive images given on input (just two in your case, the initial and final ones). </div>
<div>This is almost always the case, because one usually choses a supercell which is big enough to avoid spurious interactions between periodic replicas. In your case the cell is quite small and one oxygen moves by 0.56*alat along the x direction.</div>
<div>I see three possible solutions that do not require modifications of the code:</div><div>1. Use a larger supercell (e.g. 3x3 Rh(111), instead of 2x2)</div><div>2. Insert an intermediate image between the initial and final ones</div>
<div>3. displace slightly the CO_2 to the right in the initial image</div><div><br></div><div>HTH</div><div><br></div><div>GS</div><div><div class="im"><div><div><br></div><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><p><span lang="EN-US">Yes, they
are equivalent by a lattice translation but intermediate images are not
equivalent, because they are set between the first image and a last image,
different from the one I selected. I get “strange” structures of the
intermediate images. I still have 2 CO molecules, but one is in my supercell,
and the other is splitted, the C atom is in the supercell I built and the O
atom is in the next one.</span></p><p><span lang="EN-US"><span> </span>I also tried to run the same input file with
version 5.0.1 and QE 5.0.1 kept all the atomic positions I listed in my input
file. </span></p><p><span lang="EN-US">Thanks a
lot,</span></p><p><span lang="EN-US">Luca Dietz</span></p><p><span lang="EN-US">Bachelor of
Science in Chemical Engineering</span></p><p>Politecnico di Milano, Italy</p>

</div></blockquote></div><br></div><div>
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-align:auto;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
<div><span style="color:rgb(126,126,126);font-size:16px;font-style:italic"><br>§ Gabriele Sclauzero, EPFL SB ITP CSEA</span></div><div><font color="#7E7E7E"><i>   PH H2 462, Station 3, CH-1015 Lausanne</i></font></div></div>
</span><br></div></span><br></div></span><br></div></span><br></div></span><br></span><br></span>
</div>
<br></div></div><br>_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br></blockquote></div><br></div></div>